当然了，并非是一帆顺利，虽然隆武帝发下改制诏书，态度明确，前年更是亲下扬州，端了盐商的老巢，严厉敲打了和盐商有所勾连的南京勋贵和地方豪强，但盐业的利润太大了，很多既得利益者不愿意放手，他们明着不敢反抗，暗地里却一直在使绊。
已经被任命为户部侍郎，加佥都御史、专职处理盐政的左懋第铁面无私，不逊人情，手持尚方宝剑和王命旗牌，在锦衣衞的配合下，在两淮和江南大力清扫，将所有敢于抗命或者是负隅顽抗者全部拿下，家产抄没，一时震撼了江南，也令那些心存侥幸的人，再不敢抗拒朝廷的盐政改革。
因为左懋第手段激烈，不近人情，渐渐得了两个绰号，那就是左阎王、懋抄家。
为了攻讦左懋第，盐商和被抄家者编织了很多的流言，对左懋第进行中伤，说左懋第贪污、妄杀、擅权、激发民变，乃是从古至今第一大恶人和酷吏，不惩治左懋第，大明国将不国……
对左阎王的弹劾奏疏，如雪片般的往京师飞，但都被隆武帝驳回，对于言辞激烈，血口喷人者，隆武帝更是严厉驳斥，甚至将其中几人革职下狱。
“朕不是聋子，瞎子，左懋第在两淮做了什么事，朕都知道的清楚！”
“左懋第是奉了朕的旨意，到两淮整饬盐务，改革盐政的。惩办贪官，抄家罚没，也是朕的意思，你们这些捕风捉影，指桑卖槐的人，明着是在攻讦左懋第，实则是在攻讦朕，朕不会容忍，大明朝廷也不会养你们这些没有家国、只有私利和党争的败类！全部罢官，该下狱的下狱，该回乡的回乡，以后再有血口喷人，无端指责，阻挠国家大政者，一律严查！”
时至今日，左懋第依然还留在扬州，处理未尽的事宜，算时间和朱慈烺自己掌握的进度，大约到明年夏天，大明盐政就可以迈入正轨，左懋第也就可以归来了。
除了盐税，今年的田赋也比去年多了五万两银子，除了灾情缓和，严厉打击逮赋者的原因之外，和内阁发出命令，要求各地官府准备清查田亩，重新丈量土地，也有一定的关系。
每朝每代，每隔一段时间，朝廷都会重新清查田亩，以防止有人私藏土地，逃避赋税，同时的也是预防土地兼并，为朝廷的财税之策做参考。
大明上一次大规模清查田亩还是张居正为首辅之时，到现在已经一百多年过去了，沧海桑田，时空变幻，尤其是这十几年来，流贼四起，内外战事不断，很多田地荒芜，很多地主全家皆没，也有很多人趁机吞占他人的土地，黄册已经不准确，因此继位之后，隆武帝就令内阁和户部，准备重新清查全国的土地和人口。
——对他这个穿越者来说，大明人口多少是一个迷，有人说六千万，有人说八千万，有人说一亿，即便内阁辅臣们也不能给他一个准确的数字，既然做了皇帝，当了大明的当家人，家里的根根底底，肯定是必须了解的，而人口和土地是最最基本的两项，是他首先要了解和确定的。
但清查田亩不是一件小事，不但需要相当的人力，也需要大量的钱粮和各地官员的严厉监督，张居正时，两年准备，两年清查，前后将近四年，才完成了黄册的再造，
今年是隆武元年，朝廷尚没有力量在全国范围内清查田亩，因此只选了河南和江西两地为试点。在严令两地巡抚严格执行之外，朝廷也派了御史到两地监督。
河南久经战乱，人口大量消失，江西却一直太平，两地一南一北，极具代表性。
听闻朝廷要重新丈量土地，而且一旦查出隐匿，要加倍罚款，这两省的地主都不敢再隐匿，今年秋收后，他们自动自觉缴纳了应缴的田赋。其他各省虽然还没有清查，但消息灵通的士绅也都听到了风声，田赋的缴纳都自觉了很多，两种因素加在一起，推高了今年田赋的岁入。
照内阁的规划，用三到五年的时间，清查全国田亩，完成黄册再造，到时田赋肯定还能再多一些。
当然了，和摊丁入亩，士绅一体纳粮，一体当差的大改革、大利益相比，这些从田间地头抠出来的田赋，实在是不值一提，但现阶段时机不成熟，隆武帝还不敢实行这一项一定会震动天下、士子鼎沸的大改革，因此田赋的增加对于国家总是一件好事。
盐税和田赋都增加，但另一个税种，被朱慈烺寄以厚望的市舶税，也就是海关税，增长的却不是太高。崇祯十四年，因为海禁的原因，一年的市舶税才四万两银子，而今年，隆武元年，大明朝廷正式开放海禁，准许民船出海，又开放了四个城市口岸，准许外国商船停靠和经商，同时鼓励中外通商，并令京惠商行为先行，扩大和外商的经贸，用大明的丝绸瓷器换取外商手中的白银以及大明国内急需的粮食铁器和一些先进技术。
据锦衣衞和市舶司回报，各国商船纷纷而来，海贸十分繁盛。
这种情况下，市舶税应该一飞冲天才对，但事实是，今年全年的市舶税，不过二十多万两，虽然比起过去的四万两，这已经是将近五倍的增加了，但朱慈烺依然不满意，因为他清楚的知道，比起中外通商的海贸量，朝廷收到的市舶税，其实是欠收了。
原因何在呢？
不是市舶司的主事沈廷扬舞弊，也不是海关御史周尔淳怠惰，而是因为郑芝龙在中间搞鬼。
如果说，开放海禁，大明朝所有人都是受益者，但有一人是受害者的话，那一定就是郑芝龙。
过去，郑芝龙雄霸大明外海，以“买水”的名义收取保护费，每年入账都有几百万两之巨，但朝廷开放海禁，准许各国商船靠岸，不再只是只是依托一个小小的月牙港，尤其是隆武帝发出严旨，令他扫荡大明周边海域，不许有“海盗”存在，要保障中外商船的安全之后，他买水的生意，自然就做不下去了。
但郑芝龙的脑子活的很，买水不行了，他便又盯上了走私。
——使用福建水师的官船和战船，大批量、成规模的走私，逃避市舶税。
市舶司虽然也有查缉走私的小船，但和福建水师的战船相比，根本是不值一提，加上郑芝龙十分狡猾，派出众多耳目监视市舶司，但有查缉船出港，他们立刻就会知道，连带着市舶司主事沈廷扬，海关御史周尔淳也都被他们监视，所以市舶税收了一年，沈廷扬和周尔淳虽然有所怀疑，但却始终找不到证据。
所谓强龙不压地头蛇，这个谚语放在郑芝龙身上，实在是太贴切不过了，福建水师乃至福建官场，都被郑芝龙经营的如铁桶一般，外人很难插足，沈廷扬和周尔淳虽然有能力，但却被郑芝龙捆的伸不开手脚。
算一算，今年一年，郑芝龙通过走私，最少获取了二十万两白银的利益，也就是说，郑芝龙通过走私所得，和朝廷的市舶税是差不多的。
如果是过去的崇祯帝，对福建的情况，肯定不会有这样的了解，但身为穿越者的隆武帝，从穿越第一天就知道郑芝龙以及他手底下的庞大水师对这个时代的重要性，成立军情司之时，京畿，辽东，陕西被设为第一级区域，福建，山东，湖广为第二级区域，和湖广山东相比，福建并没有太重要的战略性，朱慈烺只所以盯着福建，就是因为有郑芝龙的存在。
因为成立的较早，所以当朱慈烺继位，成为大明皇帝之后，军情司福建分司很快就发挥了作用，将福建情报连同郑芝龙的日常所为，源源不断的送回京师。
也因此，朱慈烺才能在千里之外知道郑芝龙私下里的走私。
身为朝廷二品的总兵大员，掌着一省兵马和水师，却公器私用，使用朝廷的兵船和战船进行走私，逃避国家的税赋，无论在哪朝哪代，郑芝龙所为都是重罪，罢官下狱，甚至是斩首抄家都不为过。