英荷之间有关殖民地的争执，到1824年双方签订苏门答腊协定后才解决。根据该协定，荷兰把它在印度的商馆和马六甲移交给英国，英国则把它在苏门答腊的据点，如明古连等移交给荷兰。荷兰从英国手里接管印尼后，根据荷兰宪法的规定，印尼的最高统治权属于荷兰国王。为了压制印尼人对荷兰重新统治的不满，克服财政上的困难，荷兰殖民者在政治和经济方面，都采取了严厉的措施。对印尼封建苏丹和土王，进一步剥夺他们的实权，只保留徒有其名的称号，让他们领取固定的薪俸，成为殖民政府的工具。在经济方面，继续推行强迫供应制和实物地租，强制人民种植咖啡，恢复贸易垄断，对过去封建领主同英国商人签订的租借土地的契约，一律宣布无效。此外，殖民政府还实行了一系列名目繁多的苛捐杂税，如在道路、桥梁、河口、市场等处设立关卡，进行征税，甚至连怀抱的小孩过关卡，也要纳税。中国的军队占领了苏门答腊岛后，基本上继承了荷兰的殖民政策，但适度减免了一些苛捐杂税。

聂士成率军打下苏门答腊后，又迅速带兵攻占帝汶岛，切断了爪哇海的各个通道，将德国、荷兰、法国剩下的舰队封锁在爪哇海。为占领爪哇，中国登陆部队巡洋舰6艘、驱逐舰15艘和搭乘陆军的36艘运输舰从东西两面向爪哇岛推进。

爪哇岛，在荷属印尼殖民地政治上和经济上均处支配地位，虽然只是印尼的第四大岛，但拥有全国人口的一半以上。所以荷兰远东舰队司令、海军上将菲尔卡德鲁和荷兰海军少将曼特沙尔特率领德国、法国、荷兰联合舰队，其中巡洋舰5艘、驱逐舰10艘企图阻止中国的军舰在爪哇上陆。

争夺爪哇岛的激烈战斗，在海上打响。那天傍晚，中国舰队穿过荷兰海军的布雷区。分成3艘巡洋舰在前面一字排开组成一道屏风，紧接着是一列，5艘驱逐舰。林泰曾指挥着另五艘巡洋舰出现在东面，带着全部8英寸的大炮不断来回摆动。在炮火最大射程即28000码的边缘线内，中国的军舰就朝荷兰旗舰“布里德罗德”号开火，重炮口|爆发出大量赤褐色的火焰。

一颗几百磅的炮弹呼啸着冲进了“布里德罗德”号的甲板。发出巨大的爆炸和隆隆声，接着在轮机舱引爆，炸死14人，大爆炸使8个锅炉中，6个停止了转动，战舰像一只受伤的鳄鱼颤抖着，舰长菲尔茨少将赶紧指挥这艘巡洋舰退出战斗。荷兰驱逐舰“克特斯尔特”号开始开炮还击，一炮击中了“苏州”号的炮台，“苏州”号的桅杆也被打断。

“苏州”号舰长林永升大怒，指挥炮火还击，猛烈的炮弹呼啸着飞向“克特斯尔特”号，一颗鱼雷砰地钻进了“克特斯尔特”号，这艘船立即被炸成两截。消失在了海水中。它旁边的驱逐舰“伊莎白拉二世”号也遭到了暴雨般炸弹的轰击，船的底部从充满汽油的水面翘了起来。船身不断摇摆着，直到轮船的上部碰到了25英尺深的海底，最终沉没了。接着轮船停止了颤动，就像一只巨大的、停靠在海滩上的死鲸鱼，靠近右舷的螺旋推进器突出在海面上。

一艘法国的军舰“圣路易”号的前甲板中炮，燃起了熊熊大火：一枚炸弹穿过右舷在弹药舱爆炸；另一枚则穿过甲板然后在底舱爆炸，引起了大火。战舰一直在航行，但是舰首开始下沉并造成燃油外溢，大火吞没了船的尾部，港口上冒起滚滚浓烟，这些油烟简直令法国海军窒息，死伤数百人。

战斗进行到午夜时分，中国的军舰装上了12枚超强威力的新式鱼雷，全部发射了出去。荷兰战舰随后陷入了一片火海之中。几秒钟之后，一声爆炸振动了荷兰“德岛特科尔”号旗舰，然后一柱火光直冲夜空，在最后一次痉挛性的爆炸冲击中，这艘荷兰旗舰沉没了，带着荷兰海军上将菲尔卡德鲁将军和他的366名士兵。

西班牙“雷蒙德”号战舰试图通过介于爪哇和苏门答腊岛之间的巽他海峡，逃进印度洋。中国已经封锁了那段海峡，并派部队在巴达维亚附近的海岸线登陆，那里是爪哇的首都。几分钟之后，一支中国舰队赶来了，包括1艘巡洋舰和2艘驱逐舰，接下来发生的是一场简短的、一边倒的交火。4枚鱼雷击中“雷蒙德”号撕开了它的船体，并炸沉了它。

爪哇海域的一场混战，交战结果，中国海军击沉荷兰、法国、西班牙巡洋舰4艘，和6艘驱逐舰，俘虏一艘巡洋舰和四艘驱逐舰，己方损失巡洋舰一艘和一艘三艘鱼雷艇，荷兰海军官兵死伤二千多人，中国赢得了爪哇岛海战的胜利。

在中国完全掌握制海权的情况下，王士珍的陆军开始在爪哇南望地域上陆。在登陆之前，蒋百里的飞艇部队对荷属印度岸上的军事目标实施了突击，炮兵也进行了猛轰。老将聂士成指挥着军队抢先登陆，他身先士卒，亲自上一线指挥，挥舞着指挥刀，一遍又一遍指挥着他的部下猛攻荷兰士兵：“兄弟们，我们建功立业的机会到了！刘永福占领过古巴，刘六麻子攻占了菲律宾，我们新军不能让人家瞧不起，一定要拿下爪哇岛！！”

爪哇崎岖不平、丛林覆盖的地区，好像是为中国的军队准备的，中国的军队使用坦克和具有强大效力的步兵团开辟公路。当他们碰到一个荷兰阵地，中国的坦克就会冲过去摧毁它，紧接着步兵就会占领它。如果坦克遇到障碍物停下了，步兵就将进攻这个阵地。接近障碍物的时候，步兵就会冲下公路进入密集的灌木丛林中，或者进入沿着公路两边的红树林中。在坦克的行进过程中，骑兵经常在前面侦察情况。接着，当敌人被击溃的时候，坦克军团继续对撤退的敌军保持着压力。中国各个军种分工有序，勇猛无比。

荷兰陆军也节节败退，三千多人退到丛林里，但是，荷兰军队最害怕的就是丛林，他们不堪忍受吸血的水蛭，或者是多刺的攀缘植物，更害怕爪哇岛上的“吃人树”，经常出现的混乱状态，使他们的视线只能看到周围几英尺的范围，晚上，黑暗降临，丛林地区的恐怖，渗透进每个荷兰败军的心中。大部分荷兰士兵的脚上都缠着绷带，他们把步枪和弹药丢在一边，不敢合上眼睛，饥饿和恐惧在他们心中蔓延。

中国的军队则士气高昂，抓紧时间猛攻，在那一个星期里，在反覆不断的爆炸声中，瓜哇岛的街道上输电线路一团一团散落在地，电线杆被炸得粉碎，已经膨胀的没来得及清理的尸体，被不断蔓延的大火剧烈燃烧着。宋教仁、黄克强和部分光复会的会党，也在荷兰军队后方捣乱，组织华侨反抗荷兰人，荷兰人腹背受敌，苦苦支撑着。

在其他战线，中国的军队也有序推进，喜讯一个接着一个。1904年1月14日，中国的军队攻下安汶岛。接着，帝汶岛处于能够轻易打击的范围之内。在三天内，中国的军内接连攻击婆罗洲和西里伯斯岛，这两个岛屿的失陷指日可待。接着，中国陆军在雅加达地域上陆，占领雅加达，两天后占领泗水。1月25日，中国的军队攻下了巴达维亚，爪哇岛唾手可得。

荷兰印尼总督卡尼拉瓦尔，在要塞下面一间简易的防空会议室里，召开了最后的军事会议。卡尼拉瓦尔将军和他的助手尼班特尔少将，分析了荷兰军队面临的形势，发现印尼已经没有挽救的希望，静静地并且带点悲哀气氛。