大明崇祯四年十月初，汉军龙骧衞、飞骑、万骑、金吾衞左右两军，连同炮军共约六万人，自浙、粤、湘三省分路攻入福建。初时各军行进甚是顺利，左部汉军连是漳、泉，逼近福州；自浙入闽的汉军飞骑万骑则旬日间攻克建宁、延平，与攻入汀州府的龙骧衞会师合围福州，再加上左部汉军，六万余汉军将福州城围的水泄不通，城内明军虽然人数尚且略多于汉军。只是大半是远来的客军，远来自湖北、两广，云贵滇兵，这些客兵每战必逃，逃必扰民，两手沾满沿涂百姓的鲜血，真正的硬仗却是一次也没有打过。而真正勇于做战的，只是福建当地驻军，还有郑芝龙家人部曲数千人，若不是依靠这些兵士，福州一日便被攻下。
汉军连日轰城，彻底切断了福州与外地联系。施琅所部水师又从舟山开赴福州港口，彻夜不停的轰击福州城内。城内房屋崩坏无数，百姓军士死伤遍地。那郑芝龙心知城破之日必死，率领家丁部下拼命守衞，自汉军围城之日起便未下过城墙。又强募百姓上城修补，城墙崩坏，便用百姓房屋砖瓦木料随时候补。围城十日，汉军急切间竟不能下。
刘国轩等人无奈，只得飞骑报与张伟，张伟接报立时大怒，知道是诸将因战事即将平息，不欲使士卒多增死伤所致。只是事关江南大局，若是福州一战拖的过长，只怕那些心向明朝的降官降将又欲生乱，因此立时命人持大将军令符，飞驰入福建军前，命汉军接令后三日内克城，逾期不能破城，则前线将领尽数免职，下军法部狱。
接到张伟书信命令，前线各将皆是大急，只是福州城高坚险，郑芝龙又早有准备，深沟坚垒以待，守城的闽军和郑氏家兵拼命做战，接到命令后汉军立时强攻一次，但没有龙武衞相助，缺乏肉搏兵种的汉军伤亡太大，各将眼看部下纷纷倒在城下，皆是看的两眼出血，心疼之极。到是左良玉临机一动，令万骑射手纷纷射箭入城，上附招降文书。命那些客兵反水，攻击闽兵。若是他们依命而行，则到时尽数赦罪，若是跟着闽人继续抵抗，城破之日，尽数屠灭。
客兵原本就是害怕汉军攻城后屠城，是以虽不能力战，却也跟在闽兵之后摇旗呐喊，以壮声威。待接到汉军招降书子之后，军心立时不稳。郑芝龙虽派兵严防，却又哪里防备的住。到了晚间，数千客兵发一声喊，持刃狂冲至城门之处，将郑氏家兵撵走，搬开塞住城门的沙包土石，大开城门，迎接汉军入城。早有准备的汉军立时冲入，以火炮在城门内一阵狂轰，火枪齐发，万骑的强弓乱射，不分闽兵客兵，当场就射杀无数。可怜那些冲在最前头的客兵本欲博个头彩，得些好处，却被杀红了眼的汉军一阵乱枪打的如蜂窝一般，惨死当场。城门一失，有着优势火力的汉军对着数量及战力低劣之极的明军，只是一场单方面的屠杀罢了。
待攻到福州总镇府前，郑芝龙属下却有不少自澳门买来的洋枪，再凭上几门小炮，他那府衙又修的高大结实，一时间竟攻不下来。还是刘国轩恼了，命人推来几十门火炮，齐齐对准了郑府一阵狂轰，将那郑府炸的鸡飞狗跳，乱石崩云。从半夜至黎明时分，火炮一直轮番轰击，初时郑府内尚有人还击，待到天亮大亮，汉军诸士卒一眼看去，只见处处断瓦残垣，残肢断臂。汉军入内搜索了半日，方在郑府大堂之下将郑芝龙的尸体扒拉出来，早就死的硬挺。
“这人也是一代枭雄！命人好生收敛，送回他老家，命他的族人好生葬了。”
刘国轩一声令下，早有汉军士卒押着在城门俘获的郑氏家兵过来，命他们寻些草席将郑府内所有死难的上下人等尽数包裹了。寻些老成可靠的，给了银两盘缠，将这些尸体送回给安海郑氏处置。
眼见那些残兵败卒在废墟堆里寻找尸首，扒拉出一具郑氏族人的尸身，便以草席包裹，放在一边。张瑞等人因见无事，向刘国轩告一声罪，自去别处巡查。那福建巡抚朱之冯原是要上吊自杀，谁料草绳搓的不实，吊了两次俱不成功。待汉军攻入巡抚衙门，此人早就断了死志，呆头呆脑的盘膝坐于巡抚衙门大堂之上。被汉军一举擒获，为防各省客兵和闽军残卒祸害百姓，张瑞等人借了他的巡抚关防大印，并汉军军法部招帖告示，并所有驻防明军尽数前来自首投诚，逾期不至，或是扰乱百姓者，尽数诛杀。
因此战太过惨烈，死伤甚众，又有零星散兵四处躲藏抵抗。虽第二天就命人前往南京报捷，城内却是戒备森严，四处追剿散乱败兵，拿捕明朝官员。枪声火光并零星的炮声数日内不曾停歇。算来自汉军攻占镇江、南京，竟未有过如此激烈抵抗。到后来刘国轩与张瑞等人会商，下了戒严令，所有百姓官绅，出门者视同叛逆，窝藏明军者，发现明军不报者，一并视为助逆，一体依律处置。如此这般，直乱了十日之后，福州方才大定，撤戒严，恢复商贸行人。
十余日军民人等不得出行，只有汉军监督下的运尸队方能出门，因尸体过多，为防疫病，却是不能掩埋，只得命人在城外昼夜不停的燃烧焚毁。郑府上下死难的尸体早就运出城外，却因战事尚未平息，四处混乱不堪，不得启行。百余具尸体放在城外，虽是深秋天气，却已是开始发臭腐烂。那负责运尸的小兵头目无奈，只得进城禀报了刘国轩，请他开恩，让他们即刻起行。刘国轩因当年一同随张伟奉侍郑芝龙，虽无甚故主之情，却也不欲使芝龙身后事太过难堪。竟格外开恩，命人于城内搜寻了几十副棺木，送出城去，将郑府有头脸的尽数装敛了，以防尸臭。又特命张瑞派出一队飞骑，护送这些人回安海。却又想起一事，将那些郑氏家招集过来，问那几个头目道：“咱们家大将军初投郑老大的时候，他有个儿子在日本平户出生，是郑老大与一个日本女子所生，叫什么田川夫人来着。这母子可曾回国，又可曾死在福州城内？”
那几个亲兵头目面面相覤，不知道这汉军大将是何用意，各人一时犹疑不定，皆是不敢回话。