第三次马里亚纳大海战的惨败，终结了日本联合舰队自1894年黄海海战、1904年突袭旅顺、1905年对马大海战以来战无不胜的神话，多年苦心经营的强大舰队毁于一旦，仅有旗舰“大和”号率领一干残兵败将极其狼狈地撤回到了本土，然而昼夜出航的德国侦察机简直是无时不刻的监视着日本列岛，从塞班岛出发的美军轰炸机频频飞抵东京等重要城市进行轰炸，日本军民的死伤不断增加，竭尽全力的防御却收效甚微。在这种情况下，极端右翼处于强烈的仇德心理，通过绑架德国公民和袭击德国驻外大使馆、控制区甚至其本土目标来进行示威，一度在德国引起了恐慌。
1943年夏，由于严重的经济和财政危机，意大利政府在内外交困的情况下终于宣布结束自年初以来在沙地阿拉伯王国的军事行动，与美国政府展开停战谈判，达成停战协议之日，同时宣布解除与日本帝国之间的一切军事盟约。在这之后，来自德美的贷款和援助开始源源不断地进入意大利，从而使这个自尊心远高过于实力的可怜国家得以缓解危机。之后，欧洲联合舰队正式宣布组建，其舰队总部设在了美丽的海上城市威尼斯，意大利、德国、法国、不列颠、芬兰继而西班牙、葡萄牙、俄罗斯、土耳其等泛欧国家相继加入，应德国和不列颠邀请，美国在欧洲联合舰队总部正式派驻观察联络员。
1943年9月，美国正式发起菲律宾战役，并在棉兰海战中再度重挫日本联合舰队，“大和”号等一批最后的精锐舰艇战沉。
1943年秋，日本极端右翼分子绑架了前往美国旅行的前德国皇室成员奥斯卡王子及其子女，以此要挟德国政府从远东撤走远程侦察机，结束与美国的军事合作。奥斯卡王子是前德皇威廉二世的第五个儿子，自从德国战败后与大多数王室成员一样宣布不再涉足政治。尽管皇室的时代早已结束，但绑架前皇室成员的行为仍然在德国国内引起了强烈的愤慨，要求德国政府对日施压、严惩凶手甚至对日宣战的呼声一浪高过一浪。在强大的国际压力下，日本政府不得不出面将人质“解救”，进而送返德国。德国政府由此暂停了派遣侦察机前往日本列岛进行军事侦察的行动，不过，喷涂着美国陆军航空兵标志的侦察机则开始频频出现在日本本土上空——德美政府迅速达成了一项秘密协定，即美国以位于大西洋上的军事基地作为交换，长期租用德国在远东建立的航空基地和相应设备。
1943年冬，由奥本海姆领导的美国“曼哈顿工程”也即是原子弹工作取得突破，而第一批浓缩铀也诞生在即。至此，美国的核工程已领先于德国。经过漫长而艰难的谈判，以德国作出让步为基础，德美最终于1944年1月达成了合作开发原子弹的秘密协定，由德国皇家物理实验室派遣技术人员前往美国，并在材料和资金方面给予相应的援助。两个月后，在美国技术人员的帮助下，德国终于建立起了第一座石墨反应堆并达到临界，而德国自建的重水反应堆也在不久后成功达到临界。
1943年12月，不列颠王国正式向日本政府提出了归还前南亚殖民地要求，遭到拒绝后，不列颠遂向日本宣战，并以伊朗为踏板出兵南亚。尽管不列颠王国军队的战斗力与昔日的大英帝国不可同日而语，但在德美的支持和当地民众的积极响应下，他们仍迅速收复了孟加拉国和印度南部大片领土。
1944年3月，持续半年的菲律宾战役以美军成功占领全境而结束，由于获得了更加靠近日本列岛的航空基地，大量B-17和B-24如乌云压顶般漫向日本列岛的天空，全面的战略轰炸迅速摧垮了日本的本土工业，并将一座又一座城市夷为平地……
在这种情况下，德国以中立国身份展开外交斡旋，试图促成美日之间以谈判结束战争，条件包括从中国、朝鲜在内一切海外占领区退兵，压缩日本陆海军规模，重新签署并恪守伦敦海军协定。小矶内阁考虑接受这一斡旋，然而陆军方面的强硬态度以及下级军官闻讯发动的政变彻底断送了这一和平希望。随后的内阁改组充分显示了日本政治为军事服务的特点，日本大本营随即地推出了他们的本土决战纲要：
灵活运用日本本土的有利地形条件，动员忠于皇国和具有大和魂精神的1亿国民配合军队作战；以残存的海、空军进行特攻作战，争取把登陆敌军消灭在海上；地面部队集中在本土的重要地区，进行纵深部署，对登陆敌军实施连续反击，一举决定战争胜负。
1944年6月，美军登陆冲绳，尽管投入的兵力达到二十万人，且拥有海空的绝对优势，然而在十万名日本守军的拼死抵抗下，战役历经三个月才得以结束，赢得胜利的美国军队承受了极其惨重的伤亡，也让美国高层真正慎重考虑起登陆日本所需要付出的代价。
在冲绳战役结束后，美军暂缓了在日本南部列岛登陆的行动，进而全力以轰炸机对日本实施轰炸。1943年夏正式服役的B-29“超级空中堡垒”、先后从德国购入的600多架Ju-490以及数以千计的B-17、B-24进驻冲绳各机场，并从早先的夜间轰炸改为不分昼夜的空袭，目标也从工业区和大城市逐渐转向中型城市。
1945年1月，在德美科学家和技术人员的共同努力下，第一颗实验性原子弹在美国新墨西哥洲的沙漠地带成功引爆。至当年2月，德美已组装完成3枚可用于实战的原子弹，按照德美之间的协定，其所有权有两枚归属美国，一枚归属德国。