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五大军区中，除了莱茵军区还在找借口拖延实施新军制，南方军区的意大利方面军因为意大利战役的开始中断了新军制的实施，其他部队已经开始全面推行。新陆军的建立，使得曾经是法国陆军最强大的莱茵军区，开始落后于国内的新军力量，莱茵军区共和派军队对巴黎督政府的巨大压力被化解了。

当法国陆军开始进入正轨时，督政府又把目光放到了海军身上。被革命中断的海军改组计划再度开始，取消了一些革命时代过于强调平等的的政策，斥退了一些无能的海军军官；

对一些出身贵族的海军军官进行了平反和恢复职位；在商业联盟保护下的平民海军军官学校也开始提供合格士官了。但是这些空有理论和热情的海军士官生们还需要经过实战的检验。

1796年2月，第一艘木壳铁骨蒸汽螺旋桨船研制成功。马赛老港被修缮完毕后，商业联盟又在马赛西北面新建了一个码头工业区，采用钢筋混凝土、橡胶等新式材料的1500吨干船坞修建成功，这也是蒸汽挖掘机和蒸汽起重机的第一次使用。

新式材料、新机器的运用成功后，紧接着两个3000吨的新船坞又开始了修建。

1796年4月第一艘蒸汽动力铁骨木壳螺旋桨护卫舰在马赛开始建造，该舰总长74米，宽14.6米，型深7.85米，排水量2350吨，航速15海里/小时（24km/h）。1台三胀式蒸气机、5座燃煤锅炉，输出功率2750匹马力，载煤：350吨。装备12门12磅后膛线膛火炮、24门24磅后膛滑膛和12门32磅后膛线膛火炮，船员480人。该舰造价139万法郎。

同年南特也开始建造适应商盟走私贸易要求的混合动力高速纵帆船以躲避英国海军。

1796年3月，督政府正式颁发法令，以法律形式保护了法国农民在革命时代获得的小块土地。这一行动让部分流亡贵族大为失望，认为王太子抛弃了他忠实的臣仆，但却赢得了法国农民的拥护，自此各地的自耕农开始陆续加入农会。

在法国经济开始恢复好转的96年，劳动党内一群更为激进的积极分子，认为督政府的政策过于维护资产阶级，督政府依旧是个落后的资产阶级政权。

他们在巴贝夫的带领下，组成了党内的平等派，要求建立财产公有制为基础的原始共产主义社会，并提出了武装夺取政权，建立一个无产阶级领导的政府的提议。

路易.查理接到报告后，首先否决了富歇和博罗提出的清洗劳动党内部的提议。

他在1796年6月组织召开了劳动党第一次全国代表大会，在大会上建立中央常委会和中央7人主席团的制度，明确规定了民主集中制度的原则。

在党内选举中，巴贝夫只获得了一个中央常委的职务，他和他的平等派在党内成为了边缘派系。

随后在党主席费拉斯的提议下，劳动党组建了劳动者国际联盟，负责发动和扶持欧洲各国劳动组织的发展。巴贝夫等平等派都被派出国外去发动欧洲各君主国的人民了。经过简单的安排，路易.查理不但解决了平等派带来的麻烦，也给党内斗争划下了界限。

与此同时，为了解决军费和加强对莱茵河左岸等地区的经济控制，督政府下令共和国境内强制使用纸币。硬币以3个月为期逐步退出流通市场。

对莱茵河左岸等新占领区，则以颁布土地政策为由，以纸币赎买田地后分割出售给当地农民。并开始对所有法国控制区实行关税同盟政策。

商业联盟的橡胶制品、钢铁、服装、水泥开始在荷兰、比利时、意大利等法国控制区流行起来，并通过这些地区向普鲁士、东欧、北欧、俄国、埃及、土耳其等国家和地区开始扩散。

而大量的粮食、棉花、矿产等工农业原料开始通过这些地区回流法国，形成一个新的经济循环。商业联盟的工厂开始满负荷运转，法国国库开始充盈起来，国债首次降低到20亿锂以下。

在元老院的提议下，督政府下令赦免塔列朗的流亡罪名。在路易.查理的建议下，塔列朗被任命为驻英大使以缓和法英矛盾，为将来商谈法英和平留下希望。

1796年4月，商业联盟跟随杜罗瓦出行东方的三艘商船返回了法国，它们在经过好望角的时候被英国海军俘获一艘，还有两艘商船借着夜晚的来临逃脱了英国海军的追捕。