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在舰队过了里斯本后，在非洲西北洋面，路易.查理率领的6艘新式战舰和7艘旧式战舰和东方贸易船队分手了。布吕埃斯被升职为海军上将，并且被任命为法国大西洋舰队司令官，监视英国海军的动向。

9月1日，路易.查理率领的法国地中海舰队到达马赛。修整三天后，路易.查理带着补充后的17艘战舰，25艘运输船，还带上了第三近卫师出发了。

9月15日，法军在马耳他岛登陆，马耳他骑士团的大统领惊慌失措向法军先发起了进攻，4小时后，马耳他宣布投降。

路易.查理随即以马耳他作为法国舰队基地，留下来3艘战舰守卫马耳他。又有3艘军舰护卫着15艘运输船，搜刮了岛上骑士团从中世纪就开始积蓄的财富后，返回法国。而路易.查理并没有在岛上多做停留，他率领11艘军舰和第三近卫师近8成的兵力直扑俄军在地中海的后勤基地科孚岛。

法国舰队抵达科孚岛的时候，普斯托什金海军少将指挥的第2舰艇中队(战列舰3艘、巡航舰4艘、轻巡航舰1艘)此时正在克基拉新港修整。当法军舰队出现在港口前时，乌沙科夫海军中将立刻命令守卫克基拉新港的炮台封锁港口，让普斯托什金海军少将登上军舰待命。

看着眼前港口内手忙脚乱的俄军，路易.查理对着眼前被抓的当地渔民问道：“克基拉城就这个港口可以登陆吗？”“不，大人，从这里再往北方一点还有一个老港，那里也能登陆，但是面积比较小。”中年渔民老实的回答道。

路易.查理从怀中掏出几个金币赏赐给面前的渔民后，说道：“你愿意带我的舰队去老港吗？只要能够登陆，我再给你100个金币。”“当然，大人，我对这里的水道熟悉的很，我保证大人的舰队可以安全的登陆。”

路易.查理下令多米尼克率领6艘新式战舰封锁新港内的俄国船只，他自己带着5艘风帆战列舰掩护运输船队登陆老港。

老港前没有俄军的炮台，法国军舰上的火炮轻松的驱散了守卫老港的一营俄国陆军。在军舰火炮的掩护下，第三近卫师轻松夺取了老港，并控制了整个老港区域。

第三近卫师登陆后，稍稍修整了队形，就立刻向克基拉城开始牵制进攻。

俄军的注意力被吸引住后，守卫新港最重要的一座炮台被近卫师官兵夺取了。在军舰和炮台的双重打击下，普斯托什金海军少将指挥的第2舰艇中队全军覆灭。

失去了海军军舰的掩护，克基拉城内的俄军腹背受敌之下，趁着夜幕降临，逃出了克基拉城。

由于俄军失败的太快，甚至来不及纵火焚烧物资。因此俄军在克基拉囤积的军资全部落入了路易.查理手里。乌沙科夫海军中将带着残余俄军退入了科孚岛内陆直到战争结束。

留下近卫师守卫克基拉城后，法国地中海舰队再次出击。9月22日，路易.查理带着11艘战舰出现在安科纳要塞外海，击败了围攻要塞的俄国海军中校沃伊诺维奇带领的俄国海军中队。要塞内的法军在获得路易.查理的军舰支援下，一举击破围困要塞的俄国陆军。

威尼斯共和国得知路易.查理率领法国海军解了安科纳要塞之围后，威尼斯政府派出9艘军舰及5艘运输舰，前来和法国地中海舰队会合。获得了威尼斯海军支援后，法国地中海舰队实力大涨。

路易.查理在安科纳要塞留下少数军舰外，带领主力舰队开始返回扫荡七岛上的俄国军队。9月中旬，在意大利南部沿海地区执行骚扰任务的，索罗金指挥的俄国舰艇中队被驻守马耳他岛的法国海军留守舰队击败。

10月初，地中海上的俄国海军势力已经全部肃清，七岛共和国再度落入法国统治之下。路易.查理以不取消七岛共和国的半独立地位为条件，逼迫七岛共和国放逐了反法分子，七岛共和国宣布加入法国的关税同盟。

被拿破仑率军挡在曼图亚要塞之外的苏沃洛夫，在失去俄国海军的后勤支援后，并未慌乱。他安抚了来自那不勒斯的意大利联军后，决定带领联军先击破威胁自己后方的安科纳要塞，再寻求击败拿破仑率领的意大利方面军的机会。

路易.查理的海军舰队夺取安科纳要塞后，并没有以要塞为基地出兵攻击反法联军后方的计划。他反而下令海军搬空了安科纳要塞及附近城镇囤积的物资，在得到苏沃洛夫率领反法联军向安科纳要塞进攻的消息后，路易.查理拒绝了拿破仑提出的坚守要塞，等待意大利方面军和近卫师在要塞下会师的作战计划。

在安科纳要塞内，路易.查理对法国陆海军军官们提出了放弃安科纳要塞的提议。

“我反对，执政官阁下。有了海军舰炮的支援，联军是没有可能从陆地上攻下安科纳要塞的。只要我们坚守要塞，联军久攻不下士气就会迅速瓦解，波拿巴将军率领的军队就能从联军后方狠狠的给俄国人来一下，我们就能取得胜利。”守卫要塞的意大利方面军指挥官站起说道。