而原先东山海峡之内的福建海盗蔡牵归顺了东方贸易公司后，在婆罗洲坤甸设置了补充基地。在东方贸易公司的支持及整编之下，蔡牵的船队从半商半盗，开始慢慢转换成一只职业化的近代海军了。

这只挂着东方贸易公司旗帜的舰队，蔡牵旧部占据了三分之二，而法国及婆罗洲岛的华人占据了三分之一。随着舰队规模的扩大，东方贸易公司在吉隆坡、巴拉望岛建立了新港。

东方贸易公司的这种急剧扩大的发展势头，不但威胁到了英国对印度洋的掌控，也威胁到了西班牙对菲律宾的殖民统治。而和福建海盗一向视若仇敌的广东海盗，也对蔡牵势力的快速发展感到了压迫了。

作为广东珠江口海盗集团红、黄、蓝、白、黑、紫六帮。红旗帮首领的郑一，以对抗蔡牵的名义组建了海盗大联盟。而广东的商绅们也因为贸易中心北上长江三角洲地区，蒙受了巨大的经济利益损失。

虽然广东商绅们对拥有中央政权支持下的东方贸易公司无法做出明面上的回击，但是北京政变满清权贵的内部斗争，导致了清廷对南方各地督抚的控制力下降了。

而各地的督抚为了自保，也开始私下扶植地方势力。两广总督吉庆、广东巡抚张百龄，不愿看到依附于和珅的东方贸易公司的势力大涨，也不想广东的贸易税收持续下跌。

在他们的暗示纵容之下，广东商绅们一方面开始联络海盗首领郑一，一方面开始和同样蒙受损失的英国东印度公司开始勾连了。

理查德·韦尔斯利担任了印度总督之后，任命了一位英国中校马维斯利，作为新加坡要塞司令及远东舰队司令，负责防御马六甲海峡及东印度公司在东南亚及中国的殖民贸易事务。

马维斯利自上任之后，就一改前任禁止华人接近新加坡要塞3里之内的命令，他积极的和占据了新加坡要塞之外的华人移民进行接触。并在要塞之外设置了一个交易集市，和华人进行公平交易。

马维斯利的做法让他获得了该地区华人移民的好感，也大大降低了新加坡要塞驻军补给的费用。林汉伯等人不顾东方贸易公司及兰芳公司的禁令，开始向英国人出售粮食等物资。

而马维斯利也从林汉伯等人口中得知了，兰芳公司内部的大量情报。当英国东印度公司的船队带来了广东官府和商绅的态度之后，马维斯利立刻意识到这是拔除东方贸易公司及华人在东南亚势力的好机会。

在英国东印度公司的居中串联之下，广东的海盗集团、东南亚的荷兰殖民者、菲律宾的西班牙殖民者，开始形成了一个反东方贸易公司的联盟。

在广东商绅的出面下，一名代表广东官府的特使，让驻守吉隆坡的林汉伯屈服了。在他的联络下，原本兰芳公司效忠于满清的老人被集合起来了。

其中驻扎在坤甸附近的民团中校吴元盛，这位罗芳伯手下最得力的副将，因为排斥陈阿生、黄新林的新民团，而被边缘化而感到不满的旧民团首领，在得到了广东巡抚张白龄一纸参将的任命书之后，决定倒向这个反法国东方贸易公司的联盟。

当马德、让迪尔、雷蒙、布瓦涅等人于1802年末抵达坤甸时，东方贸易公司驻婆罗洲代表让马诺，非常欢迎这些具有丰富战争经验的殖民地军官的到来。

这些法国军官的想法，获得了他的支持，于是在坤甸成立了法国殖民地陆军军官学校，打算为法国重返印度培养新军的军官。

1803年10月，东方贸易公司的商船和巴拉望岛上的港口连续受到了海盗袭击。让马诺和陈阿生、蔡牵等人商议之后，决定派出主力舰队和民团军，对东南亚菲律宾附近的海面进行剿匪行动。

1803年11月11日晚，吴元盛夺取了坤甸的港口和军火库。在他的指引下，英国人及荷兰人的舰队进入了港口，并夺取了坤甸各个要点。而岛上的土人部族在英国、荷兰殖民者的指挥下，开始对整个婆罗洲的华人进行了无差别的屠杀。

马德、让迪尔、雷蒙、布瓦涅带着陆军军官学校的学员，保护着大量的法国居民和部分华人妇孺，进入了坤甸西北部的法国居住区。

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