蚩尤之战后六年，少昊领淮夷、九夷两部再次反攻，却再次被轩辕大败，并将少昊斩杀于洪泽湖。

从此天下诸族尽皆臣服，华联盟更胜昔日神族之声势。

蚩尤之战后十五年，轩辕被天下人尊为黄帝，东拜岱宗以祭天地，始以黄道日汜时，此年为黄帝元年。

同年，歧富老死，神农尽得歧富医道，继承歧富之贵志，遍历万山，尝遍百草，并教农耕播，《易系辞》云：“神农氏作，斫木为耜，揉木为耒……耒耨之利，以教天下。”更培植了麦、稻、菽三种可食之物，成为名垂千古的一代佳话，更被尊为“农业”之神。

黄帝二年（即蚩尤之战后十六年），轩辕黄帝大封功臣，更将万族合为一体，划分为一百个大的部落，每个部落以同一种姓氏而称。于是，天下百姓便延用了下来。

此时，轩辕在有了陶莹、狐姬、跂燕、桃红、燕琼、褒弱、蛟幽、叶清等正妃之后，又再纳嫔妃百人。

正妃之中，因狐姬在太昊与少昊之战中最为出名，所以其故事最为人们所流传。于是后人以为只有狐姬才是轩辕的正妃，这才有了嫘祖教人织布养蚕植桑之传说，实则轩辕黄帝正妃有七人。

黄帝五年，黄河洪水泛滥，共工氏治水难成，共工为此深感愧对轩辕，于是怒触不周而死。

轩辕大感悲痛，再派鲧去治理洪水，在鲧之后，便是鲧的儿子大禹接着治理洪水，于是便传下了无数关于治理洪水的故事。

而这洪水的造成者，正是当年轩辕与蚩尤之战所留下的天外天力量。

出如此大灾，轩辕深感天外天力量的威胁，他恐有后人再造成同样的灾难，便放下封神之咒，使世上再无人能够接引通神之道，更限制了人体生机的延续。是以，世上再无人能活两百年也。这样，人的生命有限，自然不能得通天之道，窥天外之力，结界也便成了后人永远无法堪透的死结。

黄帝十年，轩辕远征三苗，却因其地多为洪荒绝域，战士病死无数，这才迫不得已退兵，后也曾多次与三苗发生冲突，但因三苗之地太过荒绝，轩辕并不欲征取。