齐泰往燕王府慰问之结果，可想而知，朱棣闻听边塞不靖，当时推举老将冯胜、傅友德前往剿之，对于齐泰之提议，艰巨拒绝，曰：“孤王四十有余，连年征战，旧疾在身，不堪兵马之苦，侍郎大人莫要害我。”
听闻这个结果，预料到燕王不会冒然接受试探，早已经准备好的朱允炆当即诏命：江阴侯吴巨，乃已故江国公子，将门虎子，可堪大用，即日领后军右都督衔，为总兵，往北平参赞，以北平都司、行都司并燕、谷、宁三府护卫选拣精锐马步军士随之往开平堤备，杨文副之，一切号令皆出自辽王，尔奉而行。
此举，在于慢慢的削去北平的军事力量，同时，试探一下朱棣的耐心，并且对于在北平的朱高炽也是一种牵制。
对于辽王朱植，朱允炆只能说暂时放心，因为在燕、宁、辽三王其中，辽王也是最好的选择了，至少在后世历史中没有造反的举动。
同时，洪武三十一年六月，朱允炆下诏，重新议定锦衣卫职责，此举动遭到了群臣的极力发对，可能出自于对于胡蓝党案时对于锦衣卫凶名的畏惧、愤恨和反感。也许是对于新皇帝此举的误解，朝堂之上，光是听到皇上下诏规定议题，马上就有人站出反对，其中以文官系统的反对之声最为强烈。
年号以冠以建文，肯定是要文治天下，但是皇上又要大兴锦衣卫，可想而知，要监测的是那一类的官员，其中，武臣集团的年纪老化，对于皇上已经构不成威胁，正当士子文人为自己的出头之日遇见曙光时，乍一听锦衣卫三个字，每个人身上都感觉到寒意。
可是哪能给他们这个机会，之所以那么着急的恢复锦衣卫职司，朱允炆就是看明白了百官的心理。洪武老臣岌岌可危，担心一朝天子一朝臣的更替。而东宫故旧和一些新人，比如黄子澄、丁志方、齐泰和方孝孺等，国丧刚过，还未来得及提拔，而有能力的武臣，基本上都是自己救出的，而且也乐得皇上再行锦衣卫职责，自己好安插亲信子弟进去接近权力。
就是在这样一个情况下，皇帝的圣谕还是强硬的推行下来，不过朱允炆所定出的基调，诸臣看后，反而舒了一口气。
把主管皇帝侍卫、展列仪仗、传递皇帝命令以及职掌廷杖等事项的大汉将军，从锦衣卫的序列中剥离出来，和缇骑合并，组建大明御林卫。将皇帝十二亲卫扩充至十三亲卫。
御林卫分成三军，计一万五千余人，其中大汉将军保持旧制，改名为羽林军，共计一千五百零七人，凡朝会、巡幸，则具卤簿仪仗，随驾侍从扈行。以红盔、明甲为特征。
另有两军，分为仪仗军、神策军。分别为三千人和一万人。其中仪仗军专司保护外藩来使、选貌美剽悍者充任。神策军为京师常备军，一般不负作战任务，分为步、骑各五千，专门负责保卫军备局和试验军备局所研发之武器所用。
废除锦衣卫以前建制，撤销难北镇抚司，保留经历司。成立四局一司：
外事局：以公开、秘密方式和各种手段，搜集大明之外的军事、政治情报。在短时间内向周边藩属渗透，可适当招募一些忠于大明的外事人员。
内事局：监测大明本土、西南、东南、西北各处的外族动向和招抚、策反事宜、肃反肃贪。
武卫局：必须是由大明军校中毕业之学生，暂时定编为一千人。主要用于锦衣卫内部其他局司，当出现必需要用武力解决问题时，可由锦衣卫指挥使直接向皇帝申请兵符调动，但每次调动不能超过两成。这也算是大明特种兵的雏形吧，对于特种兵，朱允炆只是电视或者电影上的一种概念。至于在大明如何建立，只能慢慢的尝试。
军备局：顾名思义，就是以研发武器为主的部门。
经历司：主管锦衣卫公务文书的出入、誊写及档案封存等事项。
四局一司直接向皇帝或者皇帝指定之人负责，不接受其他部门约束，但是没有逮捕权，只有汇报的权力。原则上，不针对大明官员，两种情况除外，一是谋反，二是贪墨在十万钞以上的案件，才有权扣留当事人，但必须交与有司审讯，不得羁押，当事人意外丧命，锦衣卫必须给予解释，或者以欺君议处。
最后这一条，是朱允炆临时加上去的，因为他想起了太多类似死在囚牢的事件，只能尽量的少出现在自己掌握的大明王朝。也算是对锦衣卫职权的一种约束吧。
朝堂之上，众臣们听到皇上如此的决定，反而对锦衣卫感到有些悲哀起来，原来的皇帝亲军，现在却要奔赴四方，不署理国内事务，只针对国外蛮夷。那样的话，使很多人放心了许多，至少可以看出皇上没有针对文、武任何一方。
但那颗忐忑的心还是放了下来，看见如此情况，朱允炆干脆做了一个诸人都很意外的决定，诏命齐泰为锦衣卫指挥使，责令其在一个月内完成锦衣卫重组事务，届时，除却武卫局外，各局都要落实详定，报于御前备案。
洪武三十一年七月，代表锦衣卫的三大特征的飞鱼服、鸾带、绣春刀。又十分显眼的出现在京师的大街上，除了在紫禁城内的办事衙门外，在承恩寺左近又找了一个院落，作为平日锦衣卫指挥使的临时协调处。
锦衣卫现在设有指挥使一人，正三品，同知二人，从三品，佥事二人，四品，皆为指挥使副手，平日分管四局工作。
镇抚四人，五品，十二所千户十二人，五品，下属有将军、力士、校尉，另有精通多国语言的翻译，经历司经历一人，五品。
京师中百姓闻听锦衣卫之名，显示喧嚣议论了一段时间，后来看到并未出现想象中的那般威势慑人，或者是衙门成立之初的雷厉风行。也慢慢的遗忘了。