朱元璋起家的根本，是以凤阳为中心，辐射苏、皖北部各县的家乡子弟，后来在征战过程中源源不断的接收、吸纳和改造降兵，并在攻占的领地内征发罪犯从军以及民间征兵，使队伍不断扩大，正是在这支力量的拥护下，才建立了大明王朝，将蒙元驱逐回大漠。
大明初期的军事战略上主要以进攻为主，为了部队易于集结和调动，仍然沿袭元朝旧制，采用直线式的的管理模式，即枢密、平章、元帅、总管、万户等军队制式和官号。但是等江山稳固，朱元璋的思想发生了转变，总体战略由主动进攻变为防御，直线式的统领部队的军事建制就不能适应防御守备的需要了，于是能够满足国家防御需要的军队建制：“卫、所”制度便应运而生。
这种主要以防御为目地的卫、所防御体系的形成，连同内地每个行政郡必须建立一个守御卫的规定，至建文三年兵部的统计，大明共建立守御卫三百二十九个，守御千户所六十五个，正规军总兵力达到两百余万。又建立军民指挥使司，下辖地方民团，使军民守御卫所总数达到五百四十七个。
卫所分内卫和外卫，外卫归都司使司管理，主要职责是防御外侵、维护辖区社会治安、平叛、集结征伐，按地域划分都司使司二十三个，所辖卫所三百四十七个，分别隶属于五军都督府，直辖于兵部。
实行的是军户制，即一朝当兵，终生为伍，父去子替，世代沿袭的袭替制度。军人的家庭叫军户，军户的户籍归兵部管理，而民户、匠户、灶户的户籍分别归州县、工部和盐课司管理。在军户中一般情况下一户有三个儿子的，一男从军、一男替补、一男持家；有两儿子的，一男从军、一男持家；有一个儿子的，不从军，该家庭转为民籍，其军户户籍则由其他的符合条件的家庭取代。
以守御为目地的军队建制如果遇到大规模的战事时，则由皇帝亲自点将称“大将军”一名，“副将军”多名，由兵部酌情征调各卫所由指挥使和正千户分别带队集结从征，战后官军各回其卫所。
而这次指定的大将军是耿炳文，副将军则由铁铉、盛庸、李景隆三人担任，为了这四个人的任命，朱允炆真的是煞费苦心了，首先耿炳文的儿子娶了姐姐江都长公主，算是自己人。而且也是另一个时空平定靖难的主帅，朱元璋既然将耿炳文留下，自然是有道理的，这样一来，主帅的人肯定是耿炳文无疑。
三个副将的人选，首先铁铉代表朝堂之上的新兴势力，李景隆代表朝堂之上的故旧势力，而盛庸则被朱允炆动用各种力量给发掘出来，原来他一直在四川做参将，名不见经传的一个小人物，却被凭空提拔出来做了定国军的副将。在朱允炆眼里，盛庸就算是代表军人中间的草根阶级吧。
他们四人在年前接到了一个很奇怪的集结命令，由兵部征调令，命令各卫、所的军卒由指挥使和千户分别带队前来京畿集结后，各卫所的将士还未来到，他们就被召进御书房咨询军事。
皇帝面授机宜，已经提前分好工了，由耿炳文总揽全局，李景隆、盛庸和铁铉三人副之，首先以在龙潭整训的大明军事学院学员为目标，提前分派好任务，大明军事学院组成的满编卫五千六百人，被分成四份，其中六百人为耿炳文的直属，其他的则按照李景隆、铁铉各率两千人，盛庸率领一千人这样分配。
分配是以百户为单位进行抽签，这样做是为了尽量的打散原有的编制，但是分配到位之后，耿炳文只能算是一个卫的指挥使，而其余三人算是千户。朱允炆则是给他他们四人一个月的时间去熟悉自己的下属。也就是在一个月之内，每个人都必须熟悉自己的下属，并对于建立定国军提出自己的意见。
在此，不得不介绍一下大明现有的军队编制情况，军队建制是卫下辖千户所，千户所下辖百户所，百户所下辖总旗，总旗下辖小旗，小旗是最基本的作战单位。通常情况下一卫统辖五个所，兵员五千六百人；卫的统称“指挥使司”，设指挥使一人正三品，指挥同知二人从三品，指挥佥事四人正四品，卫镇抚二人从五品，经历一人从七品，知事一人正八品，吏目一人从九品，仓大使、副使各一人，各司其职，逐级负责。一个千户所下辖十个百户所，兵员一千一百二十人；千户所设正千户一人正五品，副千户二人从五品，所镇抚（镇抚是专管军纪的官员，百户缺员时可代百户行使职权）二人从六品，吏目一人。一个百户所下辖两个总旗，兵员一百一十二人；百户所设正六品百户一人，从六品试百户一人。总旗下辖五个小旗，兵员五十六人；小旗管辖十名士兵。
其实大明的这种军队编制已经十分贴近于另一个时空的现代军事编制了，比如说小旗相当于班、总旗相当于排、百户相当于连、千户相当于团，而卫就相当于集团军了。
但是朱允炆总是还觉得缺少点什么，自从上次发“忠”字勋章给大明军事学院的学员，看到所起的作用，似乎有所醒悟，回到京师后，曾经专门召集老将们研究大明现行的军事制度。
才发现，大明在开国之初早有规定，非战功不得受封、不得享受世袭罔替，所以，一般情况下，军官家庭如无特殊变故可世代为官，终生享受恩科优给。士兵家庭只能世代为兵，有因军功或王事获得擢升的也是凤毛麟角。
这一点极大的限制了军事人才的发现，压制了士兵的积极性和进取之心。这种不平等的制度把军户的地位一度压制的很低很低，甚至有很多士兵以身为军户为耻，发生逃兵的现象。
这代表着什么，就是代表着军队严重缺乏着激励制度，朱允炆虽然没有什么管理经验，但旁敲侧击的也了解不少企业管理，对于最基层的人员缺少激励制度，而军官又是旱涝保收、可世代相传的铁饭碗，在短时间内或者是战争期间可能不明显，因为至少士卒们还有盼头，但是到了和平年代，军队就会成为腐败的大染缸。
士兵升迁无望，浑浑噩噩的当一天和尚撞一天钟，军官们没有了后顾之忧，世代为官，终生享受恩科优给。也难怪都是不思进取，以至于消极备战，本来以武立国的大明，到了中后期屡屡被外族欺负。
当然，针对不同的战争，也制定了不少奖惩制度，比如说为防止海上倭寇进犯，特别规定了制定擒获倭寇升赏格：凡各卫指挥获倭船一艘及贼首者，佥事升同知，同知升指挥使，仍赏白金五十两、钞五十锭；千户擒获者升指挥佥事；百户擒获者升千户，其赏给与指挥同。在船军士能生擒及杀获倭寇一人者，赏白金五十两；将校军士在陆地与倭寇交战能生擒或杀获一人者，赏白金二十两、钞二十锭。
光从这一点上就可以看出，奖赏一般还是针对军官，而对于普通军士，没有战功，基本上都是靠军饷度日，就算是有了战功，最多也是奖励一些钱财，能够因此而当上军官者是凤毛麟角。
不过为了保持军队的战斗力，朱元璋还是想了一定的办法，最有成效的就是军队大练兵，例如考核弩兵有两个项目：即射程和命中距离。射程，带队军官必须达到一百六十步，士兵必须达到一百二十步，以射十二箭六箭达标为合格；命中距离五十步，以射十二箭六箭命中为合格；其他各军兵种各有规定。为了检查练兵效果，每年必须抽调各卫所兵员的五分之一进京进行御前验试，距离京城较远的各卫所由兵部派员到都司所在地集中监督进行，逐年轮番更替，五年为一个周期。在验试考核过程中，以卫为单位各项指标都达到规定的，军官逐次分别记功，士兵赏六百钱。此后又规定无论军官或士兵都赏赐现钞分三个等级，外加往返路费。达不到规定的，将领自指挥使以下：所统军士有三份至六份不达标的，次第夺俸；七份以上，次第降官直至降到军士为止；明年再验试仍不合格的，士兵发配云南戍边，军官带罪从征，总旗和小旗降为军士。从中可以看出，对军官的降职能大刀阔斧，对士兵的提升却非常吝啬。
这一切都不利于今后大明的对外拓展，当然，朱允炆也不是没有考虑过另一个时空中存在过的雇佣兵制、义务兵制和募兵制、志愿兵制度。但只是想想也就算了，第一他对这些不太熟悉，第二现阶段他还不敢完全的动摇兵制的根本，只好从现役的军人着手了。
首先他用大明军事学院培养了一年多的学生为最基本的发展目标，并不向各个卫所发出征调令，共计征调了近二十万卫所兵前来京畿附近待命。等耿炳文等人熟悉了大明军事学院的学生后，他下诏开始补充兵源，由学院生自己挑选手下。
而对于应兵部的征调令而来的卫所兵将采取抽兵不抽将的原则。根据学院生本身的能力，分别命令其从卫所兵卒中抽取十人到三十人的部属。因为学院生大部分是抽取原来卫所中的试百户和副千户组成，所以试百户抽十人部属为小旗。副千户抽三十人组成为总旗。