秘书省负责天子的文书工作，以秘书卿为其主官，正五品，秘书监为其佐官，下设舍人、令史等职。首任秘书卿自然是郭璞，秘书监为胡飞。
其尚书六部分别为：礼部，掌祭祀及藩属与外国往来事；吏部，掌选举、考试与官员的任免、迁调等事；度部，掌户籍、财税等事；刑部，掌刑罚、诉讼等事；工部，掌营造、修缮等事；虞部，掌山林水泽、矿藏及流通等事——旧长安行台之商部并入虞部。
其枢密四部分别为：兵部，掌军政；枢部，掌军令；警部：掌地方治安与郡县戍守军；屯部，掌军屯、民屯等事——旧长安行台之行部并入尚书礼部。
此十部皆以尚书为部之主官，从三品，侍郎为副；部下又分司理事，以郎中为司之主官，从五品，丞为副，下设主事、令史等职，其任多为行台旧人，也兼用部分尚书旧吏——比方说张异、孙珍等。
地方行政暂且从旧，但裴该与群臣商议，谋划在天下大定后，情势许可下，恢复前汉之制，即废州而只设郡、县二级；但将部分人口繁盛、地位重要的郡改称为州，比普通的郡要高上半级。譬如改京兆为雍州、河南为洛州、河东为汾州、河内为沁州、荥阳为郑州、陈留为汴州、颍川为许州、魏郡为魏州、范阳为涿州、汉中为梁州、蜀郡为益州、江陵为荆州、丹阳为扬州……等等。
州命刺史，正从五品；郡命太守，正从六品，县不分大小，一律任命县令，自从六品而至正八品。县下更分一都多乡，朝廷直命亭长，为正从九品。
此外议在州郡上再设监察道，由御史省外派按察御史（正从七品），负责一道官吏之督责及民风之访察——一如汉之刺史、唐之黜陟使、明前期之巡抚。
将以旧雍、秦二州并汉中郡为陕西道；凉州为平凉道；以梁（除汉中郡）、益二州为巴蜀道；黄河、太行之间为山西道；黄河以南的司、兖、豫三州为河南道；黄河以北、太行以东为河北道；幽州东部及平州为辽宁道；青州为山东道；徐州为淮东道；荆州为湖北道；湘州为湖南道；扬州为江南道；江州为江西道；广州为广东道；交州为广西道；宁州为云南道；待收西域，则拟定其名为新疆道。
——多数都是因为裴该执意，起了近似于穿越前的省名，他本人会觉得亲切一些，使用起来也方便一些。
如上所述，彻底罢废秩禄制，凡官员皆以品级以别高下，自正一品至从九品，总计十八阶，职事则随才录用，或从闲入剧，或去高就卑，迁从出入，参差不定。其职事高者称“守”，职事卑者称“行”。其武品十八阶各有名号，是为军衔，分别为元帅、元戎、大将、上将、中将、少将、大校、上校、中校、少校、大尉、上尉、中尉、少尉、大士、上士、中士、少士。
目前唯祖逖为最高品的元帅，陶侃都只是元戎而已。
文武官员，其高品（三品以上）者别有散官，加之本品之上，以示尊崇。如文官正一品为上公，即太师、太傅、太保；从一品为公，即少师、少傅、少保；正二品比公，司徒、司空、仪同三司；从二品为上卿，光禄大夫、散骑常侍、特进；正三品为卿，太常、光禄勋、衞尉；从三品比卿，太仆、廷尉、少府。
武官正一品为上柱国、大将军、太尉；从一品骠骑将军、车骑将军、衞将军；正二品柱国将军、辅国将军、冠军将军；从二品领军将军、护军将军、抚军将军；正三品镇军将军、龙骧将军、虎威将军；从三品都护将军、讨逆将军、破虏将军——多循旧称，但因裴该久任晋之大司马，故不命，而改称为“上柱国”。祖逖即为上柱国，陶侃为骠骑将军。
爵分八等，唯同姓始可封王，设亲王、郡王两等；异姓则公侯，设郡公、县公、县侯、亭侯四等，各有食邑，受所封郡、县、亭（亲王食州）赋税的十分之一。其它尚有无食邑之散爵两等，为伯与子，各领俸而已。王、公皆不就国，不开幕，不理民，不领军。
——但就理论上而言，即便裴嶷、裴诜等虽为同姓，终究血缘疏隔，几出五服之外，故而暂且无人得以封王。裴嶷、裴粹两支诸裴皆封为郡、县公——裴嶷以兄子裴开为嗣，裴粹以长子裴诜为嗣，故此二人不封。外姓唯祖逖、荀崧、陶侃、荀组、王卓五人为郡公，华恒、卞壸、郗鉴三人为县公，余皆侯、伯、子等。
别封司马睿为吴县公，刘琨为涿县公，张寔为福禄（酒泉郡治）公，周访为南郑公，王敦为彭泽公，至于他们受不受的（也包括卞望之），暂且另说。
至于服制，裴该不顾群臣反对，大幅度删繁就简，四时祭服唯用一套，天子九章十二旒、诸王七章九旒，公侯五章七旒，伯子三章五旒，以下皆无章无旒。
朝服则罢高山、獬豸诸冠，文臣并用进贤冠，着锦袍。天子冠五梁；王公冠四梁，佩玉蝉，围饰玉带，紫绶金章，或准用玉印；三品以上文臣冠三梁，佩金蝉，围饰金带，紫绶金章；五品以上文臣冠二梁，佩银蝉，围饰银带，赤绶银章；七品以上文臣冠单梁，不佩蝉，围素革带，墨绶铜章；七品以下戴介帻，无绶、铁章。
武官依品，带、绶、章与文臣相同，但戴皮弁或平上帻，着袴褶——源于胡服，为便骑射也——且弁、盔上不饰蝉，而以其它饰品标示军衔：元帅、元戎弁饰两柄交叉金钺；将级弁饰一到四枚金星；校级弁饰一到四枚银星；尉级戴平上帻，饰一到四枚铜扣；士级亦平上帻，无饰，唯袖标上以一到四横道来标志上下。
裴该本人，除非大朝或祭日，则往往不戴进贤冠，不着衮衣或锦袍，而戴垂脚的乌纱帽，着袴褶，且登靴见人。在群臣看来，是天下尚未底定，故此着戎服以示不忘武事也；其实裴该本人仅仅是觉得这么穿着简单，且便于活动而已，倘若还有另一个穿越者，乍一瞧过去，或许会把他当成唐宋士人……
至于上行下效，此等简单方便的服饰逐渐流行，则属后话了。
（第十二卷“丈夫北击胡”终）