在甘宁军带着人去了德国之后，从另一条渠道招募来的新兵也陆续到达了。为了给袁德良安排点事情做，凌天翔让他担任了齐建军的副手，另外换回来休整的肖遥等队员也加入了教官团队。具体负责培训的是齐建军，这也算是他担任军团教导司令官的第一份工作。
齐建军做的第一件事情就是重新规划了军团的训练制度。600余名新兵被分成了12个班，每个班50人出头，由一名教官直接负责，并且由教官督导普通的体能训练。更进一步的训练则是由各个班交叉进行，在完成了第一期2个月的基础训练之后，12个班的新兵将按照能力，以及在战斗中的任务分成了狙击手、侦察兵、机枪手、突击手这四大类，重新组建训练团队，进行专项能力训练。当然，并不是一个新兵只掌握一种战斗技巧，按照凌天翔提出的要求，每一名新兵至少应该具备两个方面的战斗能力，同时最优秀的一批将被挑选出来接受第三期的强化训练，完全按照特种兵的要求进行的能力提高训练。
前两个阶段的训练时间为四个月，这时候大部分的新兵都具备了战斗力，可以编入作战部队，如果到时候伊朗战争还没有结束的话，或者是军团介入了伊拉克内战的话，那么就将被轮番派遣到前线作战部队，由顾衞民安排参战。被筛选出来的一批新兵将接受第三期两个月的强化训练，到时候将基本上达到特种兵的战斗能力。在凌天翔的计划中，这批人员才是军团的主力部队。
随着军团规模扩大，加上一些人事上的变动，凌天翔对军团的编制也做了调整，准确的说，是在原有基础上，重新为军团制定了新的编制体系。
三支战斗部队的编制仍然没有变，不过却都升级为大队。之前直接由凌天翔指挥的小队撤销，他与袁德良直接指挥军团的第1大队，顾衞民为第2大队大队长，甘宁军为第3大队大队长。
三支大队的人数并不一样，其中由凌天翔直接指挥的第1大队有220人，除了平时与凌天翔一起行动的小队之外，另外210人编成了三个中队，分别任命了一名中队长。每个中队里有一个由中队长直接指挥的小队，另外六支小队分成了两个战斗群，每个群有三支小队，而这三个小队的成员都来自同一个国家，这样在作战时才好相互配合。顾衞民的第2大队有210人，顾衞民直接指挥一个中队作战。甘宁军的第3大队也只有210人，编制与顾衞民的大队一样。
三个大队都有独立的战斗能力，为了避免信奉不同宗教、不同民族的队员之间发生冲突，军团里最基本的战斗单位，也就是小队里的队员都来自同一个民族。另外，在执行作战任务的时候，一般出动一个战斗群，也就是3个小队，而这3个小队也要尽量保证是由同一个民族的队员组成的。另外，每个大队里都有一支核心部队，一般都是由大队长直接指挥的一支特种小分队，队员全都是军团最初的成员，这也是大队里战斗力最强的一支小队。
新编制的最大好处就是，军团拥有了同时执行多个任务的能力，而且三个大队可以轮换休整。比如，现在就主要由顾衞民的第2大队在伊朗执行训练任务，随着越来越多的队员完成了培训，连豫泯也开始与伊朗洽谈承包作战任务的合同。那么，在第2大队完成了三个月左右的作战行动之后，可以由第1大队，或者是第3大队将其替换下来，这样就可以让第2大队的队员得到休整的机会，同时让另外两个大队的队员有几乎到战场上去获取实战经验，提高自身的作战能力。
如果军团同时承担的任务很多的话，那么三个大队可以全体出动。一个大队210人的规模并不算小，相当于两个步兵连了，而其战斗力肯定要比普通的步兵强得多，特别是在特殊环境下的作战能力更要高出不少，完全可以应付局部地区的小规模冲突。这样，军团就可以承担更多的业务，并且迅速扩大影响力。
除了三支大队之外，凌天翔还专门成立了一个教导后勤大队，由齐建军担任大队长。这支部队的任务就是负责培训军团新招募的兵员，并且为其他大队提供支持。担任该大队副大队长的是李景风，他的任务就是为军团里的每一名队员提供合适的武器装备。
李景风还专门提出了一点，那就是军团成员要修改武器的话，必须要支付一定的费用，军团只负责提供最普通的制式武器，毕竟用来改枪支的器械是花了不少钱购买的，而且军团本身采用了雇傭制，大部分雇佣兵都有自己的私人装备，如果每个人都免费改枪的话，那肯定是一笔不小的支出。凌天翔答应了他的这个要求，而李景风只收取劳务费，大部分收入都将上缴军团。
教导后勤大队一共只有15名常备队员，其中12人是教官，剩下的3个是负责为军团提供武器装备的。连豫泯也安排了一批非战斗人员协助该大队负责后勤采购。军团的日常弹药消耗相当惊人。在训练全面展开之后，仅每天消耗的子弹就超过了2万发，随后在提高训练阶段的时候，每天不用掉5万发子弹几乎是不可能的事情。除了子弹之外，枪支、单兵作战装备、手榴弹，甚至是火箭弹的消耗都相当惊人，这些都需要进行统筹安排，还得落实到具体的负责人身上。
训练是同时展开的，凌天翔并不是正式的教官，他只偶尔去看看热闹，用袁德良的话来说，就是去耽搁时间、去添麻烦。相对而言，这次从三个地方招募的新兵素质都不差，而且都各有特色。塞黑军人的体力是最好的，同时纪律性相当严明，平时都是一起活动，很少参加娱乐活动，仿佛训练就是他们生活中唯一的乐趣。伊拉克人的耐力是最好的，而性格最为内向，其宗教信仰也极为独特，50多个伊拉克人甚至搞了个帐篷清真寺，每天都会在早晚做祷告。从共和国来的军人在训练场上最为灵活，也最为开放，与教官的关系也搞得最好，同时最喜欢在训练之余组织各种各样的娱乐活动。这大概是教官特别安排的，通过各种各样的娱乐活动，才能够迅速拉近不同肤色、不同民族，有着不同信仰的军人之间的关系，并且形成新的战友关系。