商毅现在可没功夫去管朝廷怎样应付李自成，收复了杭州之后，商毅立刻分兵出击，陆继收复浙江其他的失地。因为这时其他各地的叛军也以经分崩瓦解，因此商家军一路进军，都是势如破竹，有些地方的残余叛军，不是作鸟兽散就足开关投降，并不费力就连继收复了嘉兴府、湖州府、绍兴府和宁波府等地。还有金华府和严州府则是由当地乡绅带领，自行反正，商毅也没有派兵过去。整个浙江叛乱，也全告结束。
其中收复宁波府的罗远斌还发回来一份报告，说位于宁波府象山县的昌国衞属下的五个所居然没有投降叛军从乱，而且在叛军作乱的这段时间里，一直守衞着象山地区，并没有被叛军攻占。
商毅见报之后，也不禁对昌国衞大感兴趣，在这种情况下，这个衞所还能够守衞住地方，确实是不容易。也说明这个衞的指挥使一点有些本事。另外商毅还知道，昌国衞是一个海防衞，应该有一些战船水兵，即然是在浙江立足，商毅早就有建立一支海军的计划，因此也打算在最近到昌国衞去视查一下。
因为现在朝廷还没有给商毅收复的地方派下州府的地方官员，因此所有收复的地方暂时都由商家军接管，当然商毅也知道，大明朝廷早己经被李自成弄得焦头烂额了，现在那还顾得这些事情，那么现在自己以经在实际占领了杭州府、嘉兴府、湖州府、绍兴府、宁波府五处州府。由于商家军的军纪严明，秋毫无犯，因此所倒之处，也受当地百姓居民的一致称赞，地方秩序也都很快稳定下来。
商毅也正式派人到山东青州，让叶瑶瑱组织带领留守在穆陵关里，自己手下的一应行政管理人员，全部都赶到杭州来，准备全面接手，浙江等地的管理事务。不过还是留下一团和其他预备队在穆陵关驻守。当然要等到他们赶到杭州来，至少也是一个月以后的事情，在这段时间里，自己有必要先做好一个未来的规刬，同时也要做一些相应的淮备工作。
其实早在山东的时俟，商毅对于未来，一直都在不少想法，只是在没有确定一块俱体的根据地时，都只能是一些零散的片断，不成系统。现在终于有了自己的地盘，就可以根据实际情况，制定未来的发展计划。
因此在连续几个晚上，商毅都在认真的思考着未来。同时也铺下纸笔，做好了各种记录和一些突发的构想。
就目前的情况来看，明朝的灭亡基本上己经是铁板钉钉的事情，而且俱体时间估计也不会和另一时空里有多大的变化，那么吴三桂的倒戈和清军入关，也应该会如期发生，而南明福王政权的建立，也不会有所改变，当然，如果历史出现一些偏差，也不是不可能，但这些都是不可预料的事情，因此商毅对未来两年的计划，都是依据这些历史发展而制定。等出现偏差之后，再作调整。
首先要确定的是，自己下一步的目标是什么？究竟是建立一个自己的王朝，还是扶助一个可以扶助眀室皇帝，或者是割据一方，事实上这连商毅自己都还不清楚。这主要是因为前一段时间立足尚未稳，也来不及思考这个问题，但现在必须有一个明确的目标了。
在商毅看来，当然能够建立起一个属于自己的大一统王朝当然是最好，但这个目标也未免太过宏大而遥远，而且其中还不知会有多少变化，最多是能当最终目标，而不是眼下的方向。而扶助一个明室皇帝显然也是不可能。因为商毅对中国古代的帝王十分清楚，都是可以共患难，不能同富贵的主，好一点遇到宋太祖那样，来个杯酒释兵权，算是运气好了。如果倒霉，撞上了朱元璋那种货，只怕是死路一条。“飞鸟尽，良弓藏，狡兔死，走狗烹，敌国破，谋臣亡”这十八个字，以经总结得够精避了。商毅可不想落得这样的结果。
因此商毅最后在纸上写下：在清军入关之后的一定时间内，可以依附于明室，或者和某个明室的皇帝合作，而且在名议上可以保持臣属关糸，一同对抗清军，但始终要保持自己集团的独立性，始终掌握一支属于自己集团的军队和地盘，并且不受其他势力的影响和支配的情况下，扩大自己集团的势力范围，注意扩大自己集团的影响力，等一切客观条件成熟之后，不排除建立自己的王朝。
划上句号之后，商毅又看了两遍，再后面又加上：在抗击清军的战斗中，始终注意保持自己集团开明、公证、清廉、效率、亲民、纪律的形像，尽量不参与党争，不参与明室的皇帝的内斗，首先以中下层百姓为主要争取对像；其次是抓住沿海地区的商人，手工业者，和了解海外世界的开明人士；并力争得到传统学者中，思想较为开明者的支持。
写完之后，商毅这才觉得十分满意。中国始终还是一个农业国，没有广大农民的支持，什么事情都不可能做好。而商人，手工业者，和了解海外和世界的人士代表着这个时代的生产力的发现方向，当然不能放过。只有传统学者其实是商毅最烦的一类人，除了像王夫之这类少数的开明者之外，其他的大多数人自视甚高，实际却没多大本事，还以毎毎以道德者自居。反正商毅也看透了，如果真是思想开明，到时候自然会分辩出谁优谁劣，如果抱定了为明室尽忠，自己也不想多费力气，至于其他属墙头草的，就更不用管了，只要自己的势成，当然就会趋之若鹜一样倒向自己。
那么这一段文字，将做为自己在未来几年内的行动准则了。
总则确定下来之后，商毅又换了一张纸，开始制定俱体的计划。
按历史的进程，明年也就是祟祯十七年（1644年）三月中旬左右，李自成将攻入北京，灭亡大明朝；四月底吴三桂引清军入关，李自成撤离北京；五月南明福王政权建立；六月清军开始攻占河北、山西、山东等北方地区。然后一直到第二年二三月间，才开始挥兵南下，于顺治二年（1645年）五月攻破南京，灭亡南明福王政权。也就是说，留给商毅的准备时间，大体就是今年剩下的这两个多月和明年一年的时间。