就在第二天，多尔衮连续传下命令，首先命阿济格等人取消进军计划，边境各部队依然严守疆界，不得轻举妄动；接着又下令严禁商人到南京政府的统治区内进行任何贸易活动，违令者立斩，家财充公，全家为奴，同时又令守衞边境的部队加强巡查，一但发现有偷渡私易者，可当场击杀；最后一条就是再次严令，任何人都不得私藏、销售、传播《杭州时报》违令者，斩立决，诛连三族，同时在北京及周边地区展开大搜查，彻底肃清《杭州时报》，并悬赏举报者。这时流传到清廷的《杭州时报》有八成以上都是在北京及周边地区销售的。

北京人在天子脚下，大邦之地生活了两百多年，在心裏上都是天子之民自居，而且明朝对民间言的控制，相对较松，因此北京人也都十分习惯讨论朝政事情，而且《杭州时报》的内容也确实十分新奇，不仅报导南京的新闻大事，北京的消息也报导了不少，完全可以满足许多人这方面的心理。许多北京的事情，人们都是从《杭州时报》上知道的。

另外现在清廷刚刚入关不久，人心多有不服，而且又连续推行剃发令、圈地令、投充法、逃人法的暴政、弊政，而些暴政、弊政颁佈之后，又是以北京地区的百姓受害虽深，因此绝大部份百姓对清廷的统治都十分不满，转而对南京政府这个新兴的政府都颇为其待，许多人都盼着商毅能够打进北京，赶走清廷。当然这也仅仅只是从精神上支持，在实际进动上，到也没有多少人真的敢揭竿而起。

不过也因此对《杭州时报》又多了几分感情，因为从《杭州时报》上总可以得知南京政府的消息，而且也总是在宣传，南京政府早晚都会举行北伐，收复失地，而每当看到这些消息，人们心裏也就都觉得有了希望。因此尽管此前清廷下令禁止《杭州时报》在境内传播，但还是有不少人在私下交流传阅《杭州时报》。

而且没有多少北京的居民把这份禁令太当一回事，左不过就是一份报纸而己，又算得了什么？不少人都有这种想法，就算自己私藏几份《杭州时报》，又有谁知道呢？另外清廷虽然下了禁报令，但并没有严查销购渠道，在客观上也纵容了《杭州时报》在地下传播。

但这一次多尔衮显然是准备动真格了，下令之后，立刻派人严查，很快就查出了两个定期地下出销《杭州时报》的窝点，然后又沿着这两个窝点顺藤摸瓜，找到了《杭州时报》的总来源：两名获准与南京进行南北贸易的商人。这一下就抓了三十余人，全部下狱。

随后又通过这三十佘人，又挨个的查找下线买家，结果拨出萝卜带出泥，短短三四天的功夫，一下子就抓获了一百余人。而多尔衮已经下定了杀一敬百的决心，就在第五天，将这抓获的一百余人全部处斩。并且还不罢手，在北京地区展开了进一步的清查。

这时这一次事件也开始被人正式冠以“杭州时报案”的名字。

这一下确实震动了整个北京城，人们终于也看明了清廷的凶残面目，于是有不少人把家里收藏的《杭州时报》给偷偷烧毁，但也有人还舍不得把这些希望毁掉，因此尽力在家里藏好。不过还是有不少人被清廷搜查出来，当然也有相当一部份人是被别人举报，而从这一批人中又带出下一批人。结果就在第十二天，第二批由于私藏《杭州时报》的三百余人也被清廷处斩，而牵的家属、弟子达到千余人。

但到了这时，杭州时报案不仅没有结束，而且还有愈演愈烈之势，因为后来查出的，不仅有印刷好的《杭州时报》，同时还出现了手抄本，和简印本，同时竟还搜出了夹在报纸里的百余份传单，都是号招百姓揭杆而起，赶走清虏，或者是逃到南方去，而被牵扯进来的人也越来越多，不仅有百姓，有商人，有读书人，还出现了官员。

同时抓人也不用管什么证据不证据，只要被抓的人一句话，某某人在我家里看过这份报纸，其人也就立刻被抓。不少人因为熬不过刑法，结果真的假的，供出了一大堆来，因此到了十二月二十日的时候，因杭州时报被抓的人己经达到二干五百余人，而可判斩立决者，达千余众。

多尔衮得知这一情况之后，也不由大吃一惊，没想《杭州时报》在北京竟然传插的这么广泛。不过满人从来就不怕杀人多，屠起城来的时侯，动辄上万，那会在乎这几千人，因此多尔衮丝毫也没有犹豫，大笔一挥，斩立决。

于是就在十二日二十一日，新年快要到来之际，整个北京城竟被一片血雨腥风所笼罩，这一次处斩的人数为一千零七十三人。但谁也没有想到，就是这一天，包括随后的几天内，死亡的人数其实远远超过了这个数字。