消灭了卢兴邦这股最大的土匪，整个闽东南为之一靖，参与叛乱的其他势力见机不妙，纷纷缴械投降，正在观望的也偃旗息鼓，不敢再做他想。而一些作恶多端的土匪自知罪责难逃，投降也可能也不免一死，只好潜逃至和红军接壤的偏远地区苟延残喘，腿脚稍慢的被独立旅以雷霆万钧之势包围歼灭。十九路军各部用一个多月的时间彻底肃清了防区内的叛乱，同时把一些长期割据的地方势力连根拔起，真正做到政令统一。其中担负主要任务的独立旅共进行大小战斗一百多次，毙伤叛军两千余人，俘虏五千多人，缴获了大批武器、弹药、粮食和财物，而自身只阵亡三十余人，负伤两百多人。尽管历次战斗独立旅在火力和兵力上都拥有压倒性的优势，但是没有一次失败的结果还是让孙百里非常高兴：自己一手训练的军队终于有了一定的战斗力，尤其是拼刺技术有了长足的进步，面对土匪的大刀长矛时总是占尽上风，相信要不了多久就能达到和日军比肩的地步。孙百里在内心深处有些感谢这些土匪，如果不是他们发动叛乱，自己就没有机会检验部队的战斗力，对于一支新成立的军队，第一次战斗是至关重要的，因为它会直接影响到官兵的自信心的建立，通过相对弱小的对手来确立自信，逐步成长起来，最后才能毫不惧怕地面对任何强敌！

十九路军总部对独立旅在平叛行动中的表现给与了充分的肯定，通令全军嘉奖的同时，还拨出专门的款项犒赏官兵，蔡廷锴私下里也对孙百里大为褒扬，全旅上下在喜气洋洋的气氛下度过了一九三二年的最后几天，迎来新的一年。

然而，新年刚过，孙百里就遇到一个极为头痛的问题：那些拘押在漳州的俘虏不知道该如何处理。总数超过五千的俘虏，经过甄别后留下四千多罪不致死的小喽啰，经过教育改造后，一些愿意回乡务农同时又有家可回的相继离开，还剩下两千余人无法安置。如果对这些人放任自流，必然又是威胁社会安定的重大隐患，继续关押起来的话，不但要长期占用两个连的兵力，养活两千名壮汉也是不小的负担。锺武曾经建议把这些人直接编成一个团，作为独立旅的补充兵力，但是孙百里深知不能再扩编部队了！自己加入十九路军不到半年就被破格提拔，连升几级当了旅长，已经有人对此颇有微词，如果再扩编两千人，独立旅的规模就会完全和其他几个师相差无几。十九路军毕竟不是蔡廷锴的私人军队，他也要平衡部下之间的关系！冥思苦想了几天之后，孙百里依然无计可施，只好去找杜周南求助。

杜周南听他说完之后，语气轻松地说：“我还以为是多大的事，居然把你这个堂堂行署专员难成这样！”

孙百里喜出望外地问：“你有什么好办法？”

杜周南不紧不慢地说：“可以把这些人组织起来，依旧按照军队的编制搞成一个团，然后购买一些工程设备，专门修桥铺路，建设厂房，当然也可以配合工兵部队参与构筑工事，不过同样要收费，对外就叫工程公司。这样他们既能自食其力，又不会威胁治安。没事的时候就和军队一起进行军事训练，这些人都是老油条，上战场肯定比你的新兵适应起来要快得多。”

孙百里想了想说：“这倒是个好办法，只是经费怎么办？哪来钱买设备？”

杜周南说：“你们平叛中缴获的财物都交到财政厅，可是军部并没有说如何处理，我们干脆就用这笔钱买设备好了！我正准备买几十辆汽车给盐场用呢，没想到你就把钱送来了，真要多谢你！”

孙百里点头同意，说：“就这样办了！那些缴获的枪支，军部也同样没有提及，不妨挑一部份好的给这些工程兵，其余的再上缴军部。”

第二天，工程公司正式挂牌营业，孙百里安排一个名叫张伯长的连长担任总经理，这个人由于在平叛战斗中致残，无法继续留在军队的。然后从各地的保安团当中挑选一批精干人员作为中层干部，把公司牢牢控制住。由于保安团和俘虏都是福建本地人，很快就打成一片，本来以为必死无疑的土匪，发现不但幸免于难，还有了份工作，也非常高兴，开始慢慢适应自己的新身份。

随着军政学校的学员一期接一期地毕业，整个闽东南的基层干部都换成支持新政策的人，十九路军在这裏慢慢扎下了跟。孙百里一边监督军队的训练，整训军官，一边安排工程公司整修连接各县之间的道路，改善地方的交通状况，使内陆地区的农产品和其他各种物资能够顺利地运送到沿海港口，而漳州等城市的工业品和盐巴叶源源不断地输送到内陆，整个闽东南在孙百里和杜周南的锐意经营下呈现欣欣向荣的景象。从发展当中得到实惠的当地人对十九路军的态度从排斥、不信任到支持，发生了一百八十度的转变，使经济的快速发展成为可能。

然而，一九三二年四月，随着对红军第四次围剿的失败，中央军各部纷纷撤出红军控制区，准备下一次的围剿，腾出手来的红军迅速移师东下，准备全力解决十九路军。闽西前线所受到的压力一下增大了许多，于是几个师长纷纷要求独立旅增援前线，但是最后却无一例外地都被军部严辞拒绝，因为此时十九路军的内部发生了巨大变化。

五月中旬的一天，蔡廷锴突然带着几名参谋不期而至，虽然表面上说是来视察漳州的防务，同时检验独立旅的训练成果，孙百里从他那紧锁的眉头看出，事情绝非如此，果然，当晚孙百里被专门请到蔡廷锴在漳州的临时官邸。孙百里一进门就发觉气氛有点非同寻常，偌大的会客室只有蔡廷锴独自坐在中间的太师椅上，灯光把他消瘦的身影投在光洁的地板上，显得有些孤独，而陪同前来的参谋都不见踪影。