唐生智这种没有自己军队的司令非常可怜，直到孙百里和几名衞士走进他的办公室还不知道发生了什么事情，迷惑不解地问道：“孙将军，你不在前线指挥部队，跑到这裏干什么？”

孙百里笑着说道：“听说唐司令身体欠佳，不能视事，军队不可一日无帅，作为南京军衔最高的高级将领，我自然则无旁贷要负起这个责任来。”说完一挥手，命令道：“请唐司令上路！”

看着几个身材魁梧的衞兵面无表情地向自己走来，唐生智这才明白过来，色厉内荏地大喊道：“孙百里，你好大的胆子！我是大本营和委员长亲自任命的，杀了我看你怎么收场！”

孙百里皮笑肉不笑地反问道：“唐司令，你误会了！我哪里有这么大的胆子要杀你，只是想把你送到江北去修养一段时间，要不然，你的汽艇不就派不上用场了吗！”

听见孙百里提到汽艇，唐生智立刻气焰全无，在几个衞兵的‘护送’下垂头丧气地走了出去。解决了唐生智，孙百里立即以十九路军总指挥兼军长的名义电告大本营，称唐生智病情恶化，已经神志不清，于前线指挥官紧急磋商后派专人护送其到后方治疗，自己暂时接替唐生智指挥南京衞戍部队。

由于唐生智在就任南京衞戍司令之前就已经抱病在身，大本营就没有多想，再加上南京的部队都是中央军嫡系中的嫡系，不可能做出对中央不利的事情，就顺水推舟任命孙百里为新的南京衞戍司令，全权指挥首都保衞战。

孙百里接管部队后发布的第一条命令就是要求参谋部用最快的速度拟定撤退平民的方案，同时取消唐生智此前下达给北岸部队的格杀令，不再禁止渡江，自备船只的平民随时都可以渡江，由军队提供保护。接着又命令警察和宪兵部队对各政府部门的办公地点等要害部门进行清查，把重要的文件资料登记造册，准备转移。然后再派人到兵工厂员工的家里进行劝说，让技术人员继续到厂里上班，利用库存的原料生产武器弹药支援前线，作为交换条件，这些人的家人将是第一批撤离南京的人员。

于此同时，孙百里让十九路军军部直属的特务营接替宪兵团的防务，让他们来维持市区的秩序，使民众能够井然有序地撤退。为了安定军心，孙百里命令所有的高级军官不得私备船只，准备和日军死战。

当天晚上，各式各样的船只满载着市民朝北岸驶去，开始了撤退的序幕。与此同时，孙百里在衞戍司令部召开军事会议，协调全军的行动，准备下阶段的战斗。参加会议的有教导总队的总队长桂永清，第88师师长孙元良，第87师师长王敬久，第36师师长宋希濂和十九路军独立师师长锺武。

孙百里说道：“诸位，我们的部队虽然都有不同程度的伤亡，但是不客气地说，到目前为止这几支部队依然是国军中战斗力最强的，这也是大本营选择你们来保衞南京的原因！如果还不能重创敌军的话，肯定无法向全国民众和大本营交待，故而我想在此和日军好好打一仗！希望你们能鼎力相助！”

王敬久问道：“我的部队已经伤亡过半，几乎丧失了战斗力，如何继续战斗下去？”

宋希濂和桂永清也说自己的部队伤亡很大，只有孙元良刚刚得到高山峻带来的数千人，稍微好过一点。

孙百里说道：“我的部队损失较小，可以把第87师和教导总队替换下来休整几天，第88师由高山峻的部队暂时在前面顶住就可以了。我军在江北还有部队，可以在转移市民的时候接过来补充，另外，市民当中有很多年轻人不愿意撤退，要求和军队一起战斗，兵力的问题不会很大。”