确定御敌于国门之外的战略方针之后，第四战区司令部趁着日军集结兵力的这段时间，不断把大量的物资装备运送到沿海地区的大小金门、马祖列岛等重点布防的岛屿，工兵部队全力以赴构筑坚固的堡垒工事；第78师主力迅速集结到福州训练基地，另拨出一个坦克营进驻龙岩，以加强闽南地区的突击力量；步兵第60师和新一师负责防守闽北，第61师和新三师则集结在闽南，第53师移师粤北，与犹太军团一起作为第12集团军的总预备队。

战区参谋部按照前松后紧的原则配备兵力：以国土防衞部队固守岛屿和岸防工事作为第一道防线，野战部队配备在第二线，机动力强的装甲部队则配置在更加靠后的位置。为了保证部队的机动性，参谋部制定了周密详尽的部队机动方案，即使配置在纵深处的预备队，也可以迅速根据这一方案东下增援，所有通行的道路都事先进行了准备，即便是在最恶劣的天气情况下也能保证通过大批部队，工兵部队对道路和桥梁被洪水损坏都有针对性的处置预案，在一些偏僻的叉道上，还处心积虑地设立了很多隐蔽的补给点。这样一来，即使日军能够在防线上取得突破，十九路军也能够在最短的时间内集中优势兵力进行反击。

由于无法最终确定日军的攻击目标，孙百里特意让闽南沿海驻军大张旗鼓地进行战备工作，而作为福建政治经济中心的福州东部沿海的准备工作却进行得不露痕迹，以此来迷惑日军情报人员。日本人历来就对中国的古文化佩服得五体投地，《孙子兵法》自然也研究的非常透彻，按照‘实则虚之，虚则实之’的原则来推断的话，肯定会推断中国军队在福州地区布有重兵，表面上的平静恰恰是故意放出来的烟雾弹。

在紧锣密鼓地备战的同时，孙百里和陈诚通了电话，把自己的设想和盘托出，并表示可以支援第六战区一百枝枪榴弹和五百套防弹衣。急于洗雪耻辱的陈诚当即答应下来，然后和孙百里约定，等十九路军阻击日军登陆成功，攻克马当要塞之后，立即反击宜昌。

1941年5月8日凌晨五点左右，海面上的浓雾刚刚开始消散，日军联合舰队就出现在金门以东十几公里的海面上。为了确保占据压倒性的优势，日军出动了两艘航空母舰、四艘驱逐舰、两艘巡洋舰、两艘战列舰、战斗轰炸机七十余架，掩护着三十余艘登陆艇、五十艘汽艇和百余艘帆船，搭载15000余名士兵浩浩荡荡向金门岛杀来。

金门与厦门隔海相望，最近处仅仅两公里，距离澎湖列岛一百五十多公里，由于是扼守闽南地区的几个主要的港口，地理位置相当重要，被西方人称为‘亚洲的直布罗陀’。金门本岛形状似纺锤形，两头大，中间小，中央腰部较窄，仅三公里，南北最宽处十五左右公里，东西向长约二十公里；金门为群岛地形，多为丘陵，山势为东西走向，海拔253米的太武山是全岛的最高峰，位于中部稍微偏北的位置，金门地质以坚硬的花岗岩为主，丘陵和台地表面覆盖着厚厚的红土。

十九路军从抗战爆发前夕就已经开始在岛上构筑工事，经过连续几年的不懈努力，建立了比较完备的防御体系：以太武山为核心阵地，在日军登陆的西部和南部海滩则是以永备发射点和坚固支撑点为骨干的防御阵地，工事多以地下坑道阵地为主，混凝土工事与天然岩洞有机结合，并有交通壕相互连接；小口径火炮分散在海滩纵深的步兵阵地上，大口径火炮全部集中在太武山山体的坑道裏面，高射炮和高射机枪密布整个山体；海滩纵深埋设了大量地雷，轻重机枪、枪榴弹、迫击炮构成绵密火力网，所有武器的配置与射击目标都进行过精确计算，既能隐蔽自己，又能最大限度杀伤敌军；岛屿东南北三面的礁石之间布设了大量的水雷、鹿岩，滩头布满纵横交错的铁丝网；金门西面的小金门岛上部署了一个150毫米重炮连，与游弋在大小金门之间的三座浮动炮台一起构成另外一道火力网。

金门岛上原本有万余居民，抗战爆发后全部迁居内地，于是这裏就变成了不折不扣的兵营。金门驻军本来只有一个步兵营和一个重炮连，国土防衞司令部成立以后，把这裏作为防御重点，不断增加兵力，等到开战的时候，已经有两个步兵团和一个炮兵团，总兵力超过九千人，并且拥有四门150毫米和两门200毫米远程要塞炮，专门来对付日军舰艇编队。

六点整，日军舰队摆开队形，开始长达三个小时的炮火准备，几十门大口径舰炮接连不断地把炮弹倾泻而下，滩头阵地顿时升起一股股柱状烟雾，爆炸掀起的尘土满天飞扬，遮天蔽日；紧接着，舰载轰炸机接连升空，迅速飞抵金门岛上空，轮番俯冲轰炸，为了确保彻底摧毁守军阵地，日军轰炸机携带的全部是100公斤以上的重磅炸弹，并且使用了大量的燃烧弹，方圆数公里的滩头阵地完全被火光和硝烟笼罩着。

金门守军在指挥官的严令下，全部躲在坚固的掩体裏面，坐等日军结束炮击，只有少数了望哨在观察孔前监视敌军的动静。