3月28日，日本联合舰队返回柱岛海军基地维修船只，补充燃油、飞机和飞行员，港口附近的居民看着这数月前浩浩荡荡的大舰队已面目全非，悄无声音地转过身去，不愿意看到这番凄凉的情景，而在舰队旗舰“武藏”号上的会议室内，联合舰队的参谋们鸦雀无声，默默地望着刚刚换上洁白的海军制服的山本五十六，不知道该说些什么，因为他即将前往东京皇宫，向天皇陛下轻罪！

山本五十六坚定的眼神逐一从部下的脸上扫过，然后用缓慢而沉重的语调说道：“这次惨败的全部责任都在我一个人身上，我去向天皇请罪，请诸位继续坚守岗位，通力协助新司令官的工作！”

联合舰队首席参谋黑岛小三郎流着眼泪喊道：“长官，此次失败完全是统帅部错误决策造成的，并不是联合舰队的过错！我们已经尽力了呀！”他转过身体，面向同僚们喊道：“诸位是否愿意与我一起联名上书天皇陛下，彻底清查失败的最终原因！”

“好！”参谋们异口同声地表示同意，但是却遭到了山本五十六的严厉申斥！

“此次反击行动得到了天皇陛下的首肯，并不是统帅部的擅自决定，所以请大家不要再说出这种愚蠢的话！统帅部只是命令联合舰队轰炸中国空军基地，并没有指定具体的作战地点，是我把联合舰队带进敌军陷阱之中的，理所应当由我来承担这个责任！”

说到这裏，山本五十六从座位上站起来，大步向门外走去，参谋们望他离去的背影，几乎个个喉咙哽咽，连气也喘不上来！

3月29日，裕仁天皇在皇宫裏面单独召见了山本五十六。

山本五十六简明扼要地把联合舰队惨败的过程说了一遍，然后把全部责任都揽到自己身上，请求裕仁天皇给予责罚，甚至明确表示不惜以死谢罪。

裕仁天皇听完之后，缓慢而坚定地摇了摇头，轻声说道：“山本卿，你是帝国海军将领的佼佼者，你的胆识和谋略都远远超出同辈很多，连你都打了败仗，换成其他人肯定是同样的结局，所以朕并不怪你！”

山本五十六慌忙躬身说道：“臣万分惭愧！”

裕仁天皇摆了摆手，说道：“这次惨败朕早有预感——中国空军的实力今非昔比，单纯依靠联合舰队的几百架飞机怎么可能挽回局势呢？即使轰炸行动取得了成功，最多只能使中国空军暂停对帝国本土的空袭几个月时间，并不能最终解决问题！在中国广袤的国土上，随时都可以修建出无数个机场来，而中美两国的飞机制造厂很快就能把损失的飞机补充起来，这些都是资源贫乏、国土狭小的大日本帝国所无法比拟的！”

山本五十六没想到裕仁天皇对局势的把握如此准确，敬佩之情油然而生，忍不住说道：“陛下所言非常正确，事到如今，敌我双方军事力量已经公开化了，谁也瞒不了谁。开战之初，海军中曾有一种说法，认为我们的零式战斗机，一架可以和美国的五架乃至十架相对抗，不过，那只是开战之初的事，现在不同了！经过连续几次海战之后，我们损失了大量优秀飞行员，而且没有得到相应的补充，事实上，也根本来不及补充，而敌人力量的补充，几乎是我们的三倍、四倍，双方力量的对比日见悬殊，即使能够取得一两次海战的胜利，也不能改变局势！”

裕仁天皇点了点头，说道：“记得在太平洋战争爆发之前，卿曾经说过，帝国的实力远远不足以挑战美国，所以应该极力避免与其开战，如果开战的话，则力争通过一两次大规模的海军决战来迫使美国接受对帝国有利的停战条件！现在看来，卿的意见是完全正确的，统帅部成员如果有你这样的见识就好了！”