冲绳守军的顽强抵抗，使日本统帅部赢得了部署日本主岛防御的时间，继续用近乎疯狂的速度扩军备战，准备迎击盟军的登陆。

日本统帅部判断，冲绳岛上的守军至少还能再坚持两到三个月的时间，这样一来，盟军登陆九州岛的最快也要在1945年春季，等到盟军在关东地区登陆的时候，肯定是在夏季以后，到了那个时候，德国陆军就可以粉碎苏军的最后抵抗，从俄罗斯草原向西伯利亚席卷而来，袭击中国的侧翼，其远程轰炸机群自然可以帮助陆军航空兵夺回制空权，从而反败为胜。

根据以上判断，日军在九州岛和关东这两个地区集结了重兵：东京所在的关东地区由田中静一大将指挥的第12方面军负责防御，下辖五个军，以及东京湾兵团、海军横须贺镇守府，共十八个步兵师团、两个坦克师团、七个独立混成步兵旅团、三个独立坦克旅团、一个高炮师团，此外还有东京防衞军的三个警备旅团、横须贺海军特别陆战队十八个大队，以及日本本土最精锐的部队、大本营总预备队第36军（下辖六个决战师团、两个坦克师团，总兵力约为150万。

九州岛地区，日军部署了横山勇中将指挥下的第16方面军，下辖三个军，14个步兵师团、六个独立混成旅团、三个坦克旅团、一个高射炮师团，以及海军的29个陆战大队，总兵力为45万。

日军统帅部制定的作战计划是准备以九州为中心，尽量迟滞盟军的进攻，并最大限度地给敌军以杀伤，最理想的结果是美军因顾忌伤亡而单独停止进攻，这样一来，中国军队即使不愿意停战，也会因为后勤补给问题而停滞不前，果真如此的话，帝国的根本之地关东地区就能够摆脱被敌军攻击的命运。

在日本，九州岛居民向来以强悍好斗闻名全国，历来精兵辈出，号称日本陆军战斗力第一的第六师团（该师团在南京战役中被十九路军全歼）、缅甸派遣军的主力第18、第37师团都是出自这裏，此外，九州岛七个县共有居民一千多万，按照日本统帅部的计划，可以动员的后备兵员有四百余万，即使以尸山血海为代价，也能把盟军拼光。

为了确保战役的胜利，日本统帅部重新启用了有‘山地战专家’之称的横山勇中将，由他来全权负责九州岛的防御作战。

横山勇中将敏锐地意识到，面对盟军的绝对海空优势，滩头作战难以奏效，因此断然否决了参谋们提出的御敌于滩头的建议，决定凭借雾岛山山地的有利地形，依托坚固的工事，实施纵深防御，防御体系的核心阵地就是雾岛山为中心的南九州。

横山勇命令海军陆战队在适宜登陆的海滩、港湾构筑永备发射点和坚固支撑点，进行滩头防御；实力较弱的步兵师团部署在海滩纵深处，作为第二道防线；机动性强的三个坦克旅团分驻福冈、熊本和鹿儿岛三县，随时准备进行长途奔袭；最精锐的四个步兵师团和高射炮师团全部部署在雾岛山及其周边地区。

为了能够最大限度地杀伤盟军，横山勇摒弃了死拼战术，规定了近距射击、分兵机动防御、诱伏等战术，并且严禁发动自杀式冲锋，号召每一个士兵至少要杀死十个盟军士兵。

由于美军在冲绳岛上的进展极其缓慢，所以横山勇制订了一个雄心勃勃的防御计划，计划在五个月的时间内，在南九州地区建立以地下坑道阵地为主，混凝土工事与天然岩洞相结合的坚固防御体系。为此，第16方面军征集了将近三十万民夫，夜以继日地构筑工事，然而，由于盟军持续不断的猛烈空袭，日本国内资源枯竭，储备告罄，连基本生活保障都非常困难，根本没有足够的物资来支撑这个规模空前的防御体系，因此修修停停，进展极其缓慢。