李世民被封为天策上将，并建立文学馆，用杜如晦为从事中郎，为十八学士之首，李世民常常到文学馆与杜如晦等讨论经义，而且经常说到晚上。但太子李建成却对对此非常忌惮，他对齐王李元吉说：“秦王府中能让人担心的，只有房玄龄和杜如晦两人。”于是，李建成上言李渊，将房玄龄与杜如晦逐出京师。

李建成拉拢尉迟恭遭到拒绝，于是派人刺杀尉迟恭，失败后李建成上言李渊将尉迟恭打入大牢，李世民将尉迟恭保释出来后，尉迟恭打听到李建成和李元吉，想要于昆明池对李世民不利，将此事告诉了长孙无忌，长孙无忌立刻去找李世民，让李世民先发制人，但李世民因自己与李建成是亲兄弟，所以犹豫不决，尉迟恭劝谏李世民不能以小仁而废社稷大义，并表示如果李世民不做决定，自己将和长孙无忌逃离，但李世民还是拿不定主意，尉迟恭又与侯君集日夜劝谏。

这时，李世民想起了房玄龄和杜如晦，于是派长孙无忌秘密将二人召回，但二人被李渊逐出京师，私自回京就是死罪。李世民于是取自己的佩刀交给尉迟恭，尉迟恭带房玄龄与杜如晦化妆成道士潜入秦王府，经过与房、杜二人的谋划之后，李世民终于下定决心，发动玄武门事变，将李建成和李元吉诛杀。事成之后，李世民被立为皇太子，杜如晦被任命为太子左庶子，李世民论功行赏，拜杜如晦为兵部尚书，进封蔡国公，赐实封食邑一千三百户。

李世民命杜如晦以检校侍中之职兼任吏部尚书，仍然总管东宫兵马，杜如晦在任内非常称职。因发生大旱，李世民让房玄龄、杜如晦、长孙无忌等于名山大川祈雨。杜如晦代替长孙无忌为尚书右仆射，仍旧管理官员的选拔，与房玄龄一起辅佐朝政，建立台阁规模以及表彰人物的事情，都是由房玄龄与杜如晦所定，二人在当时获得的赞誉非常高，称为良相。

杜如晦染病，于是向李世民请求辞官，李世民仍然按照杜如晦以前的官职给他发俸禄，但李世民还是非常担心杜如晦的病情，多次派遣使者和名医前去救治杜如晦，派遣到杜如晦府上的人在路上前后都能望见。但杜如晦最终还是病死，终年四十六岁，李世民为此大哭不止，三天不能处理朝政，转封杜如晦为莱国公。

杜如晦死后，李世民作诏书于著作郎虞世南说：“我和杜如晦之间情义深重，今杜如晦不幸病逝，追念他以前的旧功，我非常伤心，希望你体会到我的意思，为杜如晦制作碑文。”

后来，李世民赏赐给房玄龄一条黄银带，不禁感到伤心，哭着对房玄龄说：“当初你和杜如晦一起辅佐我，但是赏赐只能给你一个人，我听说鬼神什么的害怕黄银，我再拿一条黄金带，你带到杜如晦的灵房去吧。”

李世民因十分想念杜如晦，所以经常梦到他，在杜如晦忌日的那一天，李世民派遣官员到杜如晦家中慰问杜如晦的妻子和孩子，给家里的赏赐还和之前的一样，并且封杜如晦的儿子杜荷为郡公。李世民命阎立本画长孙无忌、房玄龄、杜如晦等二十四人的画像置于凌烟阁，杜如晦位列第三。(记住全网小说更新最快的枣子读书：www.zhaozhi.us)