攻下夷陵之后，李靖又马不停蹄，率轻骑五千为先锋，直奔南梁都城江陵，李孝恭率大军继后。李孝恭带领大军继续进攻，李靖又击败萧铣的骁勇大将杨君茂、郑文秀，俘获士卒四千多人，攻克江陵外城，接着又占领水城，缴获了大批舟舰，解开战舰放于江中。诸将说：“所获船舰应当为我军所用，弃船就会资助贼寇，这样做是为了什么呢？”孝恭说：“萧铣的辖境，南至岭表，东达洞庭，地势险要战士众多，如今萧铣沿江镇守将士众多，如城未攻下而援兵到来，我军就会内外交困，舟船虽多，又有何用？如今萧铣已败，不会马上进兵，往返打听情况，就可延缓其救兵，那么我军就能顺利地攻下江陵了。”不久萧铣救兵到达巴陵，见空船，果然迟疑不进。

萧铣自度救兵难于急至，就对属下说：“天不助梁，数次亡国。如果战至力屈而降，唐军必因军士死伤而大杀城内百姓。怎能因为一人之故而使百姓遭殃呢。现在城池还未被攻拨，我先出降，可能会保全民众。众人失我，何患无君！”于是，他亲自巡城下令投降，守城军士都号哭不已。萧铣祭拜太庙后，率官吏赴李孝军门请降：“当死者惟有我萧铣，百姓无罪，请勿杀掠。”李孝恭把萧铣用囚车送至京师，平灭萧铣后被拜为荆州大总管，岭南四十九州皆望风而降，李渊大喜，任命他为荆州大总管，下诏画工图其击破萧铣之状以呈进朝廷。

李孝恭治理荆州有方，大力开置屯田，创设铜冶，以便利百姓，不久迁任襄州道行台左仆射。那时岭表地区还未平定，他便分别派遣使者抚慰，其投诚归附者有四十九州，使朝廷号令畅通于南海之滨。

杜伏威的部将辅公祏反唐、杀王雄诞、率部占湖州，孝恭率兵前往九江，李靖、李勣、黄君汉、张镇州、卢祖尚全都受他指挥。出发之前，大飨将士，杯中之水忽变为血，在座者脸色尽变，孝恭举止自如，从容不迫地开导说：“祸福无门，惟人所招！我没做什么负心事，诸位不必为我如此忧心。辅公祏恶贯满盈，如今依仗朝廷威灵以问罪致讨，杯中之血，乃是贼臣授首的征兆而已！”一口饮尽，众心遂安。辅公祏部将冯惠亮等人守险邀战，孝恭坚守壁垒而不出战，派出奇兵断绝贼寇粮道，贼众渐饥，夜逼其营挑战，孝恭坚卧不动。第二天，派出羸弱兵卒前往贼营挑战，令卢祖尚挑选精骑严阵以待，不一会儿羸兵退却，贼寇追击败卒甚为嚣张，与祖尚之军相遇，交战一场，大败其众，冯惠亮退守梁山，孝恭乘胜攻破梁山别镇，贼众赴水死者数以千计。

辅公祏穷蹙，放弃丹阳逃走，孝恭派出骑兵穷追，俘获辅公祏于武康，李孝恭杀越州都督阚棱，江南平定，拜扬州大都督，江淮及岭南诸州都归他所统摄。隋灭乱起，李氏家族除李世民带兵纵横天下外，宗室中只有李孝恭一人能独当一面，并立有大功，孝恭两次击破大寇，北起淮河，东包长江，越岭而南，尽归他统管。因而想以威名夸示远俗，便修筑宅第于石头城中，设立哨所往来巡察以护卫自己，有人诬告他谋反，因此被召还京师，颇受有关部门追究盘问，既无证据，便被赦免为宗正卿，赐予实封一千二百户，历任凉州都督、晋州刺史。贞观初年，迁任礼部尚书，改封为河间郡王。

孝恭性情奢侈豪爽，后房歌姬舞女达一百余人，然而待人宽恕谦让，没有骄矜自得之色，故而李渊、李世民都对他十分亲待。功成名就之后，这位王爷不喜反悲，对左右说：“我住的大宅子真是太宏丽了些，应该卖掉再买座小院子，能住就可以了，我死之后，诸子有才，守此足矣。如果这些犬子不才，也免得这么好的大宅子便宜了别人。”李孝恭得急病一下死掉，时年才五十岁，正当壮年，李世民亲自举哀，哭之甚恸，赠司空、扬州都督，陪葬献陵，谥曰元，配享高祖庙庭。(记住全网小说更新最快的枣子读书：www.zhaozhi.us)