在各省省长人选大洗牌的同时，雒阳国防部还宣布撤销原国防军东南前指、西南前指、华南前指及国防军预备集团军群、荆江集团军群、南方集团军群、江东集团军群、东部集团军群和东海集团军群。
其中华南前指总指挥于学忠接任卢汉旧职出掌盟军驻泰总司令，徐永昌回任参谋本部第一副总长，何光夫出任东南剿匪总司令部总司令。
又以解散之国防军预备集团军群司令部为基础组建国防军华西前线指挥部。
以东部集团军群司令部组建国防军华中前线指挥部。
以南方集团军群司令部组建国防军西南前线指挥部。
以荆江集团军群司令部组建国防军东南前线指挥部。
以江东集团军群司令部组建国防军江南前线指挥部。
以东海集团军群司令部组建国防军江淮前线指挥部。
新成立的华西前指负责剑南（川西）、合州（川东）、贵州、西康四省及自贡特别市的防务，下辖国防军第五军、第九军、空军第五航空队和空军地面防空部队，预计第一阶段师改旅的改编完成后，统辖兵力在35万人上下。
华中前指将负责汉江、荆湖、湘南、广东四省及鄂州特别行政区、琼崖特别行政区、广州特别市的防务，下辖国防军第三军、第十四军、海军陆战队一部及空军第七航空队、空军地面防空部队、海军第一联合舰队，改编后的总兵力约为40万人。
西南前指负责边西、云南、广西、广南四省及攀枝花特别行政区的防务，下辖国防军第八军、第十二军、西南边防司令部，空军第八航空队及空军地面防空部队，改编后的总兵力预计将不少于为35万人。
东南前指将负责罗东、乂安、福建、台湾四省及琉球特别行政区的防务，下辖国防军第四军、第十一军、海军陆战队一部及空军第三航空队、空军地面防空部队和海军第二联合舰队，改编后的总兵力约计38万人。
江南前指负责江西、浙江两省及苏南、皖南地区和淞沪太特别行政区、苏州特别市、宁波特别市的防务，下辖国防军第十六军和第廿一军、海军陆战队一部、空军第九航空队、空军地面防空部队，以及海军第三联合舰队，改编后的总兵力约计33万。
江北前指负责山东、徐海两省及皖中、皖北、苏北地区并青岛特别市的防务，下辖国防军第十军、第廿四军、空军第六航空队和空军地面防空部队，海军第四联合舰队，预计改编后的总兵力将在30万人上下。
在对嫡系部队进行改编的同时，雒阳还对杂牌武装进行一定的调整。
1946年1月3日，雒阳国防部决议，将何绍周第廿四军团和张笃伦第卅五军团与卢本棠第廿二军团、国防军独立炮兵第五特别作战群合编为第一特别兵团，王以哲由第一集团军群司令官转任该兵团司令。
1月4日，根据东南剿匪总司令何光夫的提议，雒阳国防部又决定以龚渭清第48军为基础组建乂安省保安司令部和保安一至四总队。
以陈良基第105军为基础并东部集团军群部分官兵组建江西省保安司令部和保安一至六总队。
以第九军团司令部组成江苏省保安司令部并抽调第428师（由蒋军第卅二集团军一部改编）李仲辛部、晋军第423师于一凡部及原江东集团军部分干部合编为江苏保安一至六总队。
以王景儒第35军为基础加强原东海集团军群部分干部组成安徽保安司令部并安徽保安一至六总队。
同日，雒阳方面还决定，在撤销第三军团、编入日本撤回的王劲久、戴戟两部及国防军独立炮兵第一、第四特别作战群后，将原第一集团军群改编为第二特别兵团，孙楚兼任该兵团司令。
撤销第十二集团军群，该集团军群司令万耀煌调国防部任常务次长。
第六集团军群接收国防军独立炮兵第六特别作战群后改编为第三特别兵团，该兵团司令继续由刘建绪担任。
原第五集团军群司令官衞立煌在雒阳的阻挠下没能率部前往东北，反而被任命为国防军西北前线指挥部总指挥。
该指挥部将负责陕西、安原、陇上、青海四省及西安特别市、宝鸡特别市、天水特别市的防务，下辖国防军第十七军、第廿军、空军第四航空队及若干空军地面防空部队，预计改编后该方向的国防军总兵力在25万人上下。
1946年1月7日，雒阳国防部下令抽调原第廿三军团军团长陈明仁出任国防军华西前线指挥部参谋长，原第廿三军团副军团长黄杰出任国防军第一军参谋长。
第二天，国防军参谋本部下令从刘嘉树第八十一军抽调2个团、从罗历戎第八十五军抽调1个半团，联同海军陆战队一部计5500名官兵组成印尼护侨队，立刻开赴泗水、三宝垄等地。
1月10日，参谋本部又调动傅仲芳第八十军4个团6000名官兵并国防军退役印尼籍华侨官兵1500人开赴西婆罗洲，预备与已在当地的3500余名忠义救国军官兵、2500余名西盟自衞队官兵组建西婆罗洲华人自治共和国国防军。
1月11日，国防部下令以桂军为主体组建国防军南疆前指，李宗仁人前线总指挥，负责永珍（中寮）、永平（上寮）、定南（越南北部）、睦南（越南中北部）等四个未建成省的防务及肃清越盟、巴特寮的任务。
1月14日，国防军参谋本部又以防备法军来袭为由，调动陈瑞河第廿三军团、李觉第廿五军团余部南下增援南坼和越南两国，至此，除改编为琼崖保安司令部并琼崖保安一至三总队的原第四零七师杨荫部外，由蒋军余部组建的第五集团军群被整体消灭了……