太平洋战争爆发伊始，日军在东南亚横冲直撞，如入无人之地，连续占领柬埔寨、泰国、马来亚、菲律宾、荷属东印度群岛、缅甸，同时在中国国内，日军也发起归绥会战、上高会战、金衢会战、正县会战、福州之战、第二次武汉会战等一系列各有胜负的作战及大规模的敌后扫荡。

但日军的高光时刻很快过去，1943年5月，国防军出兵缅甸挡住了日军对滇西缅北的进攻（日本提出缅甸独立来吸引缅族人的支持，中国则扶持克钦族人和掸邦搞民族自治脱离缅族控制。由此与克钦族、掸族密切了关系为战后瓦解缅甸奠定了伏笔）。

1943年6月初，国防军利用苏军力量为德军牵制的机会进军新疆，并于第二年4月前控制全疆，随即国防军开始在伊犁、塔城等地建设边防永备防线并抢修兰伊铁路星星峡至迪化段。

1943年7月，国防军高级干部彭峰岳上将退出现役调任云南省省长。

顾祝同因挑起皖南事变受到国内舆论谴责而被免去华东战区代总司令一职，调任天山省省长，张治中调任闽浙赣战区司令、李宗仁调任闽赣粤战区司令、余汉谋改任粤桂湘战区司令、张发奎调任鄂豫淮战区司令、王以哲调任徐鲁豫战区司令、张学良调任军事委员会副主席。

月底，任命戴笠为忠义救国军总司令，负责华东敌后游击武装及与新十军摩擦。

1943年8月至9月间，第三次武汉会战爆发，华军各部以伤亡20万人的代价再次击退日军的进攻，毙俘日军5万余人。

1943年11月，余汉谋部、湘军陶广等部也在粤北发动反击，毙俘日军近万，有力的支持了太平洋战争；而在太平洋上，日军也在珊瑚岛海战、中途岛海战中连续失利，日军的狂澜终于开始退潮了。

1944年初，洛阳开始对川军、黔军、滇军、杨虎城余部、韩复榘余部、湘军各部实施彻底的国家化改造。

截止至44年年底，（不含补备、保安、教育等单位及敌后游击部队在内）国防军嫡系部队一共编制17个兵团计57个军及一应配属部队。

11个空军航空队、3个海军支队，另外还有7个特别骑兵军、2个骑兵集群（南疆骑兵集群、高原骑兵集群）、6个少数民族抗日义勇军旅。

4个独立骑兵支队、2个空降旅、2个海军陆战队旅、1个海军蛙人支队、10个独立炮兵旅和6个独立重炮兵旅（国防委员会直属）、24个防空旅又71个独立防空营（隶属于联合防空司令部）。

17个雷达/探照灯旅（隶属于联合防空司令部）、11个独立防空团和12个移动雷达/探照灯营（国防委员会直属）、22个铁路工兵旅（其中6个旅隶属于联勤司令部。12个旅临时配属于建设委员会、4个旅归国防委员会直属）、15个独立工兵旅（其中5个旅隶属于联勤司令部、4个旅临时配属于建设委员会、6个旅归国防委员会直属）。

31个运输旅（其中22个旅隶属于联勤司令部、9个旅直属于国防委员会）及若干兵站、化学兵、通讯兵、医护、交通管制部队。

在嫡系部队以外，杂牌武装12个兵团级指挥机构计27个军、10个独立旅、5个独立骑兵支队在内的100万人的部队。

在整顿杂牌的同时，国防军发起第二次南昌战役、反攻集宁等战役，并在郑洛保衞战、金衢保衞战、南阳会战、第四次武汉保衞战等战事中于日军殊死搏斗，有力的牵制了日军的力量，阻止日军向太平洋战场调动更多的兵力，为盟军反攻做出了巨大的贡献。

1944年底，根据马斯喀特会议的精神，国防军开始在晋南、粤北、桂南、赣北、浙中多地局部反攻。

1945年年中，国防军出动主力部队305万人、其余部队95万人合计400万大军兵分多路发起大规模反攻。

至1946年3月，华军已收复河南、山东、山西、河北、江西、安徽的大部分地区，兵锋指着平津及华中日军在长江以北的少数据点。

1946年2月初，琉球失守，日本帝国的脖子被勒紧了。

1946年3月初，美国在德国、日本连续丢下原子弹；稍后，苏联对日本宣战，迫于四面楚歌的境地，日本于1946年4月7日宣布投降，随后国防军收复平津、东北和国内其他沦陷区并进军朝鲜、控制了整个印度支那及泰国。

1946年9月，国防军进入外蒙，迅速控制乌兰巴托及以南地区，苏军（因为苏德战争消耗了海量兵力，导致远东苏军精锐大举东调，剩余的远东苏军主力和波兰战役结束后回防远东的苏军精锐则大部用来控制北日本，驻蒙苏军不但是苏军内部的三、四线部队且数量有限）猝不及防，根本无法阻挡华军的攻势，只能仓促逃亡恰克图以北苏联境内。

等到斯大林好不容易从欧洲和北日本调集足够数量的军队时，已经是隆冬季节，战事遂被拖延至第二年。

1946年10月，英国政府發表同意印度独立的宣言，月底，阿萨姆宣布从印度分离，建立自治政府，中国国防政府随即秘密承认阿萨姆独立并向其派遣协防驻军。

同月，中国与海得拉巴签订密约，准备派出伊斯兰志愿军。

1946年11月，美国政府决定向中国无偿提供20亿美元的战后剩余军火及其他剩余物资。

英国政府决议向中国提供1亿英镑的剩余军火及民用救济物资。

同月，雒阳政府以拒不接受放弃武装割据、密谋推翻政府为由查禁共产党并开始进攻新十军各部。

1946年12月，法国派兵前往南坼，随后在1947年3月间，印度支那独立战争爆发，法军战败，越南、南坼、柬埔寨纷纷宣布独立，期间中国并吞老挝和北越地区并主导柬埔寨、南坼、越南签订领土交换条约，协助柬埔寨向泰国索要领土和战争赔款。

1947年4～6月间，苏军在蒙古人民军的配合下攻入外蒙，中国政府立刻在国际场合进行谴责，同时华军主力在乌兰巴托周围、乔巴山周围与苏军猛烈交火，并派出远程轰炸机对西伯利亚铁路及沿线城市进行猛烈轰炸，苏军最终因为物资供应不足被迫后撤。

由于在北方打不开局面，苏军又在中亚方向对新疆进行猛攻，但被阻止在伊犁谷地和塔城边境。

1947年5月10日，印度和巴基斯坦宣布独立。

月底，华东清剿趋于结束，共产党新四军基本被消灭，国内领导人不是战死就是被逮捕，只有少数辗转撤往苏联。

1947年6月，印巴在克什米尔爆发大规模冲突，同月，阿萨姆独立战争爆发。

1947年7月2日，第一次印巴战争全面爆发。

月中，阿萨姆伙同东巴军发起孟加拉战役。