崇祯十二年正月二十九日申时，崇文门官军执驸马巩永固献门，薛家军涌入崇文门，随后宣武门、正阳门相续被打开，薛破虏率大军从正阳门进入北京内城，襄诚伯李国祯被降军献与薛破虏，薛破虏执手安慰李国祯，希望李国祯继续统领京营，被李国祯拒绝，薛破虏没有勉强，派兵送李国祯回府与家人团聚。

彭郎君率领的特种部队包围了皇宫，薛破虏让太监曹化淳去劝慰崇祯皇帝，曹化淳战战兢兢的进了紫禁城，不过薛破虏并没有打算进入皇宫，再调了五千士兵协助彭郎君围困，皇宫里的一切等少爷进京再行处理。

随后薛破虏在骆养性的陪同下，去了锦衣衞诏狱，亲自接宣、大、山西总督卢象升出狱，希望卢象升能够为薛家军效力，哪知道卢象升根本不买薛破虏的帐，骆养性上前好言相劝，却被卢象升斥为奸邪败类，骆养性含羞而退，薛破虏只好劝慰了卢象升几句，见卢象升对自己不理不睬，只好先离开了锦衣衞诏狱。

接着薛破虏马不停蹄赶往西四牌楼宝禅寺兵部尚书喻安性的寓所，可是喻安性也没有给薛破虏，硬是让薛破虏在大门外站到深夜，薛破虏干脆裹着一件皮袍，站在俞府大门对面的房屋的木柱下，一直等到第二天天亮。

心情矛盾的喻安性一夜没睡，知道崇祯皇帝已经大势已去，可是自己立刻就为薛家军做事，害怕被同僚斥为卖主求荣，可是薛破虏的诚意让喻安性非常感动，自己内心很大程是赞同薛家军一些做法的，自己思量五千，又被妻儿家人苦劝，喻安性只好开门接薛破虏进府，薛破虏乃尊喻安性为上司，行跪拜礼觐见喻安性。

随后喻安性接受了薛破虏的邀请，以薛家军首位阁臣的身份，出面负责大明内阁事务，除首辅刘宇亮在天津衞，杨嗣昌、范复粹称病不出，傅冠、薛国观、程国祥、方逢年、蔡国用俱到内阁办公，大明行政开始正常运转。

曹化淳是二月初一日已时见到薛破虏的，曹化淳告诉薛破虏，崇祯皇帝和三个皇子不见了，天启皇帝的张皇后自尽被宫女救了下来，薛破虏吓出了一身冷汗，下令曹化淳回宫继续寻找崇祯皇帝和三个皇子，并确保皇宫的皇后皇妃不得出事，曹化淳带着愁苦的脸回紫禁城去了。

薛破虏立刻命令关闭北京城，特别是北京城内城更是进行了地毯式搜查，三个皇子子太子慈烺、三子定王慈炯、四子永王慈焕很快外戚勋臣送来了，薛破虏把三个皇子送回皇宫他们母亲身边，可是崇祯皇帝还是无影无踪。

崇祯十二年二月初八日，薛云率领十万大军到达北京城外，在京城官员百姓的夹道欢迎声中，由薛破虏、薛五率领的薛家军为前导，薛云领一万精锐将士入城，大军从沿紫禁城皇宫而过，出正阳门转至崇文门东大街，薛云率女眷入住长期空置的总兵府。

薛云得知崇祯皇帝还是在煤山的老槐树下自缢了，最终没有逃脱人生的宿命，自己也避免了如何处理崇祯皇帝的尴尬局面，让薛云感到欣慰的是，崇祯皇帝没有对自己的后妃子女痛下杀手，大臣中礼部尚书兼东阁大学生杨嗣昌服毒自尽，驸马巩永固举火自焚，薛云对杨嗣昌这个人还没有想好怎么用，既然杨嗣昌死了薛云就不用操心了。

薛云这一天先后接见了喻安性、骆养性、刘宇亮、曹化淳，这代表四人在薛云心中的地位，午后薛云回薛府拜见祖父薛睿、父亲薛傲韧，薛睿倒是宠辱不惊，薛傲韧免不了沾沾自喜，薛云回到总兵府时，得到锦衣衞报告，卢象升不愿走出开着的狱门悬梁自尽了，薛云叹口气吩咐按国公之礼厚葬卢象升。

住入总兵府的女眷有娜木锺、哈日珠拉、阿茹娜、娜仁高娃、郎氏、布木布泰、斯琴图、窦土门、乌云娜和兀浪哈大公主、泰松公主等，玉女圣剑、徐三姐、洪峈伊不好意思凑这个热闹就在军营里住着，三人私下骂薛云无耻下流。

薛云接下来就是给崇祯皇帝办丧事，并以大明摄政王的名义，宣布大明官员向自己效忠，各地官府接受薛家军的进入，旨意从内阁发出后，大明各地文武官员望风归顺，至二月十五日，北直隶全境依附，二月十八日，山东巡抚颜继祖、张秉文率山东全省归附，截止到月底，南直隶、山西、浙江全境，湖广、河南、陕西、江西大部归顺。

薛云知道广东、广西、云南、贵州四个四省山高路远需要等一等，福建是郑芝龙盘踞的地方，归附的可能性最小，不过福建也比较偏远，薛云的目光盯在了陕西勤王军和盛京、宁锦、山海关等处。

洪承畴、孙传庭率领的陕西勤王军，刚刚走到山西宁武关，就接到了北京城陷落的消息，洪承畴、孙传庭只好在宁武关停了下来，三边总督洪承畴有意入太原立晋王朱审烜为帝，山西巡抚孙传庭犹豫不决，而陕西众将多畏惧薛家军不敢附和。

二月十五日，朝廷内阁附摄政王签名公文送到，招三边总督洪承畴进京入阁，陕西巡抚孙传庭改任三边总督，勤王军各级皆升一级，命令孙传庭立即回陕剿灭闯王李自成，陕西勤王军个个升官晋爵，都拥着孙传庭回陕西去，把洪承畴一个人凉在宁武关，洪承畴在宁武关呆了三天，还是舍不得自己辛苦得来的前途，随着送信的锦衣衞去了北京城。

皇太极率领两万多人逃回盛京，盛京是四门紧闭，皇太极这才知道是二贝勒阿敏伙同旅顺薛家军夺取了盛京，皇太极怒火攻心想要攻城，可是身后的十万薛家军杀到，皇太极腹背受敌，只好率领两万多人马继续北逃。

薛家军的十万大军是由王二娃、阎老幺、阿如罕、宝音、科尔沁、叶赫部人马组成，这支联军追杀了皇太极半年，先后击毙了豪格、多铎、济尔哈朗、阿巴泰、硕托等将领，皇太极带着数百人流窜在黑龙江一带，在追兵逼近无路可逃的情况下，皇太极跳进了滚滚的黑龙江里。

盛京俘虏的代善满清贝勒官员和汉奸孔有德、耿仲明、尚可喜等俱被诛杀，据说孔有德还求过陆要金、左明，陆要金以孔有德昔日跟薛家军有过合作，请求薛云特赦，薛云没有准许，只是应允了恩养皇太极的皇后哲哲（哈日珠拉、布木布泰的姑姑），划了长白山的一块地给阿敏的镶蓝旗作保留地。