皇帝赵顼对于吕惠卿返京，非常高兴。接见的当日就授天章阁侍讲、同判司农寺，兼知军器监事。且留他赐宴，询问他对朝廷政事的看法，了解地方民情，一直到天色作晚，才放他出宫。如此恩宠，当世罕有。

第二日，吕惠卿又拜会了王安石等诸宰相，然后就正式走马上任了。与此同时，赵顼认为石越应当主要在中书省学习公务，便解了他权知兵器研究院事的差使，改由吕惠卿推荐的陈元凤权知兵器研究院，这样，不过两天的时间，吕惠卿在形式上便把军器监牢牢地掌握在自己手中了。

因为兵器研究院无疑是军器监的重点部门，而那里又是石越白水潭系的老巢，最初几日，吕惠卿只要有空就会亲自去兵器研究院视察，帮助陈元凤了解各个部门研究的课题以及意义，一方面试图尽快淡化石越的影响，一方面也希望能够做出一点成绩来。

认真看过石越和沈括定下的兵器研究院管理规则与奖惩条例之后，吕惠卿望着陈元凤，温声问道：“履善对此有何看法？”

陈元凤一怔，随即答道：“学生以为不过如此。”

“嗯？”吕惠卿脸色一沉，“履善，听说你和石越也是旧识？”

陈元凤点点头，道：“虽是如此，不过学生与石越却谈不上什么交情。”

“嗯，你和石越之间有什么恩怨我不管，但是做大事的人，要明白事理，懂得敌我的优劣，这样才会有成功的希望。”吕惠卿不紧不慢地说道，“我看石越此人，计虑深远，处事谨慎，你若想有一天能压倒他，就要承认他的优点，做出点成绩来，让皇上承认你的能力。当今皇上，勇于有为，没有政绩，是不能打动圣心的。”

陈元凤低着头道：“恩师教诲的是，学生记住了。”

吕惠卿点点头，继续说道：“你看石越在兵器研究院制订的种种条例，都是相当的精细，可以说面面俱到，他有沈括等人帮忙，自己在虞部和胄案积累了大量的经验，加上才华出众，所以才能制定出这些细则来，我们奉圣命来接掌此处，凡是好的，都要因袭，所以石氏成规，就不要轻易改动，否则闹出笑话，反会被人看轻，让御史知道，必有话说。”