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约在崇祯十四年（1641年）评点小说《水浒传》，清顺治十三年（1656年）刊行评点王实甫《西厢记》，此外编辑唐诗选集《唐才子书》8卷，编写八股文应试范本《制义才子书》，并注释杜甫诗集。他亦开堂招生讲学，旁征博引，炫耀才学，颇受当地士庶赞赏。他为人狂放不羁，能文善诗，因岁试作文怪诞而被黜革。后为应科试，改称金人瑞，考第一，但绝意仕进，以读书著述为乐。评注不少古典，奇才也。

顺治十七年（1660年），皇帝对金圣叹的作品加以赞美“此是古文高手，莫以时文眼看他。”他听说后，随即“感而泣下，因向北叩首”。

顺治十八年（1661年），吴县新任县令任维初为追收欠税，鞭打百姓，亏空常平仓的漕粮，激起苏州士人愤怒。三月初，金圣叹与一百多个士人到孔庙聚集，悼念顺治帝驾崩，借机发泄积愤，到衙门给江苏巡抚朱国治上呈状纸，控诉任维初，要求罢免其职。朱国治下令逮捕其中十一人，并为任维初遮瞒回护，上报京城诸生倡乱抗税，并惊动先帝之灵。清朝有意威慑江南士族，再逮捕金圣叹等七名士人，在江宁会审，严刑拷问，后以叛逆罪判处斩首，于七月十三日行刑，是为哭庙案。

临死前金圣叹看见家人，神色自若的说：“莲子心中苦，梨儿腹内酸。”他的家人一听，忍不住嚎啕大哭，围观的人也都为之鼻酸，而潸然泪下。金圣叹财产充公，家属发配满洲。金圣叹仅向巡抚示威，并无意造反，却遭贪官陷害，在狱中悔恨交加，念念不忘、难以释怀的是才子书评点尚未完成，辜负生平志业。

过身后，族兄金昌收集编辑其著作与遗稿，题为《唱经堂才子书汇稿》出版，儿子金雍则编集他对唐诗的评解，题《唐才子诗甲集》出版。[3]

传说圣叹死后托梦给朱眉方，说他已成为邓尉山神。邓尉山在苏州西南七十里光福镇，又名万峰山，前瞰太湖，风景极佳。邓尉山多梅树，花开时一望如雪，如颂圣叹人品之高洁。

墓葬在苏州吴中区藏书五峰山下博士坞，江苏省文物保护单位。传在今河北省阜城县曾有衣冠冢一座。

个人思想编辑

金圣叹为人孤高，率性而为，个人主义，以才子自居，狂放不羁，讥笑其他秀才庸俗愚拙。他自幼学佛，劝人向善，倾向佛道二家的自由放任，又有儒家的入世冲动。他深感人生只是大梦一场，全然虚幻，短暂易逝，充满烦恼失意，一切都不可恃，向往闲适平和的田园生活。他把男女之情与其他人情区分开来，强调其中必然含有色欲，出于自然，圣人礼制亦不废情欲。