就在欧阳云决定要主动出击进攻日第11军的时候，日本，东京还有长崎，日本军部以及联合舰队司令部，以坂垣征四郎和小泉敏一郎为首，两拨日本人也正在讨论着接下来的华南大战。这一次战役的发起人是山本五十六，不过因为日本向来陆强海弱，所以，总司令官被定位现任中国派遣军司令官畑俊六。在山本五十六的谏议书里，这一次战役的利弊已经很清楚了。利在于不仅可以一次性解决掉学兵军这个心腹大患，而且还能占领闽粤琼，从而开辟一条新的通向重庆的陆上通道；弊端，山本五十六认为在战役期间，有可能为中央军和其他抗日武装所乘，被蚕食部分占领区。不过，到了大本营这裏，经日本内阁首相阿部信行出面，这个弊端带来的害处却被降到了最低，其中，薛岳部主动撤离高安，就是他和其麾下的杰作。

东京的日本军部，坂垣征四郎亲自主持会议，经过将近十个小时的昼夜讨论，最后制定出一份作战计划，这份作战计划中，日本陆军先期将出动三个方面军，三个陆战航空兵团，分别为西尾寿造的第2军、冈村宁次的第11军以及松井石根的华南方面军，第一航空兵团、第二航空兵团、第五航空兵团。海军方面，联合舰队将一分为四，以四艘航母为旗舰变成第一到第四航母舰队，并配合一个师团的陆战队和第一近衞师团，从福建和广州沿海择机实施登陆战。

一下子出动这么多军队，对日军的后勤系统是个巨大的考验，陆军还好，毕竟可以就地征粮，另外，设在南京已经上海的兵工厂也能解决部分弹药问题，但是海军的补给可就麻烦了。海南战役的失败，让海军的后勤补给船队遭到了沉重的打击，然后，让山本很没面子的事情就发生了，急切之间，他们居然找不到那么多的补给船只了。

单单为了海军的补给问题，一帮鬼子讨论了就有三个小时，最后还是被降职的井上成美想出了办法，认为与其从大本营千里迢迢的给海军输送补给，不如在台湾设一个补给基地，先集合联合舰队往台湾跑两趟，利用战机帮小林跻造稳定台湾局势的同时，携带大量补给囤积到台湾，然后再从台湾就近补给，那样的话，节省时间不算，所需舰船也会大大减少。

自从“加贺号”在长崎遇袭，山本五十六性格大变，从“鸽派”猛然变成“鹰派”以后，以前的海军“鸽派”人士都遭到了清洗。井上成美本来和山本还有米内光政以“海军铁三角”闻名日本军界，这一次居然也没能幸免。井上很懂得变通，在发现海军风气已经完全转变以后，他立刻改变风格，开始尝试和山本再次走到一起，而他此时提出这个建议，可以说正投山本下怀。这不，他提出这个建议以后，山本看向他的目光果然就不一样了。

海军的补给问题得到了解决，接下来就是陆海协同作战的问题了。日本海军、陆军向来存在竞争，海军现役最高长官最近又性情大变，坂垣等陆军高官本来以为这事会费一番口舌，谁知掉山本却出奇的配合，居然同意这一次作战以陆军为主，海军将会竭力予以配合。

东京大本营的战前会议举行得很顺利，长崎联合舰队的会议举行得却有些艰难。

小泉敏一郎虽然得到了山本毫无保留的信任，奈何他资历实在太浅，而且又整出了海南战役这一着败招，所以除了山本系的嫡系，其他海军军官对他都十分不感冒，甚至有人当面质疑小泉地位的合法性。最后，还是塚原二四三和有马正文这两个新晋强势力挺，这才力保会议强行通过了小泉的决定。

小泉等人在“加贺号”上开着会，长崎军港港区已经是一片繁忙景象，运送各种物资的车辆来来往往的，在码头上堆出了一座又一座“大山”，而在稍远一点的联合舰队营区，大量的士兵涌往这裏，开始了出发前的集训——不过几天时间，长崎就变成了一台战争机器，开始疯狂的运转起来。

日本国内在为华南战役进行最后动员的时候，南京，中国派遣军司令部，畑俊六邀见了汪兆铭，开始就华南战役一事给他打预防针。