两年时间弹指匆匆一挥，在这两年时间内，大明王朝似乎已经默认了护龙军在辽东称王称霸的存在，只因为形势比人强，洪承畴手中十三万大军被葬送后，大明上下就再也没有力量去向护龙军发起挑战了，就连一向心高气傲的崇祯皇帝朱由检也不再嚷嚷着如何去收服山海关、平定辽东的大计。
在明军山海关外大败，主力大军付之一炬后，各地或投降或蛰伏的农民起义军再次趁势而起。本来，如李闯之流，早就应该在两年前的明军围剿中葬身商洛山的，只是护龙军出兵辽东，迫使朱由检将洪承畴、孙传庭等军全都北调去防备护龙军，这才让李闯有喘息之机，并且在商洛山中屯兵练兵，积蓄力量。
后世历史学家很多人都认同这个观点：护龙军之所以选择在那个时间点出兵辽东，其实也是为了迫使明军剿灭农民军的军事行动流产，甚至有一些证据表明在诸路农民军都有着护龙军的影子。
十几年的造反磨砺和训练，已经让李自成和张献忠之流真的从业余走向了专业，变成了专业造反户，几次失败后，他们终于在这一次掀起了颠覆明王朝的滔天巨浪！
崇祯十二年张献忠在谷城（位于湖北襄阳）再次反叛，而李自成也即刻从商洛山中率数千人马杀出。
崇祯十三年，河南大旱，李自成趁杨嗣昌的明军主力在四川追剿张献忠之际入河南，收留饥民。
向之朽贯红粟，贼乃藉之，以出示开仓而赈饥民。远近饥民荷锄而往，应之者如流水，日夜不绝，一呼百万，而其势燎原不可扑。
自此李自成军队发展到数万，提出“均田免赋”口号，即民歌之“迎闯王，不纳粮”。
崇祯十四年正月二十日李自成攻克洛阳，杀万历皇帝的儿子福王朱常洵，据说他从福王后园弄出几头鹿，与福王的肉一起共煮，名为“福禄宴”，与将士们共享。
而后李自成发藩邸及巨室米数万石、金钱数十万赈饥民，壮大自己的声势，并自称“奉天倡义文武大元帅”，学的是龙辰的那一套。
崇祯十四年二月初，李自成趁明军惊魂未定之时，长途奔袭，意图攻下河南省城开封。开封守将高名衡、陈永福、王燮、黄澍等人竭力抵抗，农民军受到重创，李自成被箭射伤左目。
二月十九日撤兵。是年十二月二十三日，农民军第二次围攻开封，再次遇到了顽强抵抗，开封的巨商巨族，各送饼千百不等。次年正月十五日，李自成再次撤军。
这一年半之内李自成三围省城开封，崇祯十五年四月李自成第三次包围开封，使得开封形成了一座孤城。九月十五日黄河决口，十六日洪水首先冲开曹门，然后四门皆被冲开，城中平民遇难者甚众。日后李自成部先后杀陕西总督傅宗龙、汪乔年，李自成部队日益壮大。
李自成刻苦简朴，据说不好酒色，脱粟粗粝，与其下共甘苦。
所为闯王者，躬步拜如常卒，衣帽不异人，故军中亦无识之者。
李自成在襄阳称“新顺王”，招抚流亡的贫苦农民，给牛种，赈贫困，畜孽生，务农桑，又募民垦田，收其籽粒以饷军。并且全力招收人马，准备着下一次出征，而目标，直指北京！
另一路的张献忠也混的风生水起，他在谷城再次反叛后，暴民很快打垮守备谷城官军，杀了县令阮之钿和巡按御史林铭球，拆毁城垣，劫库纵囚。
明监军道张大经和马廷宝、徐起祚被迫投降。张献忠离开谷城时，把官府上下大小官员向他索贿的名单、数字和时间，都详细地写在城内外的墙壁上，使百姓看清了明朝政治的腐朽。
张献忠再起时，罗汝才、马守应部也起而响应，并到谷城与张献忠会合。隐伏在商雒山中的李自成也重整旗鼓，经湖北郧、均地区进入河南。农民起义的烽火，又一次在中原大地上熊熊燃烧起来。
熊文灿得知农民军再起的消息，立即调左良玉和罗岱领兵追剿。张献忠将大军埋伏在房县以西的罗猴山，张网布阵，并派出一支队伍佯攻败退，引诱官军入山，伏兵围攻，官军一万多人全部溃散，罗岱被活捉，左良玉丢盔弃甲，伏鞍而逃，连军符印信也丢失了。
崇祯帝一怒之下，撤了熊文灿的职，并予逮杀；左良玉降三级，带罪随军立功。接着，改派大学士、兵部尚书杨嗣昌督师，总督以下并听节制，再次展开对农民军的大规模围剿。（至于朱由检为什么不杀左良玉，因为左良玉军纪军风并不是怎么好，是个刺头，朱由检挑着杀人也是欺软怕硬。）
杨嗣昌一到襄阳，就抛出他策划的“四正”、“六隅”、“十面张网”的战略。
随后会师十万，并檄河南、四川、陕西、郧阳诸抚镇将领，分扼冲要，主要任务是全力围剿张献忠和李自成。起初，张献忠不了解情况，接连失利，非常被动。后来通过情报摸清了官军底细，他说服罗汝才，两军联合，加强了义军的力量。
农民军“以走制敌”、“避实击虚”、出没无常的战术对付官军。
同时，张献忠加强了情报工作，派出很多机灵的军士扮成商人小贩，四处探听消息。老百姓也常把官军的动向告诉农民，还常给张献忠的队伍做向导。因此，张献忠才能及时掌握敌情，迅速采取军事行动，打得官军措手不及。然后迅速转移，使官军摸不清义军的去向，难以追击。官军的主力部队不是扑空，就是遭到埋伏而损兵折将。但是，农民军被困在官军的包围圈里非常不利，随时都有被围歼的危险。为此，张献忠认为必须彻底粉碎官军的围剿计划，跳出圈外去作战，才能更有力地打击官军。
崇祯十三年闰正月，张献忠在枸坪关被左良玉击败，率部突入四川。入川途中，在太平县的玛瑙山又受到郑崇俭和左良玉的夹击，伤亡惨重。接着又受到湖广军、四川军和陕西军的追击堵截，农民军连受重创，退居兴安归州山中，又被左良玉等军围住，义军陷于困境。
为此，张献忠利用杨嗣昌和左良玉的矛盾，派人携重宝贿左良玉，说：“献忠在，故公见重。公所部多杀掠，而阁部猜且专。无献忠，即公灭不久矣。”这也难怪，老朱家确实有着杀功臣的优良传统，再加上如今的杨嗣昌已经先后构陷了几名大将，弄得明军将领人心惶惶。因此左良玉斗志松懈，张献忠乘机收聚散亡，在山民的帮助下，走出兴安，与罗汝才等部会合。
张献忠又利用四川巡抚邵捷春和杨嗣昌之间的矛盾，集中兵力，猛攻邵捷春防守的新宁（今四川开江）。邵捷春根本没有想到农民军如此神速，官军一触即溃。农民军突破新宁防线后，顺利地进入了四川。义军的入川，打破了杨嗣昌的围剿计划，并在军事上也从防御转入了进攻。杨嗣昌刚愎自用，满以为官军已把张献忠、罗汝才等部包围在鄂、川、陕三省交界地区，胜利在握了。但实际上是“总督之令不能行于将帅，将帅之令不能行于士卒”。张献忠尽量避免与官军打阵地战，而采取“以走制敌”的策略，一昼夜能行三百余里，快速流动，常常把官军搞得顾此失彼，腹背受敌，疲于奔命。
崇祯十三年十二月，杨嗣昌眼看无法消灭义军，就采用“招抚”办法，妄图分化瓦解。他宣布赦免罗汝才罪，归降者授以官职，唯不赦张献忠，有能擒获张献忠者赏万金，封侯爵。但第二天杨嗣昌驻地的墙壁上就出现“有能斩督师来献者，赏银三钱”的布告。农民军针锋相对的回击，使得杨嗣昌非常沮丧，并怀疑左右都通义军。
崇祯十四年正月，张献忠已在四川转战了近半年。这时，义军在开县黄陵城被官军左良玉部追及，左部参将刘士杰、游击郭开力立即出战，农民军以逸待劳，张献忠抽出一支精兵绕到官军后方出击。左良玉逃走，刘士杰、郭开力被击毙，官军将士死伤过半，农民军获得全胜。
接着，张献忠挥师出川，一昼夜急行军，兵锋直指鄂中。当义军到达当阳时，驻守的官军还在睡梦之中。张献忠还作了一首歌谣嘲笑官军：“前有邵巡抚（邵捷春），常来团转舞；后有廖参军（廖大亨），不战随我行。好个杨阁部（杨嗣昌），离我三天路！”
二月，张献忠率部攻克襄阳。襄阳是明朝的军事重镇，军需饷银，都聚集在城内。张献忠以所获饷银，分十万两赈济饥民，并将襄王朱翊铭和贵阳王朱常法等处死。农民军受到百姓的拥护，欢声雷动。至此，张献忠完全粉碎了杨嗣昌的“四正六隅”计划，彻底摧毁了他所谓的“十面网”。杨嗣昌听说张献忠挥军出川，急忙逃回宜昌。在沙市他得知李自成攻破洛阳，杀了福王的消息，自知死罪难逃，因而忧惧而死。
左良玉被削职，带罪领兵。