故事承接前作。暗影大帝借助小樱的异化之躯,获得了难以想象的力量,妄图献祭霓虹大陆,成为“超越神”的存在。最终被雄兵连打败!小樱牺牲自己,保全了整个世界。在电影最后的彩蛋环节中,一团碎肉被检测出生命反应,逐渐凝聚成心脏的模样。专家破解了“异化细胞”的奥秘,原来这是一种外星文明制造的“资源收集器”。这一段彩蛋,也被观众视为“小樱复活”的预告。毕竟黑猪叔叔说过,只要“凋零之花”手办卖得好,小樱绝对、绝对会复活!孟叔叔从不骗人。他答应的事,无论如何都会做到。凋零之花手办卖得这么火,小樱在《雄兵连Ⅱ》中复活,这是毫无悬念的事。在本作中,破解完小樱体内的异化细胞后,专家们利用“培养皿”,打算人工繁殖出一只小樱。计划进行得很顺利!投入各种金属、矿石、放射性物质后,那团“心脏状碎肉”很快就繁殖为肉球,小樱复活有望!可这时候,来自黔州天眼的一则消息,惊动了整个世界。一艘神秘星舰,正以极快的速度逼近太阳系!研究异化细胞的专家,被紧急抽调至别的项目。小樱的研究所,变得冷冷清清,没有任何一个人。这时候,肉团破开了!一只白嫩的小手伸出,身无片缕的银发小樱爬出肉团,隔着一层玻璃呆呆地望着眼前的一切。她轻轻一点,玻璃炸裂。小樱离开了!没人知道她去了何处,现在是什么状态。陷入“外星人入侵”危机的地球高层,这时候也管不上小樱逃走了。雄兵连再度集结。为了应对“极有可能”发生的外星入侵事件,地球高层不仅召回了原有的战士,还从霓虹征召了“假面骑士”。他们分别是1号、2号、V3、强人与亚马逊。不要问X怎么没来,神敬介这家伙档期排不开呀!除了假面骑士外,本次新增的战士,还有获得“法界秘宝”,可以用魔法净化人心的魔力少女五人组。一共增加了10名战士!加上之前的四灵战士、铠甲勇士、小魔仙与超级战队。观众调侃的“雄兵连升级为雄兵营”,终于变成了现实。下一作,估计是雄兵团了!外星战舰逼近地球,所有人都很紧张。社会秩序一度崩坏,各个国家都发生了“打砸抢烧”的骚乱,俨然一副“末日降临”的场景。漫无目的走在街上的小樱,成为了地痞流氓觊觎的目标。“你认识我吗?”“认识!当然认识!小妹妹你来我家,我给你看个大宝贝……”像一张白纸的小樱,中了地痞流氓的圈套。不过流氓们明显没想到,这个少女的一巴掌,竟然能把人活活扇死。“鬼啊!”“救命,警察叔叔救我……”轻松屠戮了三名人渣后,小樱走出房间,抬头看了眼天空。恰好帝皇侠带领五行铠甲们,骑着光影驹匆匆飞过。“那个人……”“不!小樱!”看到帝皇侠,小樱脑中出现了曾经大战的场景。她痛苦地捂着头,不知所措。外星战舰来了!进入地月轨道后,人类联合体对这艘战舰,发出了最后通牒。“请立刻停下!”“如果你们继续前进,那将会引起两个文明间不死不休的战争。”然而,对方始终没有回应。人类政府,已经将其定性为“入侵”行为。令雄兵连即刻出击,决不能让外星战舰靠近地球,威胁人类自身的安全。所有人都觉得,这是一场史诗大战。雄兵连或许会赢,或许会输,人类的命运不知走向何方……万万没想到!这艘战舰,竟然是假的!准确来说,这艘战舰只是一个“海市蜃楼”般的投影,并不是实体。人类所想象的的入侵,并没有发生。正当众人松了口气,打算各回各家时,接近大气层的战舰突然闪烁起来,变成了一张薄薄的“膜”,将地球包裹起来。那张膜,好似一块屏幕。上面是另一个世界!那个世界与地球几乎相同,要说唯一不同的是,那个世界还处于不知年代的远古时期。临多与古朗基一族混战,一方嗜杀如命,一方守护安宁。通过这层膜,两个世界互相眺望,古朗基一族率先越界,进入了现代地球作乱。随后,临多战士前来援助。他叫里克,一名对妹妹爱得深沉的死妹控。同时,他也是一名具有仁慈之心的战士。打败敌人后只会将其封印,而不是彻底杀死。这个观念,引起了矛盾冲突。古朗基作乱,残害了无辜百姓,雄兵连战士们想的是尽快消灭敌人,而不是采取仁慈的封印。里克的做法,不得人心。可他的实力很强,击败敌人就像吃饭喝水般轻松。为了解决古朗基一族带来的威胁,雄兵连还需借助他的力量。这可不是长久之计!人类高层召开会议,定下了“非我族类其心必异”的基调,对临多战士里克充满戒心。认为人类与临多迟早有一战。里克这么强,而临多一族还不知道有多少个里克!若是双方爆发冲突,人类该怎么保全自己?必须想个办法才行!人类对里克与临多的忌惮,逐渐转化为对战力的渴望。他们想到了小樱,那个爆种起来,可以吞噬一整块大陆强化自己的变态少女!有她在的话,应该能赢吧?小樱被忽悠着,迷迷糊糊地加入雄兵连,成为了一名保护地球的战士。而这时候,精明能干的古朗基一族,同样盯上了她……古朗基想利用小樱,挑拨临多与人类的合作关系。人类想利用小樱,制衡不受控制的临多与里克。而失去记忆的小樱只想知道,谁才是她的朋友?结局自然是凄惨的!古朗基一族挑拨成功,里克揍了一顿小樱,生气离开后,古朗基之王达古巴无人可挡。小樱虽然强,但她失去记忆,连战斗本能都没有,很快就被抓走了。为了救回小樱,雄兵连全员开启葫芦娃救爷爷模式,一个接一个入坑。幸好,小樱记忆恢复了。恢复记忆的小樱,为了拯救大家,强行异化达古巴。结果可想而知,刚恢复的小樱没有这个消化能力,当场去世。多亏里克救场及时,雄兵连与临多援军汇合,趁着达古巴与小樱纠缠之际,将其封进符文石棺,彻底解决了危机。当里克将石棺带回临多的瞬间,天空就像镜子般破碎,那层膜消失了,两个世界至此脱钩……可怜的小樱!刚复活没多久,又被队友送去祭天,成为了全片唯一的牺牲者。孟浪很想知道。得知小樱复活,高高兴兴买票进场的异化粉,看完后会不会感到心塞?