★故事设定于「人类补完计画」未发生的三年后的世界……
★《新世纪福音战士》机械设定山下 いくと亲自执笔，全新故事、机体充满
- 第一卷 序
- 第一卷 ＃1归还者们
- 第一卷 ＃2圣诞祭
- 第一卷 ＃3行星绞杀
- 第一卷 ＃4幕间骚动
- 第二卷 ＃1海啸
- 第二卷 ＃2最后的SEELE
- 第二卷 ＃3扭曲的庭园
- 第二卷 ＃4反抗者
- 第二卷 ＃5明日香于月影之中
- 第二卷 ＃6盘旋的天之顶点
- 第二卷 ＃7黑之思维
- 第二卷 ＃8 Somewhere in Time
- 第二卷 ＃9方舟
- 第二卷 ＃10于封锁之环内
- 第二卷 ＃11黑与紫
- 第二卷 ＃12间奏
- 第二卷 ＃13贰号机的呼唤声
- 第三卷 ＃1 适任者
- 第三卷 ＃2 没有路标的旅程
- 第三卷 ＃3 苹果核
- 第三卷 ＃4 对称座标
- 第三卷 ＃5 前往北方之地的邀请
- 第三卷 ＃6 受邀者们
- 第三卷 ＃7 擦身而过的元素
- 第三卷 ＃8 我所能及的世界
- 第三卷 ＃9 万花筒的天空
- 第三卷 ＃10 我们所共度的明朗夜晚
- 第四卷 ＃1 轨道荒天
- 第四卷 ＃2 漂流大地
- 第四卷 ＃3 在新旧世界的夹缝间
- 第四卷 ＃4 多重幻想
- 第四卷 ＃5 透镜
- 第四卷 ＃6 焦点收敛
- 第四卷 ＃7 冲突轨道
- 第四卷 ＃8 新岛诞生
- 第四卷 ＃9 各自归还
- 第五卷 ＃1 美丽且痛苦的世界
- 第五卷 ＃2 最终号机
- 第五卷 ＃3 真嗣的枪
- 第五卷 ＃4 小光的阿尔玛洛斯
- 第五卷 ＃5 世界树
- 第五卷 ＃6 天空流转
- 第五卷 ＃7 瓶中船的归还
- 第五卷 ＃8 大洋割断
- 第五卷 ＃9 圣母无原罪始胎