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英国地中海舰队的军官如此告诉伦敦的海军部，如果要继续和法国舰队作战，就必须从英国本土抽调军舰到里斯本支援；如果要保存实力，就让英国地中海舰队尽快撤回普利茅斯军港，守卫英国本土，不能让法国舰队把英国地中海舰队剩下的军舰封锁在里斯本港口。

另一边，和西班牙海军在加的斯港口会师的法国舰队，仔细的对新式军舰的蒸汽机和后膛火炮进行了检查，发觉一切状况都很良好，这意味着新式军舰和后膛火炮可以正式定型列装了。

法国海军在加的斯港，一边修理受伤军舰，一边补充军资。路易.查理以督政府的名义，奖赏了在战斗中英勇作战的东方号舰长海军准将卡萨比安卡，朔风号的舰长亚历山大·泰夫纳德、还有雷鸣号等军舰上的海军官兵们。

此外他也下令绞死了带头逃跑的约瑟夫·维尔纳夫海军少将，并把逃跑的纪尧姆·特尔号、骁勇号和巡航舰迪亚纳号和尤斯提斯号共1800名海军官兵关进了惩戒营。而这四艘军舰分配给了被击沉、击伤的各舰海军官兵们。路易.查理绞死维尔纳夫海军少将的行动，让法国海军官兵为之惊惧。

而英国地中海舰队司令身负重伤的杰维斯和其他受伤的英国水兵都获得了法国人的治疗，其余未受伤的水兵则被交给了西班牙人关进了俘虏营。法国海军对待俘虏的绅士风度获得了英国被俘官兵的称赞。

路易.查理一边让西班牙政府准备陆军，一边侦查英国地中海舰队的动向，最后得知地中海舰队得到纳尔逊的增援后既没有准备向加的斯再度进攻，也没有撤回英国本土的迹象。

路易.查理决定先和西班牙陆军联合把自己身后的直布罗陀要塞先拔除掉。1798年2月10日，路易.查理带着4艘新式战舰和西班牙6艘旧式战列舰，20艘运输舰，8000名西班牙陆军和1800名惩戒营内的法国水兵向直布罗陀要塞行驶过去。

一天后，联合舰队抵达直布罗陀。两天后西班牙陆军及火炮被运至要塞城下。第三天开始试探攻击， 路易.查理下令让西班牙陆军和海军先行攻击。这一天的攻击中，西班牙陆海军用自己的伤亡，让法国舰队记录下了直布罗陀要塞的各个火力点。

第四天，惩戒营的法国水兵在督战队的威胁下，向直布罗陀要塞发起了数次勇猛的攻击，而法国军舰则好整以暇的一个个敲掉了直布罗陀要塞暴露的火力点。

当天下午5点，防守直布罗陀要塞的英国军队挂起了白旗向法西联合舰队投降。根据协议，法军把直布罗陀要塞交给了西班牙，然后返回加的斯港，而惩戒营内的法国水兵只剩下了978人。

3月12日，修整完毕的法国舰队和西班牙舰队组成法西联合舰队向里斯本进发。而在此之前的3月11日，英国地中海舰队终于得到撤退回普利茅斯军港修整的命令。此时联合舰队中，法国军舰有16艘，西班牙军舰14艘，运输船只15艘。

3月15日，法西联合舰队炮轰里斯本，在连续三天的炮击和联军陆军登陆的情况下，葡萄牙宣布投降。法葡签订和约，法国商人在葡萄牙殖民地享有自由经商、勘测、开矿的权利，法国商品在葡萄牙属地享受最惠国待遇，葡萄牙赔偿法国1亿5千万法郎的战争赔款，葡萄牙还必须赔偿西班牙5千万法郎的赔款。

4月5日，法西联合舰队向法国南特出发，意图在南特会合法国大西洋舰队，和补充物资后向英国本土进攻。

加的斯海战和里斯本和约传回巴黎后，法国人民兴奋莫名，为路易.查理战胜英国海军而欢呼雀跃。一时之间，路易.查理威望超过了横扫意大利战场的拿破仑将军。一度反对路易.查理的军队将领和议员们暂时沉默了。

4月的某个晚上，塔里安府上，依旧是那个小房间，但却只剩下了四个人。“富歇还是不肯来参加聚会吗？”西哀耶斯不动声色的问道。“是的，他最近以事务太繁忙，推脱了我好几次邀请了。”一向以美丽优雅的风度示人的塔里安夫人神情不安的说道。

巴拉斯愤怒的说道：“这条喂不熟的狗，我们塞给他这么多好处，他连招呼都不打一个，就想甩开我们了吗！”塔里安面色惨白的说道：“他该不会向那个暴君告密去了吧。”

西哀耶斯打断了塔里安的话：“不会，富歇是个很会保护自己的聪明人，他怎么会把自己参与推翻督政府的阴谋告诉首席执政官。”

巴拉斯用双手揪着自己的头发说道：“完了，全完了。该死的英国佬居然连个学童率领的舰队都打不过。那些之前说要支持我们的议员和军官现在都装不认识我了。”