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10月15日，路易.查理封锁那不勒斯港，第三近卫师在那不勒斯附近登陆。近卫师登陆后并未直接进攻那不勒斯城，只是安排小部队监视那不勒斯城内的军队，而近卫师主力部队对周围地区进行了扫荡。

第三近卫师扫荡过的意大利乡村地区，在法国人的命令下开始推行土地法令，废除了意大利领主的各种封建义务和税收。近卫师的行动，立刻获得了意大利农民的支持，法军在意大利南部乡村地区不再被敌视。

不到半个月，那不勒斯共和国除了那不勒斯城和几个城市之外，都宣布重新服从法国人的统治。

苏沃洛夫率领的联军中的那不勒斯军队，在那不勒斯共和国的命令下终于脱离了联军，他们企图返回救援那不勒斯共和国。这只军队在离那不勒斯城外一日路程的地区，遭到了第三近卫师和服从于法国的当地农民自卫队伏击，全军覆灭。第二天得知这一消息的那不勒斯城守军向路易.查理投降了。

在那不勒斯城为路易.查理举办的入城仪式上，他宣布赦免那不勒斯共和国对抗法国的罪行，对其余主动归附的意大利南部地区不再强制推行土地法令，和废除封建义务。

但是不勒斯共和国已经实行土地法令的地区，不勒斯共和国不得废除新法，而那些支持反法联军的反叛分子的财产必须没收，以补偿法军出征的费用。

失去了那不勒斯共和国支持的俄军，如路易.查理所料，开始劫掠当地居民的物资补充军用。这使得俄军迅速的失去了中部意大利人的支持，当中部意大利人倒向法国人后，拿破仑率领的意大利方面军连续击败了苏沃洛夫的俄军，迫使这位俄国名将退到了路易.查理放弃的安科纳要塞内。12月初，近2万俄军被法国陆海军围困在安科纳要塞内。

俄国沙皇保罗一世，得知英国和法国签订和约后。愤怒之下沙皇召集了英国特使臭骂了一通，但这已经于事无补，随后连续传来俄国意大利远征军的噩耗，让俄国宫廷一时失语。

12月中，在路易.查理的坚持下，督政府向俄国派出特使，向沙皇提出体面和平的建议。在圣彼得堡，经过10天的密谈，法俄和平条约签署了。俄国承认法国对意大利及地中海的势力范围，而法国承认俄国对波兰和黑海的势力范围。

1799年1月，苏沃洛夫和乌沙科夫率领远征意大利残存的俄军从海上返回俄国，路易.查理大方的归还了几艘尚未损坏的俄国军舰，当然这也主要在于俄国的军舰设计太过落后的缘故。

1799年2月，路易.查理率领第一分舰队和第三近卫师从意大利南部返回马赛港。2月15日，路易.查理和拿破仑一起抵达巴黎，他们各带领一小只军队从巴黎城门进入，接受了督政府为法军胜利举办的凯旋式。

看着巴黎街道上夹道欢呼的民众，和身后雄壮的骑兵部队，拿破仑对和自己并列骑马前行的路易.查理说道：“亲爱的朋友，你不觉得，这一刻实在是太美妙了吗？”

“当然，法国人民的喜悦之情，的确让人陶醉。”路易.查理看着这个场景，也有些飘飘然起来。

“执政官阁下，既然我们有如此强大的军队，为什么不试着去征服东方世界呢？我始终认为，取得通往东方印度的门户埃及，是建立我们伟大事业的开始。”

“不，亲爱的波拿巴将军，我们的军队还不够强大，法兰西还需要时间。”路易.查理的头脑有些冷静下来了。

“亲爱的朋友，我觉得你太过于保守了。服从我们的命令，无惧死亡，击败我们指认的敌人，敬畏我们超过敬畏上帝。这样的法国军队难道还不够强大吗？”拿破仑转头注视着路易.查理的眼睛。

路易.查理继续对着巴黎市民挥手致意，然后漫不经心的说道：“是的，这样的法国军队还不够强大。什么时候，当法国军队敬畏法兰西人民超过敬畏我们时，那个时候的法国军队才可称为强大。”

“哈哈，我的朋友，你可真爱说笑。”拿破仑终于无奈的再次放弃了，试图说服路易.查理接受他征服埃及的计划。

反法同盟的瓦解，让法国人民非常兴奋，以为从此可以享受和平的乐趣了。在西哀耶斯的鼓动下，两院通过了给于战争中杰出表现者以元帅头衔的议案。

路易.查理在议案上划去了自己的名字，并联合卡尔诺提出了限制元帅权力的议案。

1799年获得法国元帅头衔的将军为，海军元帅布吕埃斯，陆军元帅为拿破仑、贝尔蒂埃、莫罗、蒙日、儒尔当。