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然而普鲁士军队的表现却让整个欧洲大吃一惊，曾经在腓特烈大帝时代纵横全欧的普鲁士军队，被认为拥有欧洲最好的军队指挥艺术的普鲁士军官，再一次为拿破仑的不朽功绩添上了一份荣誉。

11月9日，法军进入萨克森的第二天，在什列茨发生了一次小规模战斗，普鲁士军队损失700人。

11月11日拉纳元帅带领自己的军队逼进了扎尔费尔特，路易亲王带着9000人驻扎这座城市，经过了一日的激战后，普鲁士军队损失了1500人，连路易亲王本人也被法军用刺刀刺死了。亲王战死之后，这只军队剩下的人员顿时四散逃离了扎尔费尔特城。

部分从扎尔费尔特逃离的残军逃到了耶拿，被霍恩洛厄亲王率领的普鲁士主力部队所收拢。

冯.莫伦布尔元帅所带领的一部分普鲁士军队，在收到了路易亲王被击败的消息后，试图撤退到北方的纳乌堡，以避免被法军两只部队合围。

什列茨、扎尔费尔特两次战斗的失利，及主战派领袖路易亲王的死亡消息传到了柏林之后，原本对于普鲁士军队战胜法军持乐观想法的普鲁士贵族们，瞬间失去了语言。

这些在过去几个月内，鼓吹要向法军开战，惩罚那个侵犯了德意志民族的科西嘉怪物的普鲁士王国的上层人士们，迅速变得惊恐慌乱不安了起来。

他们过去对普鲁士军队在战场上的表现有多乐观的猜测，现在就有对这场战争的结局有多么悲观的看法。短短几个小时之内，柏林的舆论已经充满了对这场战争沮丧和失望的言论了。

王后路易莎拼命的给主战派贵族们打气，她声称这不过是一场歌剧的序幕。什列茨、扎尔费尔特的小小失败，不过是上帝对普鲁士王国的一次考验，而路易亲王的死亡不过是一片乌云暂时遮蔽了普鲁士的阳光。只要当普鲁士和法国的会战真正开始，上帝自然会保佑保卫国家领土的普鲁士一方，而英勇善战的普鲁士士兵们，在保卫国王的神圣口号下，一定能打败那个来自科西嘉的怪物。

虽然有王后路易莎不停的替众人打气，但是从前方传来的消息却一日坏过一日。

拿破仑通过综合从各处传来的消息，判断出普鲁士军队正在向魏玛地区收缩，想要把部队集中起来继续向柏林后退，等待英、俄军队做好战争准备。

拿破仑决定就在魏玛地区，和普鲁士军队展开一次决定性的会战，彻底粉碎普鲁士军队的作战意志，使得英、俄两国在加入反法战争前，就在欧洲大陆上失去一个可靠的盟友。

11月12日，达武元帅带着第二近卫军向纳乌堡进攻，试图深入普鲁士军队的后方，切断普鲁士军队退回柏林的通道。贝尔纳多特同样接到了拿破仑的命令，要求他的部队在11月15日之前，在纳乌堡和达武元帅会合，贝尔纳多特并没有按时赶到。

11月13日，拿破仑亲自带领着法军主力部队，和苏尔特、内伊、缪拉三位元帅，把普鲁士军队驱赶向魏玛方向。当日晚间，拿破仑已经出现在了耶拿城。

根据国王威廉三世的命令，原本驻扎在耶拿附近的霍恩洛厄亲王率领的3.8万人，及吕谢尔将军率领的2.7万人应该向魏玛撤退，向国王率领的部队靠拢，然后普鲁士军队从奥厄施泰特撤回柏林，等待英、俄盟军前来支援。

但是从耶拿城离开后不久，就收到法军占领了耶拿的消息后。这位从1768年就开始服役的王室将领，马上意识到了法军似乎在策划着什么阴谋，因为法军前进的速度实在太快了。

就在13日当晚，苦思冥想了几个小时的霍恩洛厄亲王决定不撤退了，他决定就地展开一条防线，阻止法军继续向魏玛地区深入，并派人通知魏玛城内的威廉三世，要求其先带主力撤退到奥厄施泰特。

此时霍恩洛厄亲王手上还有3.8万人的直属部队，还有吕谢尔将军手下的一个军1.5万人，占据了普鲁士军队三分之一的兵力。

在14日拂晓时分，拿破仑已经收到了普鲁士军队在撤退途中停留下来的消息。拿破仑错误的把霍恩洛厄亲王停留下来的地点，当做了普鲁士军队撤退中途的集中地。

他显然以为霍恩洛厄亲王所部正是普鲁士军队的主力所在位置，于是拿破仑决定立刻发动攻击。他在拂晓时检阅了军队，鼓舞法军士兵勇敢战斗，在即将到来的战斗中拿下整个普鲁士，并把这一天的作战计划向全体士兵做了一个大体说明。