1358年八月十五日，蝴蝶谷大公会议后整整一年，仍然是在蝴蝶谷，杨逍在少数几个将领的簇拥下举行了冷清的继位典礼。

明教的另外两个实权人物，天完政权的徐寿辉和应天政权的朱元璋，都只是派使者参加典礼而并未亲自到来。

在张无忌突然失踪后，韦一笑也因为不满杨逍的继位而远走波斯，明教中枢的权力被进一步削弱，这导致了军队脱离中央控制的趋势更加无法遏制，杨逍的教主之位几乎被架空。

在西部，徐寿辉的统治并未维持很长时间。

野心勃勃的徐寿辉对杨逍的指示不予理睬，他不仅收容了成昆的私生子陈友谅，而且赋予他举足轻重的权力。

徐寿辉试图通过笼络陈友谅掌握成昆残余的关系网，但他的努力只是让陈友谅巩固和扩充了自己的势力。

1359年底，陈友谅囚禁了徐寿辉，成为天完政权真正的主宰。

彭莹玉在这次政变中死去。

不肯服从陈友谅的徐寿辉部将明玉珍宣布向杨逍效忠，令杨逍的实力大为壮大，在明玉珍的拥戴下，杨逍率军进入四川盆地并攻陷了重庆，在第二年占领了整个四川。

四川战役耗尽了杨逍老迈的精力，他在1361年去世。

另一名元老范遥在成都附近的一次战役中面对敌人的优势兵力，扔下数万名士兵逃走，他因此被讥笑为范跑者（Fan the Runner），此后范遥销声匿迹，他的政治生命也从此终结。

明教由此进入了明玉珍、陈友谅和朱元璋三足鼎立的“后三头”时期。

明玉珍接收了张无忌、杨逍时代所剩下来的中央禁衞军，以及徐寿辉的部分兵力，更重要的是杨逍所传给他的明教第三十六代教主之位，这使他在名义上对陈友谅和朱元璋具有了君主对藩臣的地位——如果后二者肯承认他的地位的话。

但陈友谅并不打算这么做，他宣布自己为真正的教主，尽管既没有任何人的授权也没有教义上的依据。

这就出现了相当滑稽的一幕：三年前还在丐帮中声嘶力竭要打倒明教的鼓吹者——对这一点许多人仍然记忆犹新——现在宣布自己是明教的教主。

为了摆脱这种尴尬，陈友谅一方面掩耳盗铃地将他的军队改名为“衞明军团”另一方面则诉诸民族主义的支持，将“天完”政权改称为“大汉”这不仅是对应于汉人（Ethnic-Chinese）的自称，也试图唤起人们对古代的汉帝国（公元前202-公元221），这一汉人最为荣耀的时代的回忆。

他的年号是“大义”意思是“伟大的正义（Great Justice）”他在东方的对手朱元璋同样不承认明玉珍的地位。

但朱元璋并未提出教主之位的要求，这不仅是由于他的参谋告诉他要“暂缓自称教主”也由于朱元璋从这一时期起，身边已经聚拢了一批传统的儒家知识分子，他们劝说这位大权在握的统治者尽早和靠不住的异端宗教脱离关系，而恢复儒家学说的正统地位——自从汉武帝以降的一千多年来，儒学被证明为唯一适合统治中国的意识形态。

在他们的劝说下，朱元璋采用了“吴国的公爵”这样一个毫无明教色彩的平庸称号。

尽管朱元璋此时仍然没有脱离明教的打算，但他已经越来越淡化他的根据地中的异端宗教色彩。

事实上，朱元璋向主流意识形态靠拢还有更深远的考虑。

与明玉珍和陈友谅这样出色的武术家相比，朱元璋的武术造诣相当平庸。

幸运的是，四散人出于同杨逍和陈友谅的积怨，坚定地站在他的一边，这一点带来了明教暂时的势力均衡。

但朱元璋仍然极为缺乏江湖世界的支持。

在明教分裂后，已经决定同明教联盟的各主要门派再次采取了观望态度，成为各方面都争取的对象。

陈友谅不仅利用他在丐帮中的资源，挑起丐帮的内斗，并令净衣派向他效忠。

甚至作为汉人反抗运动相争的峨嵋，在其根据地被明玉珍攻占后，也和举起民族主义旗帜的陈友谅结盟。

峨嵋派掌门人周芷若甚至在1361年和陈友谅结婚，他们很可能在周芷若陷入丐帮的时候就有秘密的勾结。

但朱元璋却找到了比婚姻更有成效的手段：利益。

在江湖主流势力和明教的合作关系中，所存在的共同利益只在于推翻元帝国这一消极方面，而对于未来帝国的建设却有着不可调和的分歧。

明教徒强烈的原教旨主义不仅发动了他们去推翻元帝国，也会发动他们去消灭一切不符合自己教义的宗教、政治、社会形势。

他们要缔造的是一个纯粹光明的世界：一个透明的、上下合一的极权社会。

这是江湖主流势力无法忍受的前景。

朱元璋向主流意识形态靠拢的目的之一，就是说服对方自己绝不会触动对方的利益，而将缔造一个政治秩序和江湖秩序并行不悖的社会。

因此，不难理解为什么他对于佛教和道教表现得如此虔诚，这不仅是因为他曾经做过僧侣，更不是因为他想要得到道教所许诺的永生，而是通过对佛教和道教神明的礼敬，他成功地争取到了武当和少林等宗教门派对自己的支持。

同时也向心怀疑虑的江湖世界宣布：自己是一个热情的民族主义者，但绝非一个固执的原教旨教徒。

武当对朱元璋的支持是一个典型的例子。

在张无忌的失踪后，武当和明教之间的联盟关系也出现了危机。

虽然殷梨亭和杨不悔的婚姻仍然是联系二者的纽带，但是这种外在的联系并不足以让張三丰推行他伟大的计划：通过与明教的联盟，或者说通过张无忌的特殊身份，让武当参与到明教内部事务中，用主流的意识形态改造明教，让它成为一个长治久安的新帝国的基础。

在杨逍短暂的统治时期，这一联盟关系已经日益松散。

而他“正统”的继承人明玉珍，则是个狂热的原教旨主义者，将一切其它宗教都视为魔鬼的传声筒。

另一方面，陈友谅想要争取武当的合作，但是武当却无法忘记几年前他和宋青书企图摧毁自己的阴谋，双方不可能有充分的信任。

而此时一心向中国传统意识形态靠拢的朱元璋就成了最佳选择。

在明朝流行的通俗小说《英雄的国父传奇》（The Legend of Heroic Founding Fathers）中记载了朱元璋和他的大将们曾到武当参拜的事迹。

这是以一种扭曲的形式记载了朱元璋和武当领导人在1361年底的会面。

这是很大的政治冒险：虽然張三丰并不知道是朱元璋谋杀了他最锺爱的徒孙。

但张无忌毕竟在朱元璋的辖区内失踪，武当对此并非毫无怀疑。

朱元璋亲自来到武当拜见張三丰，并谦卑地向后者请教统一和治理国家的策略，终于得到了武当方面的信任。

張三丰欣慰地看到，自己的计划，尽管经过了一系列变动，仍然可能在这位吴国公爵的身上得到实现。

与此同时，朱元璋也凭借自己昔日的佛教僧侣身份，派人到少林寺进香，同少林建立了友好的关系。

武当和少林这两大门派的风向标令许多江湖势力都投向朱元璋方面，让朱元璋顺利地继承了张无忌时代的大部分政治遗产。

尽管陈友谅因为昔日同少林和武当的纠葛而难以得到大部 分江湖势力的支持。

但他得以控制巫山帮、鄱阳帮等扬子江上的帮派，从而控制了扬子江水路这一中国内地最重要的航线，并建立了一支极其强大的内河舰队。

他在1360年率领十万人的舰队沿扬子江东下，攻占了太平，并直抵应天城下，要占领朱元璋的都城。

这次伟大的军事行动因为一个可笑的失误而告惨败：当他企图从扬子江转入秦淮河时，却意外地发现一座坚固的石桥耸立在那里。

无法进入秦淮河水道的舰队被迫退回长江，并在那里的一处港湾登陆休息，在那里他们被朱元璋的伏兵所袭击并退走。

这次失败让陈友谅丢失了江西，朱元璋随后派他的侄子朱文正驻守南昌。

经过几年的整顿，1363年陈友谅再次卷土重来。

陈友谅动员了湖北和湖南的所有丁壮，并建立了一支新水军。

他的舰队的主力拥有漆红色的三层甲板的大战船，上有掩护弓箭手的包铁塔楼，它们的船尾高得可以爬上任何城墙。

有一件材料说，每一只这种战船可载二、三千人。

它们还附有各种各样的大、小船只。

陈友谅把他的军队及其家属、马匹和供给全都放到了船上，在春汛时他开始顺流而下。

史料说他带有60万人马；大概此数之一半较为可信。

汉军的无敌舰队现在与明军主力相比，舰只又大得多，数量和人员又多得多。

陈友谅的计划是要求多次重现1360年太平之役的胜利；他将从船尾上突袭这些沿江府城。

1363年四月二十七日，汉军舰队出现在南昌水面上。

如果南昌陷落，陈友谅就有理由希望江西的各地城防守将（他们多数人原来是拥戴他的）会回心转意，重新回到他的麾下。

但是事态并没有像陈友谅所计划的方向发展。

南昌并未轻易被攻占。

一向被认为是花|花|公|子的朱文正意外地守住了南昌达三个月之久，顶住了数十万大军的进攻，将陈友谅的庞大军队一直地拖在江西，而不能像在1360年的军事行动中那样直捣应天，直到六月份朱元璋的援军到来为止。

朱文正和他的将士们也付出了惨重的代价，一度不得不以吃木炭为生。

因为这场艰苦的战役，朱文正后来被同僚们亲切地称为“朱坚强”。

七月十六日，朱元璋亲率水木军二十万人及两千艘舰船从扬子江下游抵达湖口，随后爆发了长达一个多月的鄱阳湖水战。

在战斗的最初几天，水木军所面临的前景十分黯淡：衞明军的战舰远比他们的高大，它们并在一起，像水上的城墙一样，将自己的战线不断逼迫后退。

朱元璋的旗舰“特快号”也受到了对方的炮击，被炸得粉碎，朱元璋本人在周颠的拼死救护下才幸免于难，但是已经有多名大将战死。

最后，水木军决定冒险用火攻的方式摧毁对方的密集舰队。

这是自公元三世纪的赤壁之战以来就为中国人所熟悉的战术。

衞明军不可能对此没有防范。

但是朱元璋得到了武当派资深武术家们的协助。

他们乘坐几艘小船，轻松地突破了衞明军的箭雨，而进入对方的阵地纵火，直到这座水上堡垒像所多玛一样燃烧起来为止。

鄱阳湖战役并没有摧毁陈友谅的主力。

但是衞明军损失惨重，而水木军乘机封锁了通向扬子江的湖口。

在又僵持了一个月后，八月二十六日，陈友谅下令全力突围，夺取通向扬子江的水道，撤回武昌。

他几乎取得了成功，但在最后关头为俞莲舟用箭所射杀。

周芷若带着她和陈友谅的幼子陈理杀出重围，逃回了武昌，在那里她让陈理继位称帝，而自己成为了摄政太后。

但是她的统治只维持了半年。

在鄱阳湖之战胜利结束的两个星期之后，朱元璋又把他的水军开向上游，这一次是开向武昌。

他围困武昌两个月而迄无成效，于是返回南京，把兵权交给常遇春。

这是系统地征服汉政权从前领土的开端。

《英雄的国父传奇》中记载了在鄱阳湖战后不久一位道教神灵和朱元璋的相见，这可能是以隐讳的形式记载了張三丰和朱元璋的第二次会面。

張三丰现在支持朱元璋向更宏大的政治目标迈进。

1364年中国历新年，朱元璋称“吴王（The Prince of Wu）”，并建立了相对全面的统治机构，向未来的明帝国又迈进了一步。

两个月后，朱元璋再次率水木军亲征武昌，衞明军全军覆没。

周芷若自杀，陈理在大臣的簇拥下投降。

长江中游的大片领土被并入他的权力基地，使得朱元璋控制的人口约两倍于任何其他对手所控制的人口。

仅仅是这种数量上的优势而不是质量上的优势，就是朱元璋以后赢得一系列胜利的主要因素，它终于像滚雪球那样使他最后征服了全中国。

在1365年到1367年之间，“吴王”朱元璋投身于对另一位“吴王”张士诚的战争中。

张士诚本可以在1360-1364年的“水木衞明”战争中同陈友谅联合起来对朱元璋前后夹击。

但他抱着让明教徒们两败俱伤的意图而袖手旁观，现在他必须为此付出代价。

比以前强大一倍以上的朱元璋已经对他具有了绝对优势。

朱元璋派遣徐达、常遇春进攻张士诚在扬子江北的控制区，另一方面派殷野王率天鹰旗进攻浙西，最后两军南北夹击，合围苏州。

虽然张士诚已经注定失败，但是朱元璋在这场战争中仍然遭到了猛烈的抵抗。

抵抗主要来自江南士绅对明教红色恐怖的厌恶。

在天鹰教肆虐的时代，他们曾经饱受蹂躏。

虽然朱元璋已经竭力向儒家传统靠拢，但在江南上层阶级眼中，他仍然是不折不扣的异教徒。

而张士诚已经受到帝国的招安，反而成为正统的象征。