为了确保“衣冠南渡”计划的成功，萧明乾将联合护衞军海军的大部分战舰都给派了出去。这些战舰，被临时分成了三个部分。

第一部分共计七十艘战舰，由赵永岩率领，全程保护运送移民的船只的安全。在这两个月的时间里，他们被命令在任何情况之下，都不能离开他们所护航的运输船只十里以上，他们的任务只有一个，不惜一切代价保证运输船只的安全。

第二部分共计一百艘，由童子豪率领，石元为副。负责寻找时机，歼灭西班牙舰队主力。萧明乾自知对海战并没有什么天赋，而且这些年来，他也没有在第一线率领过海军作战，所以他将作战的主动权，完全交给了童子豪和石元，给他们的任务只有一个，在确保自己损失不大的情况之下，消灭西班牙舰队的主力。并且在此基础之上彻底封锁马尼拉。

第三部分共计五十艘，由金路率领。负责担任警戒任务，阻挡有可能出战的孙新舰队，和并不是非常令人放心的荷兰舰队。

不过，在“衣冠南渡”计划刚刚开始的时候，除了第二部分正在南洋给予西班牙人持续的压力以外，第一部分和第二部分，正同时担任首批运输船队的护航任务。毕竟万事开头难，一旦第一批成功了，那么后续的就好办多了。

一千二百艘大小船只，再加上一百二十艘海军战舰，这个规模是这个时代所从未见到过的庞大船队。从早上七点开始，一直到下午两点左右，所有的人员物质才装船完毕。在萧明乾一声令下，整个船队浩浩荡荡的开出了台中港，向南驶向茫茫大洋。

“督军大人，这‘衣冠南渡’已经开始了，是不是该确定吕宋的主要官员的人选了。”目送这个庞大船队慢慢离开，平复了激动的心情的陈元赟提醒萧明乾道。

其实在一开始，陈元赟就跟萧明乾提过这个问题，但是当时萧明乾并没有做出决定，因为在萧明乾看来，在战争阶段，吕宋这样新占之地，最好是实行军政权利较为集中总督制，赋予派出去的官员一定的军政专断之权。

但是萧明乾刚一提出这个想法，便遭到了唐洪生，陈元赟等人强烈反对。虽然他们也知道只要台湾的武力一直保持强盛，那么外派的官员就不可能对台湾产生威胁。但是事情一旦开了头，那么后续想要改变就会产生太多的问题，到时候台湾所要面对的不仅仅是一两个总督的撤留问题，而是这个知道所形成的利益团体的问题。

所以，几乎所有的台湾军政府官员都对萧明干的提议投了反对票。最后，萧明乾想了想，也的确是这样。或许到时候，那些总督同意被撤除，他们的手下也不希望这样的事情发生，所以到现在萧明乾都没有真正的决定该怎么安排吕宋的行政和军事体制。