国民政府统帅部经过三天讨论，制定出初步整编方案：第一，对军队体制进行改革。彻底废除兵团和军团两个层次，以军（三个步兵师）为作战的基本单位，正规军全部更名为国防军，取消此前整编、新编等等种类繁多的名称；第二，对指挥系统进行重新规划。取消蒋介石时代的行营，改为由最高统帅部直接指挥各大战区；第三，对步兵师的装备和兵员进行调整。一线部队将由齐装满员的甲种师为主力，编制和兵力按照十九路军步兵师的标准，二线部队将根据战斗力的强弱划分等级。第四，军政分开。终止战区司令长官兼任地方行政长官的惯例，改由文职官员担任。第五，新建两个独立的装甲集团军（下辖五个装甲师），与扩编之后的犹太军团一起作为国家的战略打击力量，由最高统帅部直接指挥。

另外，为了适应新的形势，最高统帅部重新划分了战区，调整了兵力部署：

第一战区，司令长官蒋鼎文。下辖两个集团军，共12个步兵师，一个步兵旅，一个骑兵师，一个骑兵旅和其他特种部队，总兵力约二十余万人，在河南省省中西部地区布防，守衞黄河天险，切断华北日军的南进之路。

第二战区，司令长官阎锡山。下辖四个集团军，共24个步兵师，四个步兵旅，三个骑兵旅和其他特种部队，总兵力约五十万人，负责防守山西及陕西一部，并在敌后进行游击战。

第三战区，司令长官罗卓英。下辖两个集团军，共五个步兵师，两个步兵旅，总兵力约十万人，负责在苏南、皖南和浙江等地的游击战。

第四战区，司令长官余汉谋。下辖三个集团军，共18个步兵师，一个重型炮兵旅，一个防空旅，一个装甲师和空军一个大队，总兵力近五十万，负责两广、福建、江西三省防务。

第五战区，司令长官李宗仁。下辖两个集团军，豫鄂皖边区游击总队，共12个步兵师，一个骑兵师，一个骑兵旅和其他特种部队，总兵力三十余万。负责防守皖西、鄂北、豫南等地。

第六战区，司令长官张发奎。下辖三个集团军，共18个步兵师，总兵力约三十万，负责防守以宜昌为中心，北起锺祥，西至常德的广大地区，保障陪都的安全。

第七战区，司令长官傅作义。下辖一个集团军，共六个步兵师，九个步兵旅，四个骑兵师，四个骑兵旅，总兵力为十五万，负责防守甘宁青及绥远地区。

第八战区，司令长官胡宗南。下辖一个集团军，共九个步兵师，一个步兵旅，一个骑兵师，一个骑兵旅，总兵力二十万，负责陕西全省防务。

第九战区，司令长官薛岳。下辖五个集团军，湘鄂赣边区游击总队，共32个步兵师，总兵力接近六十万，防守湖南、鄂南等地。

整编计划确定之后，按照孙百里的设想，首先从工作量最小的第四战区开始，完成之后再转向邻近的第三、第九战区，以此类推，在一年左右的时间内完成整个整编工作。这样做的好处是显而易见的——第四战区的第19集团和第12集团的装备和人员配备十分标准，花费的时间最小，同时也是战斗力最强的战区，不用担心日军的突然袭击。

第四战区在不到一个月的时间内就完成了整编工作，然后把几个齐装满员的步兵师输送给第九战区，同时运送大批的装备给第三和第九战区，开始对这两个位置最重要的战区进行整编。与此同时，四川境内的军工企业在国民政府资金、福建军工企业的技术和人员的扶植下获得新的生命，源源不断地把武器装备输送到第六战区，加速整编进程。

就在中国方面全力战备的时候，日本统帅部已经决定在停战谈判中采取强硬的立场，并利用暂时的和平扩编军队，整顿防务，准备随时应付中国军队的攻势！