西北军开始忙着整编了，日军和国民党方面也没有闲着。

1939年11月4日，为了加强对侵华日军在政略、战略上的统辖，适应即将建立汪精衞傀儡政权的形势，加紧对国民党中央政府实施政治诱降的工作，东京日军大本营决定即日起在南京成立中国派遣军总司令部。

中国派遣军总司令部既然成立了，大本营统帅部随后便任命西尾寿造大将出任第一任总司令官、板垣征四郎中将出任第一任总参谋长，两人及中国派遣军司令部于当年12月1日起正式行使统率侵华日军之职权。

根据东京方面的规划，总司令部设在南京的中国派遣军将直辖华北方面军、华中第十一军、华东第十三军、华南第廿一军及陆军航空兵第三飞行集团等部。

此外，中国派遣军还将直辖第7通信队、华中气象部、第4铁道部队等若干配属部队。

中国派遣军总司令部成立之后，设在北平的华北方面军的总司令人选也随之而改变，原司令官杉山元大将去职，由多田骏中将接任，参谋长也换成了笠原幸雄少将。

除了主官人选变动以外，华北方面军麾下的作战序列也发生了一些变动。

其中司令部设在太原的第一军司令官继续由筱冢义男中将担任，但参谋长换成了诘渊宣一少将。

第一军原辖部队中第十四师团被调往中国东北、第廿师团被调往朝鲜、第一零八师团调回国复员、独立混成第一旅团调往河北邯郸。

作为调出3个师团又1个旅团的补偿，原华北方面军直属的第卅六师团，以及新近在日本编成的第卅七师团和第四十一师团，以及独立混成第十六旅团等部随后编入第一军。

这样一来，第一军麾下便只剩下了第卅六、第卅七、第四十一这3个师团，以及独立混成第三、第四、第九、第十六等4个旅团。

不过，第一军还依旧辖有直属独立机关枪第4、5大队、战车第2大队、独立轻装甲车第1中队、独立山炮兵第一联队、独立山炮兵第三联队、野战重炮兵第二旅团（缺野战重炮兵第六联队）和独立迫击炮第3大队等部，战斗力并未虚弱多少。

司令部设在济南的第十二军司令官则是这次的大输家，不但尾高龟藏中将去职，换成了饭田贞固中将，该军主力第五师团也随后被调往海南编入第廿一军序列。

实力大损的第十二军因此，只辖有第廿一师团和第卅二师团，以及独立混成第五、六、十等3个旅团，其任务也缩减为只承担山东全境及徐蚌之间陇海、津浦两路防务和治安。

驻蒙军的司令官和参谋长人选则保持不变，继续由冈部直三郎中将和田中新一少将担任，司令部设在张家口。

所部下辖驻扎在大同周围的第廿六师团、驻扎在平西、察南的独立混成第二旅团，以及在丰镇及察北的骑兵集团。

司令部在归德的第十五军是这一次新设立的，设立该军的目的自然是为了更好的应对河南方面的战事。

因此，该军的司令官由老资格的原第三师团师团长藤田进中将出任、参谋长由原第十一军参谋长吉本贞一少将担纲。

鉴于该军的重要任务，因此，下辖第卅五师团和第一一零师团。

原在开封、许昌一线休整的第五师团则被新近编成的第卅八师团所取代。

除此之外，第十五军还下辖野战重炮兵第六联队、独立轻装甲车第5中队、独立机关枪第9大队、独立野战重炮兵第八联队、独立迫击炮第5大队、战车第八联队、野战高射炮队、野战防空队等部。

不过第十五军的配属特种兵部队虽多，但一线作战兵力却较第四次豫东会战时为少，河南日军也因此，暂时失去了主动进攻的能力，被迫转入防守状态。

除了上述部队以外，日军华北方面军还另辖在司令部在新乡的第廿七师团，以及承担河北占领区治安任务的独立混成第一、七、八、十五等4个旅团。

此外还直属中国驻屯战车队、独立轻装甲车第10、12中队、高射炮第十五联队、独立工兵第1中队、第4、5、11通信队、华北气象部、架桥材料中队、第2野战铁道部对、第11装甲列车队等部。

随着中国派遣军总司令部的成立，原华中派遣军的番号就此取消，原华中派遣军下属第十一军便归由中国派遣军直属。

由于第一零一师团和第一零六师团奉命回国复员，因此，加上调来替换的第卅九、第四十师团，第十一军共辖第三、四、六、十三、卅三、卅四、卅九、四十等8个师团和独立混成第十四、十八、廿等3个旅团。

此外第十一军还辖有独立机关枪第1、2、7、8大队，战车第七联队，独立轻装甲车第6、7、8、9中队，独立山炮兵第二联队，野战重炮兵第六旅团（辖野战重炮兵第十三联队、野战重炮兵第十四联队）独立野战重炮兵第十五联队，独立迫击炮第1大队，独立气球第3中队，野战高射炮队（甲）（乙）野战照空队，独立工兵第一、二、三、八联队，第3通信队，第2野战瓦斯队，架桥材料中队，第3铁道队（铁道第一联队）等部。

全军的兵力超过30万，依旧是侵华日军中最大的战役机动力量。