1940年11月4日，在经过象征性的抵抗后，南京沦陷，日军随即展开对蒋介石的政治诱降，蒋坚决不当日军傀儡，逗留美国不归，日军无奈之下把诱降目标转向汪精衞等人。

1940年9月末至12月中，华北日军受阻于大同、平型关、济宁、临沂等地，华中日军受阻于淮河以南和安庆以西，为了尽快打破僵局，日军再度增兵。

随后在海州登陆，併发起了集宁战役、娘子关战役、安庆会战，华军拼死抵抗，但实力究竟不能与日军相提并论，所以苦战之后，晋北、晋东、徐海东部、皖西等地纷纷沦陷，太原、归德、武汉等地受到日军威胁。

战争的失利，让国防政府内部的反对者跳了出来。

在日军攻占马当、夺取湖口、逼近南昌后，汪精衞、陈公博、周佛海等所谓的主和派遁往越南河内，随后又以重建国民政府、实现中日和平的名义于第二年4月前往东京当了汉奸。

但少部分人的动摇并不能让日军长驱直入，于是为了切断中国的国际补给线，日军于1941年2月份发起了广州战役，余汉谋布置失当，结果广州失守。

只是日军兵力有限，占据珠三角和海南岛后无力继续北犯，遂被桂军、湘军及粤军等部阻挡于粤北、粤西北地区。

广州的失守并不能动摇戴季良的抗战决心，戴季良下令加速攀钢和包钢建设，并以保护攀枝花为名对周边罗罗实施大规模清剿，迫使罗罗各部向洛阳臣服、贡献兵源，国防政府借此建立了罗蕃（藏彝）抗日独立旅、白苗抗日独立旅、僮瑶抗日独立旅及回民独立抗日部队。

1941年4月至1941年10月，日军相继发起归德会战、太原会战和南昌会战，这些作战中，中方一赢两输，总之以时间和空间及巨大的牺牲给日军造成数以十万的伤亡，显示了中国人民英勇不屈的精神面貌。

在积极抗战的同时，洛阳也开始着手彻底消灭地方势力，41年8月，洛阳调杨森入京任职，贵州彻底落入西北之手。

10月南昌失守，蒋军余部及湘军、赣军、川黔军遭受重创，只能更加顺服洛阳。

因此，洛阳顺势免去何应钦东部总司令的职务，由顾祝同接任华东战区代总司令（刘峙被任命为浙江省长兼浙苏游击总司令、蒋鼎文被任命为合州省长、上官云相被任命为赣闽游击总司令）一职，进一步分化蒋系与其他地方实力派的关系。

但共产党游击队利用华军前期失利扩大了武装和控制区，国防政府一直攻击共产党游击队是叛军、非抗日力量，不过在国内外舆论的压力下捏着鼻子授予了新十军的番号。

1941年12月，日军又攻占钦州湾，入侵桂南，留守桂军抵挡无力，南宁、柳州等地沦陷，国防军便进入广西作战，将日军逐出柳邕，但日军仍依靠舰炮和飞机的支援占据钦州防城等沿海地区，而桂省尽归洛阳之手。

1942年4月，日军发起晋南战役和兰封战役，结果先后占领了临汾周边和开封以西地区。

同月，为了彻底切断中国的外援线，日军不经维希法国同意，强行进驻越北地区。

为了遏制日本的野心，美国政府发出制裁的威胁。

面对美国的威胁，日本国内关于南进和北进的争议再起，关东军遂在当年6月挑起了诺门坎事件，结果日军又一次大败而归，只是在苏德宣战、苏军在欧洲局势极度不利的情况下，才得以与急于摆脱两线作战的苏方达成和睦的协定。

被连续胖揍的关东军对苏军的战力极度忌惮，于是北进的思潮彻底被放弃，南进成了日军主流思想。

1942年5月，蒋介石、宋美龄和衞士杜聿明、蒋孝先在纽约遭遇车祸身亡，有人认为是洛阳政府实施的暗杀，因此，部分黄埔生投日叛国，陈诚自动下野，上官云相因策划兵变而被免职软禁。

1942年5月底6月初，华军反攻南昌失利，刘峙被免职、刘建绪调江南省省长、薛岳出任江淮省省长、衞立煌调西康省省长、张治中调宁夏省省长、黄绍竑调陕西省省长、黄旭初调湖北省长、于学忠调剑南省省长、汤恩伯调梁州省省长、王树常调国防会议副幕僚长、陈友仁任外交委员会主席。

1942年6月中，日军发起淮南会战，华军被迫退往大别山区。

1942年7月末8月初，日军发起第一次武汉会战，失利之后，日军向法国殖民当局发出最后通牒，要求进驻印度支那南部，迫于日本的战争恫吓，法国方面退缩了，于是当年9月，日军进驻南坼地区。

日军控制南坼让美国无法忍受。

无法主动参加欧战的美国政府便开始诱使日军挑起日美战争。

美国很快宣布对日实施全面禁运（中日宣战后、美国已经宣布对中日两国禁运军火，但依旧向双方出售废钢铁、民用船只、石油及大部分的工业原料）日本被逼到了墙角，遂在1942年12月6日星期天，日本偷袭珍珠港，挑起太平洋战争。