从楚云儿那里回来之后，石越紧接着就引起了四月份的一场风暴。因为唐棣等人还没来得及接到朝廷的任命，这也让他们在这场风暴中依旧担任着助手的角色。
熙宁三年的四月，本来应当是一个春暖花开的季节，但是从另一个角度来看，这个季节却也是个多事的季节。在朝廷中，王安石开始了对御史台异议分子的大清洗，自御史中丞以下，一大批台谏官员被皇帝赶出了朝廷。而在民间，刚刚出版《论语正义》、拒绝赴茂材制科考试的石越，再次刊发了惊世之作——《疑古文尚书伪作论》。
这本书的内容，是石越凭出色的记忆，综合了阎若璩《古文尚书疏证》和惠栋《古文尚书考》的考据，证明东晋梅本《古文尚书》是晋人伪作。不仅如此，在书中，石越更是直接攻击《今文尚书》除了《西周书》之外，也全部是后人伪作。《尚书》作为儒家最重要的经典之一，在学术层面受到了石越最猛烈的挑战！
这就是石越和唐棣等人自《论语正义》之后一直在做的事情之一。
本来在北宋的时代，今古文《尚书》并没有分开，一直合在一起出版，要到朱熹时才开始慢慢怀疑到今古文《尚书》，把今古文《尚书》分开来讲。此时石越直接攻击《古文尚书》是一部伪作，而《今文尚书》则大部分是战国人写的伪书，如何可以不引起轩然大|波？士林顿时一片哗然。
石越费尽心思写出这本书并公开刊发的目的，除了是要进一步确立自己在学术上的地位之外，就是想要颠覆当时人们对上古三代的认知，关于三代最原始的资料出自于《尚书》，一旦《尚书》的真实性被质疑，那么其权威必然大大下降，而石越便可以借机重新解释经典，构建一个新的上古三代；而且，在宋代的学者们已经开始对传统的经典不再盲目信任，并且提出种种质疑之时，石越的这部着作，无疑会极大地鼓舞这业已出现萌芽的思潮——既然《尚书》都有问题，还有什么不能被怀疑？
如果说《论语正义》刊印之后，是赞扬远远多过批评的话；那么《疑古文尚书伪作论》一问世，首先便是让许多人目瞪口呆，舆论几乎是短暂性失声。而等到最初的惊愕之后，留给众人的，便是一种复杂的心情。石越考证之细致精确，让《古文尚书》之伪几乎成为一种无法辩驳的事实，士林也只能平静地接受。但是对《今文尚书》的质疑，却未免有证据不足之嫌。一时间批评的声音都是针对《今文尚书》部分而来，其中攻击得最卖力的，便是陈元凤。只不过他的反驳，完全是对石越人品的责难，在学术上实在没有太多的意义。而石越对《今文尚书》某些部分是否伪作，并未给出定论，这些反对的声音没有引来石越的辩护，反而引来了不少着名学者的辩护。
《疑古文尚书伪作论》的刊印，真正引发了一次学术大讨论，其直接结果就是朝廷明示天下，从此考试不再考《古文尚书》！至于今文经与古文经的战火，由此重新点燃，这却是石越所始料未及的。
四月的风暴并非仅此而已。
四月下旬，石越第一部真正意义上自己创作的作品《三代之治》出版。
这本书全文不到五万字，是一部乌托邦式的着作，以复兴上古三代（尧、舜、禹）的名义，讲叙了一个理想化的世界，包括社会、文化、政治制度等等诸方面的内容。石越与苏轼所谈的民主议会的思想，便反映在这本书中。其中心思想无非是天子是受命于民，而非受命于天，得民意者方能治天下，又指出天子最可倚重的，不是士大夫，而是老百姓……
“石越通过攻击《尚书》的真实性，先空洞化对三代的记载，然后对上古三代进行自己的解释，借三代的名义抢占对儒家经典的制高点，再辅以对儒家经典的重新解释，完成对儒家学说内部的改革”——这是后世对石越种种行为的解释。当时的宋代，在文化上实际上和汉武帝时代的情形非常相像，经学经过两晋之变，在唐代复兴，却又慢慢让位于诗赋，五代士风沦丧，可以说在宋代迟早要有一种新的学说来占领思想界的王座，这是一种客观需要。所以先有所谓的“古文运动”，然后有王安石的《三经新义》，最后有朱熹完成的理学……群雄逐鹿，最后理学捷足高登，主导中国数百年的思想史。此时石越的作为，不过趁古文运动已到最后的辉煌，正准备完成它对晚唐以来艳丽的文风最后一击，而“王学”尚未问世，理学影响未大之际，乘虚而入，以一系列的新说，加入到这场争夺思想界王座的竞争之中。
在《三代之治》的序言之中，石越提出来“复古、朴实、求是”三原则，继承古文运动的精神，他公开说三代无书，汉人之文风最合三代的精神，文章应当学西汉；而做人或为文，都应当讲究朴实无华，不应当追求浮华的东西，文景之世，皇帝诏书如同白话，最值赞赏；三代尧舜禹，汉代文景，没有皇帝给自己加尊号，他们的令名照样传之于后，石越因此大胆地在文中呼吁皇帝不要给自己加那种长而无实的尊号——这一点其实是谋定而后动，赵顼对于加尊号的确是没有什么兴趣，终其一生，没给自己加过什么尊号；石越又提出来做事要讲证据，重事实……
《三代之治》一经出版，几天之内就被抢购一空，汴京城的读书人睁大眼睛想看看石越的新作，桑氏印书馆几乎没有停工的时候。而之后引起的议论，更加超过了《疑古文尚书伪作论》，毕竟后者是一部考证的书，真正能从中间找出问题来辩难的，都是比较高明的人物；而《三代之治》则主要是一部空想理想社会的书，但凡空想，只要是人，便可品评一下得失。