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11月初，法军在布尔哥什击败了集合起来的西班牙军队，12月5日，拿破仑率领军队再次攻进了马德里.

这座城市被光复之后，西班牙人花费了极大的努力去保卫她。但是在拿破仑麾下的波兰军团的无情屠杀之中，西班牙人的抵抗最后还是失败了。

马德里以一种极度的寂静来迎接拿破仑的到来，这让拿破仑感觉自己进入的不是西班牙的首都，到更像是这个国家的墓园。这种死亡一般的寂静，让这位无敌的统帅深感不安。

而拿破仑的亲密战友德赛元帅，则忧心忡忡的看着这座城市。西班牙人的反应，让这位元帅第一次失去了对法国在战争中必胜的信念。

跟在拿破仑身后的德赛，此时只想着一个问题，“这些西班牙人将会在何时再度反抗法军的统治？”

随着西班牙人的失败，进入西班牙境内的英国军队被赶回了葡萄牙，但是法军同样也到了极限，英国人占据了靠海的几座葡萄牙城市，法国人却不再继续进攻了，追击英军进入葡萄牙的穆尔将军在战斗中死亡了。

而在西班牙境内，萨拉戈萨城成为了忍受住法军围攻时间最长的一座城市。直到1817年2月才被拉纳元帅攻下，这座近5万人的城市，当法军进入时足足屠杀了近4万3千人，其中半数是当地的居民。但是拉纳对此却沉默不言，因为这座城市基本是妇女儿童都在和法军士兵殊死搏斗。

西班牙人正规军的抵抗虽然被法军无情的镇压了，但是在西班牙的乡村和山区，那里依旧被游击队们控制着。而西班牙的不屈抗争，终于让奥地利皇帝下了最后的决心，对法国人开战。

奥地利国内形势的变化，通过法国外交官和间谍送到了拿破仑面前，拿破仑不得不终止他在西班牙的军事行动了。

拿破仑在3月份返回了巴黎，在枫丹白露宫，他愤怒的训斥了有出卖他迹象的塔列朗。不过很显然，拿破仑了解的只是塔列朗出卖他的很少一部分情况，否则他就不是在语言上威胁要绞死这位政治投机者了。

塔列朗自始至终的保持着沉默，直到他被拿破仑逐出了自己的宫廷。在离开枫丹白露宫，走上自己的马车前，塔列朗回身向着枫丹白露宫屈了屈身，小声的说道：“您的皇帝桂冠终将落入尘埃之中。”

从西班牙带回了15万人，又在国内征召了10万新兵，然后要求德意志各邦国提供10人的仆从军，拿破仑再次拥有了30万以上的军队。

而奥地利在全社会阶层的反法情绪下，动员起了并不弱于法国人的军队数量。特别是一直对拿破仑侵略奥地利呈消极态度的匈牙利贵族，这些一直想要摆脱日耳曼人统治的马扎然人，第一次积极的参与了反法大军。

拿破仑进入奥地利之后，宣布实施的路易.查理法典，严重摧毁了奥地利贵族生存的根基-农奴制度。在自己财富受损的时候，民族独立被马扎然人抛到了一边，他们第一次真心向奥地利皇帝效忠，要为奥地利皇帝打仗。

4月下旬，卡尔大公首先发起了进攻，他率领军队进入了巴伐利亚。

拿破仑在战前根据他驻奥地利外交大使的回国日期，确定了奥军不会早于4月25日前发起攻击，很显然他的预测出现了误差。

基于这种战前的判断，拿破仑把法军集中在了累赫河西岸和多瑙河北岸，以斯特拉斯堡作为法军的主要补给基地，凭借河流来运输军需。

但是卡尔大公率领的奥地利军队近20万人，提前了5天就发起了进攻。在奥地利反法情绪的熏陶下，这次的奥地利军队的士气要远远高于此前的任何一次。

法军和奥军刚一接触，就发觉那个稍稍遇到挫折就会撤退的奥地利军不见了，取而代之的是一只勇敢顽强并不弱于法军的军队。

奥地利军进攻时，法军近20万人的部队分散在150公里宽的战线上，法军这种散乱的各自为战的形态，顿时让驻扎在累根思堡的法军右翼陷入了被奥地利人围攻的威胁之中。

让法国人庆幸的是，显然奥地利人还没有从之前被法国人完全击败的阴影中走出来，而卡尔大公谨慎的个性再次占据了上风，奥地利军队小心翼翼的行军，给了拿破仑修改计划的时间。

拿破仑修改了原先先防御再反击的计划，而是决定以法军右翼为诱饵，诱使奥地利军深入，然而法军从侧翼切断奥地利军的后路，迫使奥地利军在多瑙河和伊扎尔河之间决战。

从5月1日-5日，法军和奥军连续进行了5次血战，最终都是以法军的胜利而结束。奥地利军队损失了近5万人，这让奥地利人不得不从进攻转变为退却。