魏源被任命为兰新铁路督办委员后，就直接入驻了旧清时代统治新疆的重镇哈密。哈密是新疆通向中国内地的要道，自古就是丝绸之路的咽喉，有“西域襟喉，中华拱卫”和“新疆门户”之称，也是通往外蒙古西部大城乌里雅苏台的要道。

兰新铁路的建设被分为3段，以迪化、哈密、张掖各为中心。为了能尽快的修成这条铁路，共和国从湖南、湖北地区抽调了20万民工，并调集了5万工程兵进行建设。

曾国藩被任命为迪化铁路建设负责人，胡林翼、左宗棠两人则是负责哈密-兰州方向的铁路建设。

魏源在哈密待了3个月之后，就上书共和国，认为新疆地区沿用旧清的札萨克-伯克制度，已经不适应当今的新疆形势了。

这些旧清存留下来的各级伯克，擅自把共和国的税收加倍向新疆民众征收，使得新疆民众负担过大，对共和国离心离德，一旦有人煽动作乱，就会造成遍及全疆的大叛乱。

而且伯克制度使得各级伯克拥有独立的司法、行政和招募军队的权力，这显然不符合边疆的稳定要求。因此他建议废除伯克制度，改成行省制度，以加强共和国对新疆地区的统治。

1835年8月，林盛和同意了魏源的提议，并任命其为新疆省省主席，接管新疆军政大权。

9月，魏源决定听取胡林翼的意见，先从东疆开始实施政治变革。

新疆北部有阿尔泰山，南部有昆仑山、阿尔金山和天山。天山横贯中部，把新疆分成南部的塔里木盆地和北部的准噶尔盆地。天山以南地区叫南疆，天山以北地区叫北疆，哈密、吐鲁番盆地叫东疆。

东疆是丝绸之路的重要通道，因此商业较为发达，民众对于魏源的改革普遍较为支持。

而南疆、北疆等地的伯克，对于共和国收缴自己手中的权力都持反对状态。

新疆人口此时不到100万，南疆适于耕种，北疆适于放牧，因此7成人口在南疆，3成在北疆。

北疆人口主要集中在伊犁、喀什、迪化三地，其中迪化城约有人口8万，其中5万为回部，其他各族约3万人。

清朝统治新疆，采取民族隔离分治政策，因此迪化各民族并不混居。满人、汉人在迪化边上自筑一城居住。

当曾国藩带着15000筑路工人和3000护路军来到迪化时，原迪化的统治者伯克们都深感畏惧，害怕共和国想要趁机夺取他们对于迪化的统治权力。

回部在新疆较大的城市，喀喇沙尔、库车、阿克苏、乌什合称东四城，喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌、和阗合称为西四城，

其中阿克苏、乌什、库车、喀什噶尔、叶尔羌、和阗又被称为回部六大城，统治这六座城市的统治者阿奇木伯克号称“六大城伯克“。

除了库车的阿奇木伯克愿意听从新疆省主席魏源的命令，放弃自己的权力，接受魏源委派的官吏接收库车的行政、司法、军事权力外，其他各回城不是公开反对，就是采取私下的抵制措施，拒绝共和国官员接手地方的政权。

当共和国军队击败俄军的消息传递到了哈萨克草原时，反抗俄罗斯人殖民统治的哈萨克人就开始向共和国请求援助。分布在准葛尔盆地以北的哈萨克人，向迪化地区的共和国官员表示臣服，愿意接收共和国的统治。

从阿勒泰到哈萨克草原阿克斗卡之间的广大区域，正式纳入了共和国的治下。

东西伯利亚总督对托博尔斯克及莫斯科的求援，也终于得到了反应，沙皇尼古拉一世派出了一支1.5万人的俄军支援伊尔库茨克，并命令西西伯利亚总督对共和国新疆地区发动进攻，以策应伊尔库茨克。

西西伯利亚总督及奥伦堡总督彼得罗夫斯基是一位狡猾的俄国贵族，他知道光是镇压哈萨克大草原上此起彼伏的起义，西西伯利亚的俄军已经精疲力尽了。

如果再去远征新疆，不但未必能胜利，还有可能动摇俄国在哈萨克草原上的统治。

他决定派出一支1500人的俄军进攻阿克斗卡地区，并派出使者诱惑浩罕汗国的君主马达里向中国入侵。

于此同时，英国人在征服了印度之后，就把目光瞄准中亚，而阿富汗杜兰尼王朝覆灭之后，各地封建军阀割据混战的局面也给了英国势力进入阿富汗的机会。

为了保证阿富汗的宗主国中国无暇插手阿富汗的内战，英国人积极撺掇浩罕汗国对新疆进行入侵。

而新疆回部对于共和国新政的不满，终于让马达里命令军队攻入了南疆，时间是1835年10月。

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